欧洲联盟——提供蛋白质组学基础设施

欧洲蛋白质组学基础设施财团提供(EPIC-XS2019年1月)开始。它汇集了世界领先的财团,高度创新的欧洲的共同目标蛋白质组学设施支持优秀的生命科学研究在欧洲。这是通过提供先进的蛋白质组学设施,包括接收支持现场专家的专家设计和数据分析。这个项目还计划制定和实施新的质谱(MS)的蛋白质组学和生物信息学方法塑造未来生命科学研究在欧洲。欧盟资助的一部分的地平线2020工作计划,协调教授Albert见鬼,项目协调员和乌得勒支大学的生物分子和蛋白质组学女士教授。

跨国进入EPIC-XS由约2400天先进的蛋白质组学设施的访问,评估国际独立审查小组,确保卓越和匹配的用户提供最好的设备具有挑战性的研究问题。

米利暗银白杨和Franziska Hackbarth维护液相色谱系统质谱仪的访问站点位于巴伐利亚生物分子质谱中心,德国慕尼黑工业大学。来源:EPIC-XS。

女士的概述

几乎三分之二的通过这四年的项目,科学的需求获取先进的蛋白质组学技术已导致超过250个应用程序。用户应用程序源自欧洲中部的地理分布在主还EU-associated国家,如瑞士、挪威和土耳其,以及从六个欧盟13个国家表示:克罗地亚、波兰、斯洛伐克、斯洛文尼亚、塞浦路斯和捷克共和国。值得注意的是,从加拿大和美国访问也被要求,表明EPIC-XS取得了世界范围的认可。

这样重要的访问请求很可能由于目前生命科学研究者所面临的许多挑战。蛋白质组学的广泛使用对许多临床实验室和研究机构可以阻塞仪器包括女士的高成本的成本维持这些复杂的机器,他们的计算能力,昂贵的耗材。需要获取、培训和留住高素质人员意味着女士设备可以挑战的长期可持续性。

实验的EPIC-XS访问站点的用户已经提供的见解:

• 蛋白质相互作用研究
• 蛋白质功能
• 蛋白质的修改
• 蛋白质定位的研究

产生信息,跨越了整个生命科学领域包括发展向潜在的疾病生物标志物,最终可用于疾病检测、治疗,在某些情况下,预防,发展中食品是安全的,有助于我们的身体健康,研究小说发展的设计师作物。在这里,我们看看一些EPIC-XS财团的用户的工作。

用户从公共和私人研究机构

马格达雷娜Heidorn-Czarna博士的细胞分子生物学, 弗罗茨瓦夫大学 、波兰、正在调查全球变暖对植物的快速增长的后果。马格达雷娜的工作从蛋白质组的科学家们招募了专业知识 弗兰芒研究所生物技术——绅士大学 、比利时。这些科学家在氨基端COFRADIC专家程序和恰当地适合在识别蛋白酶底物,帮助马格达雷娜理解的角色OMA1和i-AAA ( FTSH4 热应力)线粒体膜蛋白酶在工厂。 正在COFRADIC分析将揭示特定的蛋白酶,乳沟网站类型的屏幕,在波兰不能进行。

”B y跨国访问 EPIC-XS财团中的专业知识和资金计划,这些实验都是在很短的时间内成为可能,”——马格达雷娜。

埃斯特万Gurzov博士组长 信号转导和新陈代谢的实验室,大学自由, 布鲁塞尔,得益于跨国访问的优点见鬼的实验室。Gurzov集团专注于研究磷酸酯酶在代谢中的作用和与肥胖相关的并发症如癌症的影响。他的愿景是在寻找新靶点研究代谢紊乱治疗这些疾病。实验室利用小鼠模型和人体组织的各种各样的技术来研究细胞在代谢功能障碍,包括代谢疾病的动物模型,基因表达,RNAseq, siRNA qPCR和免疫印迹分析确定相关基因和信号通路。

“在过去的几个月,我从EPIC-XS倡议研究极大地受益。就可以进行全面的屏幕表示和活跃 posttransfusion紫癜( 中, ) 从人类肝组织活检极其有限,”——Gurzov。

Gurzov的一些研究成果专利申请已经提交。

协同效应:访问网站和人员

的用户和合作EPIC-XS访问网站的研究科学家有 证明是无价的荷兰国际集团(ing)ydF4y2Ba回答荷兰国际集团(ing)当前的生命科学研究问题,并打开了几个令人兴奋的未来研究的可能性。访问网站的巴伐利亚女士生物分子中心( BayBioMS ),慕尼黑工业大学(TUM)帮助众多研究人员现已经包括斯文范博士,KU鲁汶,比利时 和西尔维斯特·霍尔特博士从 大学蔚蓝海岸 , 法国。现已经范的研究侧重于神经肽的功能及其相应的行为的影响。 由于广泛的神经肽功能进化的保护,这些都是经常在无脊椎动物模型研究系统,在这种情况下,线虫秀丽隐杆线虫。神经肽是他们的一个典型特征在活的有机体内处理,导致短( ~ 10个氨基酸)序列包含相对较少的基本氨基酸使成功的质/ MS检测具有挑战性。到目前为止,大多数现已经范的peptidomics研究是基于视数据采集(DDA)和w当您发现适合的目的,其低整体再现性使它不合适的准确的鉴别研究。的中空的访问网站是一个简单的选择,由于他们的专长吗与平行反应监测等不同的目标蛋白质组学策略(人口、难民和移民事务局)和data-independent收购(DIA)。

“EPIC-XS授予我可能直接与专家互动领域的目标,他们的经验和输入非常有利于我目前的研究,这将是我将在我未来的职业,“-现已经范。

霍尔特博士调查的分子扰动的影响源自人类癌症在酵母突变模型系统 。2018年该集团、1011年的酵母基因组资源 自然 ,这就涉及到酵母菌株隔绝广泛的自然和国内的利基市场。这年代建立酵母资源将使用探讨耐药性的机制,专门为mTOR,比较这些不同酵母分离机制。

” 这个项目没有EPIC-XS永远不会达到目前的 卓越的科学水平 。 得到EPIC-XS格兰特对我来说一直是一个非常积极的经历和我的科学生涯的前进动力,”- - - - - - 霍尔特。

EPIC-XS不限制其访问特定的流派在生命科学领域,并为更广泛的帮助,完成研究项目。这包括显著提高动物和兽医科学研究,这一领域,直到过去十年没有传统利用蛋白质组学技术。 安德烈·m·阿尔梅达博士 里斯本大学 、葡萄牙、完全支持这一行动。

“EPIC-XS对于动物和兽医学等领域尤其重要,蛋白质组学的使用是相当罕见,尽管增加了在过去的十年。这允许更广泛的和完整的研究项目,有效补充传统方法” de Almeida)。

工业用户 虽然大多数用户都来自学术界和其他研究机构,也得益于跨国工业用户访问与蛋白质组学和直接沟通。 克里斯蒂娜马森博士创始人之一和全球业务主管 Acrivon 疗法解释道:

“我们的项目涉及蛋白质组学分析的药物在不同肿瘤模型。作为一个小型生物技术启动非常有限的资源,这样一个平台的支持非常有价值,并被这个联盟的一部分一直是一个很好的经验,”- - - - - - 马森。

与大多数EPIC-XS用户, 首席执行官和创始人 Spectroswiss 尤里·Tsybin博士的 主要兴趣是自顶向下和middle-down proteoform分析。本研究女士需要特定的专业知识和能力。他选择在选择巴斯德研究所生物学实验室的女士,法国为首 茱莉亚Chamot-Rooke博士 是一个明显的一个。

“提供金融支持有助于实现这类项目。我们设想结果直接影响我们(和其他人)将执行单克隆抗体的结构分析,以及其他潜在的复杂的蛋白质,在不久的将来,“- 尤里·。

未来的影响

EPIC-XS可以采取信贷的成就通过其灵活地提供所有欧洲科学家从新手到经验丰富的研究人员在所有生命科学中的科学划分。

这个框架的独特性已经被联盟成员和用户都大力提倡,例如提供的自上而下的蛋白质组学。参加过17^th年度美国国际研讨会上自上而下的蛋白质组学(8 - 12 2021年3月),尤里·Tsybin和茱莉亚Chamot-Rooke(巴斯德研究所、访问站点管理器)的热情EPIC-XS已经迫使美国研究人员考虑实现EPIC-XS模型类似的框架。

目前,超过70个与更多的同行评议的出版物是可用的准备。大多数的这些四个联合研究活动(JRA)研究小组内的财团。这并不奇怪,因为EPIC-XS只存在了两年,而且它可以编译数据和用户几个月准备手稿。

用户出版物的完整列表以及细节的建议提交是可用的EPIC-XS网站。

关于作者

玛蒂娜O 'Flaherty专用EPIC-XS项目经理开始以来的蛋白质组计划在2019年1月。玛蒂娜在生物化学背景和女士是建立在乌得勒支大学她也管理乌特勒支分子免疫学中心项目研究的艾伯特见鬼。