COVID-19可以战胜科学除非知识保持电流

导致COVID-19的病毒有许多变体,如果科学家不掌握它是如何改变的世界的不同部分,测试可能产生假阴性结果。

开发有效的疫苗也可以阻碍如果专家不不断的病毒序列样本追踪它的遗传多样性。

这些见解源于一项研究在雷迪的曼尼托巴大学的健康科学学院与病毒学实验室合作在智利康塞普西翁大学。这项研究在线发表在5月PeerJ——生命和环境科学》杂志上。

研究人员使用公开数据集分析的全基因组测序样本病人感染SARS-CoV-2,导致COVID-19的病毒,在2020年3月27日。

卡洛斯·法卡斯博士,博士后在药理学和治疗马克斯·瑞迪医学院肿瘤学和血液学研究所,是该研究的第一作者。他是使用前沿的小说在生物信息学工具(使用电脑来分析生物的科学数据)来跟踪冠状病毒的突变。

嗯团队是第一个结合基因组测序来自全球两个数据源的数据以检测变异的地理区域。他们发现146个不同的变异,或基因病毒,留下“脚印”的患者数据。

“我们的一个重要发现是,样本来自华盛顿,美国的一个州,病毒首次发现,有相当独特的足迹的特定的病毒序列变化,”合著者杨晨博士说,副教授药理学和治疗,肿瘤学和血液学研究所的资深科学家。

“大约39%的华盛顿州样本足迹。亚洲和欧洲样本更加多样化的病毒序列的变化,但是他们的脚印很明显不同于在美国样本。”

实验室测试用于检测SARS-CoV-2,法卡斯和黑格说,使用小的DNA片段,或引物,结合病毒序列和放大任何病毒RNA / DNA存在于病人样本。

“这些引物需要确切地匹配病毒序列,以产生一个健壮的阳性结果,”法卡斯说。“如果研究人员设计这些引物结合病毒的地区,他们没有意识到已经改变了在一个特定的人口,可能有可怜的放大和假阴性结果。”

嗯的研究人员发现,一些病毒序列的变化确实是位于地区引物应该绑定的病毒。“这也许可以解释一些COVID-19假阴性结果的测试,”黑格说。

“因为SARS-CoV-2正在发生迅速的变化,研究人员应该意识到当前的本地病毒足迹为了设计DNA引物不绑定到地区的病毒已经发生了变化。其他地区的病毒不显示这些变化应该用于设计引物”。

研究人员希望他们的研究结果将影响COVID-19测试和疫苗开发和突出的重要性,常见的基因测序样品在世界的每一个国家。

研究团队,与BioXplor合作,一个数据驱动的药物发现平台,从神达最近获得的资金开发新的在线软件工具。这些工具将允许研究人员持续跟踪变化病毒序列,设计引物,避免病毒改变“热点”。

参考:法卡斯,C。Fuentes-Villalobos F。加里多,j·L。黑的,J·J。,,画面,麻省理工学院(2020)。见解早期创始人SARS-CoV-2病毒突变事件揭示跨地理区域的影响。PeerJ——生命和环境科学》杂志上。doi: 10.1101 / 2020.04.09.034462

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