Oncomine™肺cfDNA检测

简介

癌症研究人员知道每种肿瘤都是不同的。虽然取样组织仍然是标准做法，但液体活检样本可能有几个优点:a)它们可以对来自同一受试者的多个样本进行连续分析;B)它们可能更好地分析肿瘤异质性;C)在无法收集组织样本的情况下，可以收集它们，就像肺癌样本一样;d)与组织样本相比，它们的侵入性更小，获取成本更低。值得注意的是来自肿瘤的血源性cfDNA，被称为循环肿瘤DNA (ctDNA)。ctDNA是罕见的，在典型样本中突变DNA的比例很低(0.1-1.0%)。

为了释放液体活检样本的潜力，转化和临床研究人员需要一种NGS检测方法，能够在低突变频率下进行多生物标志物分析，以检测原发肿瘤驱动因素和耐药性突变。Oncomine Lung cfDNA Assay介绍了一个工作流程，用于从单个血液样本中分离cfDNA，然后使用Ion S5™XL系统进行变体分析，以及Torrent Suite™软件中经过训练的变体调用插件。

方法

为了从10毫升血液样本中分离cfDNA，将样本离心以分离血浆部分。使用Applied Biosystems™MagMAX™细胞游离DNA分离试剂盒手动协议，从血浆中回收cfDNA。从起始样本中，从健康组织样本中获得5 - 20ng cfDNA，从晚期肺癌样本中获得5 - 100ng cfDNA。按照用户指南中概述的标准文库构建，使用Oncomine Lung cfDNA Assay扩增血浆中纯化的cfDNA。

分析

使用Torrent Suite Software version 5.2或更高版本的cfDNA变体调用插件分析测序数据，该插件具有为肿瘤液体活检应用优化的参数。

结果

Oncomine Lung cfDNA Assay靶向NSCLC中的关键基因:ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, PIK3CA, ROS1和TP53。使用来自晚期NSCLC样本的匹配组织和血液，我们观察到福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)研究样本中的变体与血浆中cfDNA中的变体之间存在高度相关性(表1)。当变体来源于癌细胞时，FFPE肿瘤样本中的等位基因分数也高于血浆中测量的等位基因分数。此外，在两种情况下，MET-T1010I的种系变异在FFPE和血浆中均接近50%。

表1。FFPE样品与cfDNA的突变相关性¹．

Oncomine Lung cfDNA Assay在0.1% LOD下的平均灵敏度为90%，平均特异性为98%，观察到的性能能够扩增更困难的研究样本(表2)。除了这些对对照样本中预期变异的测量外，在超过8个文库中测试的实际cfDNA样本的假阳性数小于1个，这表明在检测cfDNA低频变异时具有非常高的特异性。为了验证这一性能，Oncomine Lung cfDNA文库以Horizon Discovery™的工程对照作为输入生成。表3中的数据显示了在使用Oncomine Lung cfDNA Assay进行分析时，变体调用者分析插件对工程进入Horizon Discovery™Multiplex cfDNA参考标准集的8个体细胞变体调用的变体频率。

表2。敏感性和特异性在o.1%频率和0.5%频率与工程对照样品。

表3。从多重cfDNA参考标准集调用的变体

结论

Oncomine Lung cfDNA Assay包含35个扩增子，覆盖11个基因的>150个SNV热点。结合Ion S5系统，这项研究能够有效地对血液中的cfDNA进行多生物标志物分析。由于灵活的检测限度低至0.1%，具有高特异性和敏感性，临床癌症研究人员可以更快地检测ctDNA，以便更好地研究耐药性突变。