肿瘤基因体细胞突变的快速检测

在个性化癌症治疗的背景下，利用DNA测序进行肿瘤突变分析已经成为一种新的研究方法
经常被称为“金标准”，但DNA测序是最不敏感的方法之一
用来描述突变。至少有20%的DNA是突变体，突变才会出现
通过标准DNA测序检测。只有当人们假设肿瘤是单克隆的，并且所有关键的驱动突变都存在于大部分肿瘤中时，这种敏感性水平足以表征肿瘤突变的含蓄接受才有意义。但这些都是不正确的
假设。事实上，很明显大多数(如果不是全部的话)结肠肿瘤都是多克隆和异质性的。因此，使用标准的DNA测序方法可能无法检测到肿瘤驱动突变。为了快速检测肿瘤来源DNA中的这些低频突变，我们开发了一种新技术，可以使用定量PCR (qPCR)以<0.1%的灵敏度检测肿瘤驱动和耐药体细胞突变，而不需要数字PCR或液滴数字PCR (ddPCR)方法。我们利用特异性靶基因野生型模板的异种核酸(XNA)夹紧探针，只允许选择性扩增不匹配的突变模板。利用实时荧光定量pcr结合互螯合荧光染料检测，在取样后2小时内直接检测KRAS、NRAS、BRAF、EGFR和JAK2的驱动突变和耐药突变。