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现代单细胞蛋白质组学的发展

作为蛋白质组学研究的先驱和创新者,Orbitrap质谱方法定义了现代无偏单细胞蛋白质组学。看到现代单细胞蛋白质组学的发展在一个简短的年表。

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白皮书

挑战和新兴方向单细胞蛋白质组学

它将成为主流基因组学吗?

蛋白质组学了许多的进步在过去的十年里从质谱分析仪器的改进扩展的新工作流和应用程序。单细胞蛋白质组学的承诺是一个经常讨论的话题在过去的10年里,希望它成为现实。

下载白皮书了解单细胞蛋白质组学的挑战,应对这些挑战的新技术,改进和单细胞蛋白组学的前景。

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分析在COVID-19使用单细胞蛋白质组学、转录组

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婚姻的敏感性和吞吐量

负责人Erwin Schoof博士在这个网络研讨会,蛋白质组学,哥本哈根大学,描述了384年工作流程,使用标准的现成的组件,允许单个细胞的表征蛋白质深度超过1000每细胞蛋白质。

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使用单细胞蛋白质组学
理解基因调控和转录组

Barnett博士尼古拉Slavov、生物工程系和研究所,东北大学礼物如何定量分析蛋白质在单个细胞,建立自动化和使微型化样品制备,以及如何共同分析从单个细胞转录组和蛋白质组学数据。

看点播

突破空间蛋白质组学:
自动化的高分辨率质/女士组织成像工作流网络研讨会

在这个网络直播看克里斯汀Burnum-Johnson博士,资深科学家和团队领导、环境分子科学实验室,西北太平洋国家实验室演示了高分辨率、深入蛋白质组成像使用一个自动化的工作流。

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资源

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Nanodroplet处理平台和定量蛋白质组分析深层的10 - 100哺乳动物细胞(lumo Orbitrap融合)
应朱保罗·d·Piehowski鲁伊·赵,陈京,宇沈,罗纳德·j·摩尔,Anil k .舒克拉弗拉季斯拉夫•a . Petyuk玛莎Campbell-Thompson,克莱顿·e·马修斯,理查德·d·史密斯Wei-Jun钱和瑞安·凯利
自然通讯卷9,文章编号:882 (2018)
https://www.nature.com/articles/s41467 - 018 - 03367 - w

高通量单细胞蛋白质组学通过多路复用等压标签在Nanodroplet样品制备平台(lumo Orbitrap融合)
Maowei窦、Geremy克莱尔Chia-Feng蔡,科瑞许,威廉·b·Chrisler瑞安·l·桑塔格鲁伊·赵,罗纳德·j·摩尔,刘涛Ljiljana Pasa-Tolic,理查德·d·史密斯Tujin Shi,约书亚n . Adkins Wei-Jun钱,瑞安凯利,查尔斯Ansong *,朱应
肛交。化学2019,91,13119 - 13127
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.9b03349

Nanoliter-Scale Oil-Air-Droplet芯片单细胞蛋白质组学分析(Orbitrap精英)
章子怡,敏黄应朱、李Jin-Song Xiu-Kun Wang凯瑟琳·c·l·黄和芳群
肛交。化学2018,90,5430 - 5438
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.8b00661

自动耦合Nanodroplet样品制备液相色谱-光谱法对高通量单细胞蛋白质组学(lumo Orbitrap融合)
莎拉·m·威廉姆斯,安德烈诉Liyu Chia-Feng蔡,罗纳德·j·摩尔,丹尼尔·j·奥尔顿,威廉·b·Chrisler马修·j·Gaffrey刘涛理查德·d·史密斯,瑞安凯利,Ljiljana Pasa-Tolic,和朱应
肛交。化学2020,92,10588 - 10596
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.0c01551

蛋白质组学分析,单一的哺乳动物细胞通过微流体Nanodroplet样品制备和超灵敏NanoLC-MS (lumo Orbitrap融合)
应朱博士Geremy克莱尔博士,博士威廉·b·Chrisler宇沈博士,鲁伊·赵,Anil k·舒克拉博士罗纳德·j·摩尔,拉维s Misra博士,格洛丽亚s Pryhuber博士,博士理查德·d·史密斯博士Charles Ansong瑞安凯利医生
Angew化学Int病。2018年9月17日,57 (38):12370 - 12374
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/anie.201802843

Surfactant-assisted锅样品准备label-free单细胞蛋白质组学(Q Exactive加)
Chia-Feng Tsai Pengfei张大卫·Scholten肯德尔马丁Yi-Ting Wang鲁伊·赵,威廉·b·Chrisler lancaster university b . Patel Maowei窦,Yuzhi贾,卡罗莱纳州Reduzzi夏Liu罗纳德·j·摩尔,克里斯汀e . Burnum-Johnson Miao-Hsia Lin Chuan-Chih许,乔恩·m·雅各布斯雅各布·卡根,卡琳·d·Rodland苏希尔•斯利瓦斯塔瓦·h·史蒂文•威利Wei-Jun钱,理查德·d·史密斯应朱,马西莫Cristofanilli博士,刘涛惠普刘& Tujin史
通信生物学卷4,文章编号:265 (2021)
https://www.nature.com/articles/s42003 - 021 - 01797 - 9

数字微流控孤立的单个细胞组学(Q Exactive HF-X)
朱利安•Lamanna埃里卡y斯科特,哈里森·s·爱德华兹,m·张伯伦院长Michael d . m .德莱顿Jiaxi彭,芭芭拉•其余的亚当·李,卡尔文Chan Alexandros Sklavounos,奥斯丁霍夫曼,Farhana阿巴斯,恩典Lam麦克斯韦·e·奥尔森,杰森•莫法特和亚伦·r·惠勒自然通讯卷11日文章编号:5632 (2020)
https://www.nature.com/articles/s41467 - 020 - 19394 - 5

完全自动化的样品处理和分析工作流低投入的蛋白质组分析 (Orbitrap Exploris 480)
麦克考恩Yiran梁,海登Acor, a米凯拉说, Andikan J。汉娜Boekweg Nwosu,纳撒尼尔·b·Axtell Truong,雍正琮、塞缪尔·h·佩恩,瑞安凯利 
肛交。化学2020 XXXX, XXX, XXX-XXX 
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.0c04240

高通量和高效样品制备单细胞蛋白组学使用嵌套nanowell芯片(Orbitrap Eclipse,问Exactive +)
Jongmin哇,莎拉·m·威廉姆斯,碱液孟Markillie,歌曲,Chia-Feng蔡,Victor Aguilera-Vazquez瑞安·l·桑塔格罗纳德·j·摩尔,德宏Hu Hardeep s Mehta约书亚Cantlon-Bruce,刘涛约书亚n Adkins,理查德·d·史密斯Geremy c·克莱尔Ljiljana Pasa-Tolic &应朱
自然通讯卷12日文章编号:6246 (2021)
https://www.nature.com/articles/s41467 - 021 - 26514 - 2

流线型的单细胞蛋白质组学的一个集成微流控芯片和data-independent收购质谱(DIA,单细胞蛋白质组学,Orbitrap Eclipse)
Sofani Tafesse Gebreyesus,阿萨德阿里Siyal Reta Birhanu Kitata,埃里克·陈Sheng-Wen Bayarmaa恩赫巴亚尔,Takashi Angata Kuo-I林,陈妤如& Hsiung-Lin涂
自然通讯13卷,货号:37 (2022)
https://www.nature.com/articles/s41467 - 021 - 27778 - 4

整合蛋白质组分析设备快速单细胞蛋白分析(Orbitrap融合)
ξ邵,Xuantang Wang盛关,海珠,划圈,Mingxia高,春晖邓,《张
肛交。化学2018,90,14003 - 14010
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.8b03692

重新设计在线质谱分析的T-probe non-adherent单一细胞的裂解(LTQ Orbitrap XL)
Yanlin朱、刘Renmeng ZhiboYang
分析Chimica学报1084卷,2019年11月25日,53至59页
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0003267019308839

发展激光捕获microscope-based single-cell-type蛋白质组学工具为研究蛋白质组的单个细胞层植物根系(Orbitrap精英,Orbitrap融合)
Yingde朱,回族,Sarabjit巴蒂,周挂表,永阳,塔拉鱼&西奥多·W Thannhauser
园艺研究卷3,文章编号:16026 (2016)
https://www.nature.com/articles/hortres201626

水Droplet-in-Oil消化方法单细胞蛋白质组学(Orbitrap Eclipse)
武此外,尤马Inamori Arisu Furukawa先生Maki Yamahiro,一辉Momosaki, Chih-Hsiang Chang大树小林,将Hiroto Ohguchi, Yawara【取Ito Norie荒木,Shao-En Ong和Sumio Ohtsuki
肛交。化学。2022年,94年,29岁,10329 - 10336
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c05487

使用青蛙单细胞蛋白质组学(非洲爪蟾蜍光滑的)从早期胚胎卵裂球分离,形成几何级数的蛋白质含量(问Exactive高频)
Liangliang太阳,凯尔·m·Dubiak伊丽莎白·h·Peuchen Zhenbin张朱簋街上,保罗·w·胡贝尔和诺曼·j·Dovichi
肛交。化学2016,88,6653 - 6657
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.6b01921

单细胞发现蛋白质组学质谱:量化转化细胞异质性16-cell青蛙(非洲爪蟾蜍)胚胎(Orbitrap融合)
卡米尔Lombard-Banek,莎莉a·穆迪教授,教授彼得所
Angew。化学。Int。艾德,55(2016),页2454 - 2458
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201510411

Data-Independent收购单个细胞蛋白质组学的研究在非洲爪蟾蜍胚胎不对称光滑的(问Exactive HF-X)
Anumita Saha-Shah,旋律Esmaeili,西蒙Sidoli, Hyojeong黄、杨京,彼得·s·克莱因和本杰明·a·加西亚
肛交。化学2019,91,8891 - 8899
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.analchem.9b00327

微量试样毛细管电泳质谱使单细胞蛋白质组学:在复杂的组织发展中细胞克隆住非洲爪蟾蜍光滑的和斑马鱼胚胎(Q Exactive加)
萨利·a·穆迪,卡米尔Lombard-Banek Chiara Manzini m和彼得所
肛交。化学2019,91,4797 - 4805
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.9b00345

全球绝对定量揭示了严格监管的蛋白质表达单一非洲爪蟾蜍蛋(Orbitrap Velos)
阿恩·h·史密特里克G.H. Lindeboom Matteo佩里诺,西蒙·j·范·Heeringen Jan c . Veenstra哥特•Vermeulen
核酸研究卷42岁的15个问题,2 2014年9月,页9880 - 9891
https://academic.oup.com/nar/article/42/15/9880/2435191?login=true

表达变异和共变影响模拟和启用二进制信号控制(TSQ有利)
凯尔M Kovary布鲁克斯泰勒(Michael L赵玛丽N前线
分子系统生物学(2018)14:e7997
https://www.embopress.org/doi/full/10.15252/msb.20177997

毛细管电泳质谱可伸缩单细胞蛋白质组学(lumo Orbitrap融合)
Leena r . Pade萨姆•b . Choi Pablo Munoz-LLancao, m .奇亚拉Manzini和彼得所
前面的化学。2022年4月8日,10:863979
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fchem.2022.863979/full

高通量、全面单细胞蛋白质组学分析非洲爪蟾蜍光滑的胚胎在50-Cell阶段使用Microplate-Based MICROFASP系统(lumo Orbitrap融合)
Zhenbin张,凯尔·m·Dubiak Evgenia Shishkova,保罗·w·胡贝尔约书亚j .黑人和诺曼·j·Dovichi
肛交。化学2022,94,3254 - 3259
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.1c04987

三维特征匹配改善覆盖单细胞蛋白质组学基于离子流动过滤(单细胞,Orbitrap融合lumo,饿了Pro, LFQ)
Jongmin哇,Geremy c·克莱尔莎拉·m·威廉姆斯,歌曲,Chia-Feng蔡,罗纳德·j·摩尔,威廉·b·Chrisler理查德·d·史密斯,瑞安凯利,Ljiljana Pasa-Tolic,查尔斯Ansong和朱应
1 - 9电池系统13日,2022年5月18日
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2405471222000813

实时Search-Assisted收购Tribrid质谱仪提高覆盖率多路复用单细胞蛋白质组学(Orbitrap Eclipse,饿了Pro,实时搜索,TMTpro)
Nil Uresin本杰明•Furtwangler Khatereh Motamedchaboki,罗曼Huguet,丹尼尔•Lopez-Ferrer弗拉德Zabrouskov, Bo t . Porse,欧文·m·Schoof
摩尔细胞蛋白质组学(2022)21 100219 (4)
https://www.mcponline.org/article/s1535 - 9476(22) 00027 - 5 /全文

一种简单、快速和实用的单细胞蛋白质组学方法基于mass-adaptive涂料的合成肽(lumo Orbitrap融合)
李思齐,苏Kaichan Zhenkun壮族、清秦,Lei高,亚美邓,旭扬Liu Guixue侯,Longtao Wang Piliang, Huanming杨Siqi Liu Hongming朱,燕任
科学通报
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S209592732100788X?via=ihub

Label-Free剖析200单细胞蛋白质组每天使用双柱Nanoflow液相色谱平台(单细胞蛋白质组学,Orbitrap Exploris 480)
祺g·韦伯,你Truong Madisyn约翰斯顿,塞巴斯蒂安·e·萨帕塔Yiran梁,雅各布·m·戴维斯,亚历山大·d·Buttars弗莱彻b·史密斯Hailey e·琼斯,阿里安娜·c·马奥尼,理查德·h·卡森Andikan j . Nwosu雅各布·l·Heninger安德烈诉Liyu,格雷戈里·Nordin应朱,瑞安·凯利
肛交。化学
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.2c00646

DART-ID增加单细胞蛋白质组覆盖(问Exactive)
阿尔伯特·陈田,尼古拉Slavov亚历山大•弗兰克斯
公共科学图书馆第一版杂志。2019年7月1;15 (7):e1007082
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1007082 sec012

一种改进提高放大信号withIsobaric标签(iBASIL)精确定量战略单细胞蛋白质组学(Orbitrap融合lumo,问Exactive +)
张炳扬。蔡,r·赵克里·威廉姆斯R.J.摩尔,k .舒尔茨w . Chrisler l . Pasa-Tolic k . Rodland r•史密斯,t·史y朱、刘
摩尔。细胞。蛋白质组学, 19 (2020), 828 - 838页
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1535947620350064

使用SCoPE2单细胞蛋白质组和转录组分析巨噬细胞的异质性(问Exactive)
哈里森Specht,爱德华·埃莫特Aleksandra a . Petelski r .灰色霍夫曼,大卫·h·帕尔曼马可·塞拉,彼得•Kharchenko托尼斯科勒和尼古拉Slavov
货号:50基因组生物学卷22日(2021)
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059 - 021 - 02267 - 5

多路复用单细胞蛋白质组学使用SCoPE2 (Q Exactive)
Aleksandra a . Petelski爱德华·埃莫特安德鲁·勒杜克r .灰色霍夫曼,哈里森Specht大卫·h·帕尔曼和尼古拉Slavov
自然协议卷16,5398 - 5425页(2021)
https://www.nature.com/articles/s41596 - 021 - 00616 - z

单个细胞蛋白质组学使用多路复用等压标签质量光谱分析(TMTpro单细胞蛋白质组学,问Exactive HF-X, Orbitrap融合)
阿尔卑斯山脉Vegvari,吉米·e·罗德里格斯和罗马表现怎么样
单细胞蛋白分析页113 - 127
https://link.springer.com/protocol/10.1007/978 - 1 - 0716 - 1771 - 7 - _8

超灵敏的单细胞蛋白质组学工作流标识> 1000蛋白质组哺乳动物细胞(Orbitrap Eclipse)
雍正琮、Khatereh Motamedchaboki,桑托什a . Misal Yiran梁,阿曼达·j .伪装你Truong罗曼Huguet,爱德华·d·Plowey应朱,丹尼尔Lopez-Ferrer和瑞安凯利
化学。科学。,2021,1001 - 1006
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2021/sc/d0sc03636f ! divAbstract

超灵敏NanoLC-MS Subnanogram蛋白质样品使用第二代Micropillar数组LC技术与Orbitrap Exploris 480和“PRO (Orbitrap Exploris 480年“PRO)
卡雷尔Stejskal,杰夫Op de Beeck Gerhard Durnberger,保罗•雅各布斯和卡尔Mechtler
肛交。化学2021,93,8704 - 8710
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c00990

提高单细胞蛋白质组报道使用Narrow-Bore包装NanoLC列和超灵敏的质谱(Orbitrap Eclipse)
雍正琮、Yiran Liang Khatereh Motamedchaboki,罗曼女人,你Truong鲁伊·赵,宇沈,丹尼尔•Lopez-Ferrer应朱,瑞安·凯利
肛交。化学2020,92,2665 - 2671
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.9b04631

在多路复用单细胞蛋白质组学定量准确度和精密度(DIA, TMT,单细胞,TMT10ple TMTpro,饿,Orbitrap Exploris 480)
克劳迪娅Ctortecka *,卡雷尔Stejskal,加芙Krššakova,萨莎Mendjan,和卡尔Mechtler * 2022(分析化学),94年,2434 - 2443
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c04174

单细胞化学蛋白质组学(SCCP)审问的时间和异质性癌细胞死亡的承诺(单细胞蛋白质组学、Orbitrap融合lumo SCOPE-MS)
阿尔卑斯山脉Vegvari *,吉米·e·罗德里格斯和罗马表现怎么样
肛交。2022年化学。
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.analchem.2c00413

量化单细胞蛋白质组学作为一种工具来描述细胞层次结构(单细胞,饿了Pro, TMTpro, TMT一份,Orbitrap Exploris 480)
,本杰明·富特文格勒,当时Erwin m . Schoof, Nil Uresin,尼古拉斯列宾,西蒙娜Savickas,可啉让蒂尔,埃里克·Lechman Ulrich民主党凯勒汪汪汪,约翰·e·迪克& Bo t . Porse
自然通讯卷12日文章编号:3341 (2021)
https://www.nature.com/articles/s41467 - 021 - 23667 - y

SCoPE-MS:单一的哺乳动物细胞的质谱量化蛋白质组异质性在细胞分化(Orbitrap精英)
Bogdan Budnik,以斯拉Levy Guillaume Harmange &尼古拉Slavov
基因组生物学卷19日文章编号:161 (2018)
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059 - 018 - 1547 - 5 - ?optin=false

1到5的蛋白质组分析上升循环肿瘤细胞从全血分离使用Immunodensity浓缩,激光捕获显微解剖,Nanodroplet样品处理和超灵敏nanoLC-MS (lumo Orbitrap融合)
应朱,Jennifer Podolak鲁伊·赵,Anil k . Shukla罗纳德·j·摩尔,乔治诉托马斯*,瑞安·凯利
肛交。化学2018,90,11756 - 11759
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.8b03268

优化data-independent收购方法进行蛋白质组学分析在单细胞水平(lumo Orbitrap融合)
Yuefan Wang Tung-Shing玛米Lih,一派Chen Yuanwei徐,摩根d . Kuczler身子曹,莎拉·r·肯尼思•j . Pienta修改&回族
临床蛋白质组学卷19日文章数量:24 (2022)
https://link.springer.com/article/10.1186/s12014 - 022 - 09359 - 9

Microscopy-based单细胞蛋白质组学分析揭示了异质性在DNA损伤反应动力学(单细胞蛋白质组学,Orbitrap Eclipse SCOPE-MS)
Pin-Rui苏,李你,塞西尔Beerens,卡雷尔Bezstarosti,珀斯Demmers,马丁帕布斯特罗兰•Kanaar Cheng-Chih Hsu)苗平和王翔简
细胞的报道方法,卷2,问题6,2022,100237
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2667237522001060

识别Maturation-Specific单细胞蛋白的蛋白质组学的人类卵母细胞(Orbitrap Velos)
IrmaVirant-Klun,斯蒂芬•莱克特说,克里斯托弗·休斯,珀斯Krijgsveld
问题8 MCP卷15日,2016年8月,页2616 - 2627
https://www.mcponline.org/article/s1535 - 9476(20) 33492 - 7 /全文

单细胞定量蛋白质组学分析人类卵母细胞的体外成熟卵母细胞成熟显示高异质性(Q Exactive HF-X)
Yueshuai郭,林波Cai,大刘,长妈妈,郝,Bing,耶鲁气、嘉荫Liu飞扬刁,嘉豪沙,Xuejiang郭
分子和细胞蛋白质组学2022年、100267年ISSN 1535 - 9476
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1535947622000755

单细胞蛋白质组学揭示毛细胞期间表达的变化发展(lumo Orbitrap融合)
应朱,Mirko Scheibinger丹尼尔基督教Ellwanger乔斯林F克雷,崔Dongseok瑞安T凯利,斯特凡·海勒彼得G Barr-Gillespie
eLife 2019; 8: e50777
https://elifesciences.org/articles/50777


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汤米·k·张Chien-Yun李,弗洛里安·拜耳阿提克斯本人,Bernhard工业和克里斯托弗·m·罗斯
自然方法体积18日pages76 - 83 (2021)
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更深一层的看载体蛋白质组的影响对单细胞蛋白质组学(单细胞、TMTpro TMT一份,Orbitrap Exploris 480)
子路,Tanveer Batth,帕特里克·路德& Jesper诉奥尔森
通信生物学卷5,文章编号:150 (2022)
https://www.nature.com/articles/s42003 - 022 - 03095 - 4

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