骄傲,一个开源数据库的蛋白质识别

欧洲生物信息学研究所(EBI)和弗兰德斯大学间的生物技术研究所(VIB)根特大学推出了蛋白质组学识别数据库(骄傲)。

骄傲是为了让科学家利用日益增长的质量信息的身体补蛋白质改变在许多疾病,对预测铺平了道路,在医学诊断方法。而一个人的基因组从一个时刻到下一个保持不变,蛋白质组是极度动态的。

蛋白质的高通量鉴定的势头越来越猛,直到最近没有简单的共享或比较结果。“蛋白质组学实验室发布他们的蛋白质识别”,解释了亨宁Hermjakob, EBI的蛋白质组学服务团队的领导人。他补充说,“但他们没有指导方针应该捕获哪些信息或信息应该如何格式化”。

进一步说,“蛋白质组学社区迅速意识到,研究人员只能利用他们的努力的结果,如果他们有一个中央存储库,允许他们做出他们的结果公开使用数据标准达成一致。”

“一旦每个人都使他们在相同的格式的数据,就可以使用强大的计算机技术来分析数据”继续乔尔Vanderkerckhove VIB-Ghent大学。他补充说,“然后它就变得简单分析蛋白质识别从许多不同的来源,或比较蛋白质在不同条件下产生的一个特定的组织。”

根据EBI,骄傲是人类蛋白质组学密切相关组织的蛋白质组学标准计划和将允许用户传输数据使用标准,目前正在开发PSI的一部分。海尔哥哥说,已经在骄傲的大型数据集包括人类蛋白质组组织的血浆蛋白质组计划的结果,和人类血小板蛋白质组由根特大学出版。

其他国际合作的结果,如人类肝脏蛋白质组组织的蛋白质组计划,将出版。

骄傲是一个开源的:骄傲数据库、源代码、数据和支持工具是免费的web访问或下载和本地安装。“我们希望蛋白质组学研究人员和出版公司将采用骄傲作为首选的方法使蛋白质组学数据免费提供和利用蛋白质组学社区”Henning Hermjakob总结道。“我们也希望与其他供应商合作的蛋白质识别数据全面、最新的可用性最大化蛋白质识别信息”