分子诊断新PNA-based纳米孔测序方法可能援助
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波士顿大学的研究人员在实验室Amit情节剧电影(BU)已经开发出一种单分子检测系统,用于标识该基地一个DNA链通过分析肽核酸(机构)标记基因片段穿过纳米孔。
PNAs的类合成核酸类似物,包括nucelobases绑定到peptide-like骨干在专门设计的序列。PNAs可以用来标记一个基因组序列结合的一个站一个双链DNA (dsDNA)分子。
“纳米孔的研究正在以前所未有的速度发展,“情节剧电影,副教授在波士顿大学的生物医学工程和物理学部门,告诉生物学技术。“我们想把它更上一层楼,看看我们可以检测到短DNA序列嵌入在一个长的DNA分子。”
根据情节剧电影,这纯粹的电法大大提高了纳米孔测序,这是备受推崇的潜力迅速而廉价地全基因组序列。虽然方法解决的问题,如何检测单核苷酸bases-a问题一直是困扰纳米孔technology-Meller表示,他并不认为该方法用于全基因组测序。“虽然是说关于这个完整的基因组测序的方法,我们认为这种方法会更适合在分子诊断任务。”
PNAs曾被用作微流控DNA测序方法的一部分。通过机构序列检测入侵的DNA链是有问题的,因为它主要是通过电泳凝胶化验。
“虽然非常有用,这个过程最终存在许多局限性,特别是在吞吐量,样本容量的需求,和决议,“情节剧电影说。”利用固有的单分子性质的纳米孔系统,我们现在有能力看单个分子,一个接一个地和判断他们是否包含机构,标记和DNA序列的利益。”
单分子检测装置是一个孤独的纳米孔组合在一个独立的氮化硅膜使用聚焦电子束。当一个积极的当前应用在使用电极膜,带负电PNA-tagged DNA分子通过纳米孔捕获和指导。这提供了控制链的速度,使研究人员确定基地通过评估离子电流的变化。当前值降低,反映了位移的电解质纳米孔的DNA片段。
“大多数单分子检测方法要求分子将“,”,不用说,不是一件容易的事,“情节剧电影说。“纳米孔的方法,我们发现可以使用远程电场集中的DNA分子远到纳米孔。相同的电极,用于生成这个重点领域也引起离子流动孔隙,让位给我们的主要的离子电流检测方法。“根据情节剧电影,研究人员可以画的DNA,通过纳米孔操纵电场,而不必修改DNA链或孔隙本身。
“最终,机构诱发DNA结构的变化,“情节剧电影说。“因此,通过检测机构沿着DNA分子标记,我们实际上是检测存在的相应预定义的序列;因此,这种方法是纳米孔系统的完美匹配。“机构信号直接,所以该方法高度量化,快,并且不需要大样本大小。情节剧电影说,这些特征将援助新的诊断方法的发展。
DNA映射技术的研究都集中在发展中基因组测序完成最好的机制,但情节剧电影还建议研究探索面向特定序列的检测方法为分子诊断。“我们认为通过开发一个方法,搜索键序列,我们可以放弃需要为每一个序列的血液样本疾病[和]寻找关键的分子特征,而不是“情节剧电影说。
尽管它规定使用有针对性的分子诊断,情节剧电影指出,他们的新技术仍与全基因组测序平台竞争。“我们相信,我们的方法有能力相当便宜的当前序列检测方法相比,“情节剧电影说。“考虑到单分子性质的方法,是非常可行的,我们能放弃当前的实践目标放大。这不仅会减少错误,而且还简化了样品制备过程,最终大大降低成本。”
研究小组打算继续提高技术。“我们正在寻找这一方法,我们可以走多远”说情节剧电影。“我们的目标是识别基因组仅仅基于标记的方式。”
资助这项研究是由美国国立卫生研究院和美国国家科学基金会。纸”,基于纳米孔的序列检测特定的双螺旋DNA基因组分析,“1月20日发表在《纳米快报,美国化学学会杂志》上。
PNAs的类合成核酸类似物,包括nucelobases绑定到peptide-like骨干在专门设计的序列。PNAs可以用来标记一个基因组序列结合的一个站一个双链DNA (dsDNA)分子。
“纳米孔的研究正在以前所未有的速度发展,“情节剧电影,副教授在波士顿大学的生物医学工程和物理学部门,告诉生物学技术。“我们想把它更上一层楼,看看我们可以检测到短DNA序列嵌入在一个长的DNA分子。”
根据情节剧电影,这纯粹的电法大大提高了纳米孔测序,这是备受推崇的潜力迅速而廉价地全基因组序列。虽然方法解决的问题,如何检测单核苷酸bases-a问题一直是困扰纳米孔technology-Meller表示,他并不认为该方法用于全基因组测序。“虽然是说关于这个完整的基因组测序的方法,我们认为这种方法会更适合在分子诊断任务。”
PNAs曾被用作微流控DNA测序方法的一部分。通过机构序列检测入侵的DNA链是有问题的,因为它主要是通过电泳凝胶化验。
“虽然非常有用,这个过程最终存在许多局限性,特别是在吞吐量,样本容量的需求,和决议,“情节剧电影说。”利用固有的单分子性质的纳米孔系统,我们现在有能力看单个分子,一个接一个地和判断他们是否包含机构,标记和DNA序列的利益。”
单分子检测装置是一个孤独的纳米孔组合在一个独立的氮化硅膜使用聚焦电子束。当一个积极的当前应用在使用电极膜,带负电PNA-tagged DNA分子通过纳米孔捕获和指导。这提供了控制链的速度,使研究人员确定基地通过评估离子电流的变化。当前值降低,反映了位移的电解质纳米孔的DNA片段。
“大多数单分子检测方法要求分子将“,”,不用说,不是一件容易的事,“情节剧电影说。“纳米孔的方法,我们发现可以使用远程电场集中的DNA分子远到纳米孔。相同的电极,用于生成这个重点领域也引起离子流动孔隙,让位给我们的主要的离子电流检测方法。“根据情节剧电影,研究人员可以画的DNA,通过纳米孔操纵电场,而不必修改DNA链或孔隙本身。
“最终,机构诱发DNA结构的变化,“情节剧电影说。“因此,通过检测机构沿着DNA分子标记,我们实际上是检测存在的相应预定义的序列;因此,这种方法是纳米孔系统的完美匹配。“机构信号直接,所以该方法高度量化,快,并且不需要大样本大小。情节剧电影说,这些特征将援助新的诊断方法的发展。
DNA映射技术的研究都集中在发展中基因组测序完成最好的机制,但情节剧电影还建议研究探索面向特定序列的检测方法为分子诊断。“我们认为通过开发一个方法,搜索键序列,我们可以放弃需要为每一个序列的血液样本疾病[和]寻找关键的分子特征,而不是“情节剧电影说。
尽管它规定使用有针对性的分子诊断,情节剧电影指出,他们的新技术仍与全基因组测序平台竞争。“我们相信,我们的方法有能力相当便宜的当前序列检测方法相比,“情节剧电影说。“考虑到单分子性质的方法,是非常可行的,我们能放弃当前的实践目标放大。这不仅会减少错误,而且还简化了样品制备过程,最终大大降低成本。”
研究小组打算继续提高技术。“我们正在寻找这一方法,我们可以走多远”说情节剧电影。“我们的目标是识别基因组仅仅基于标记的方式。”
资助这项研究是由美国国立卫生研究院和美国国家科学基金会。纸”,基于纳米孔的序列检测特定的双螺旋DNA基因组分析,“1月20日发表在《纳米快报,美国化学学会杂志》上。
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