第一个准确的肺结核基因组

科学家开发出了一种新颖的基因组组装工具,会促使人们开发出新的治疗肺结核和其他细菌感染。

新工具,它创造了一个改进的结核菌株基因组地图,应该做同样为其他菌株和其他类型的细菌,根据研究人员的结果出现了在自然通讯。

结核分枝杆菌、负责疾病的细菌结核病感染约四分之一的世界人口和杀害160万人根据世界卫生组织,2021年。当前医疗干预仅限于一个世纪疫苗感染风险降低了20%,四到六个月的强大的抗生素,有时证明无效。

“战胜这种疾病的关键是理解它,并理解它的关键在于其DNA,”说大卫Alland这项研究的资深作者,是传染病的部门主任新泽西州罗格斯大学医学院和学校的主任公共卫生研究所。“我们希望我们的新管道向世界各地的研究人员提供他们需要的信息来创建更快、更有效的治疗,在理想情况下,一个完全有效的疫苗。”

科学家首次测序的基因组一个肺结核菌株- - - - - -H37Rv- - - - - -在1998年,但他们永远不可能生成的完整和精确的序列将根除这种疾病的几率最大化——直到现在。

新的管道,被称为Bact-Builder,结合常见的开源基因组组装程序到一个小说和易于使用的工具GitHub上免费。

今天科学家们通常切大块的新细菌基因组DNA序列成小,快速浏览片段,然后使用一个参考序列如H37Rv正确地对齐结果的所有数据。然而,组装没有参考基因组,Bact-Builder从奴才测序与数据,允许研究人员识别基因存在于临床菌株可能不会出现在参考。

肺结核序列由Bact-Builder包含大约640万多个信息(碱基对)比旧的参考,更重要的是,确定基因新基因和基因片段缺失的参考。

“刚刚发布一个完全准确H37Rv参考菌株的基因组,这是每年数以百计的研究中使用,应该大大帮助结核病研究,“Alland说。

拥有一种简单的方法来序列所有菌株准确更重要的是,Alland说,“因为应变比较应该回答许多至关重要的问题,如为什么有些菌株比其他人更会传染的。为什么有些菌株引起更严重的疾病吗?为什么一些菌株更难治愈呢?所有这些问题的答案,这可能帮助我们设计出更好的治疗方法和疫苗,在遗传密码,但是你需要一个精确的方法来找到他们。”

参考:Fogarty EC Chitale P, Lemenze广告,等。全面更新结核分枝杆菌基因组H37Rv参考。Nat Commun。2022;13 (1):7068。doi:10.1038 / s41467 - 022 - 34853 - x

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