2016年激酶分析趋势
蛋白激酶已被证明是一种主要的药物靶点，在过去的20年里，有超过20种激酶抑制剂被批准用于治疗癌症和炎症性疾病。人类激酶组包括518种已知的蛋白激酶和大约20种脂质激酶。细胞生命的几乎所有方面都由蛋白激酶介导的蛋白质可逆磷酸化控制，异常磷酸化是许多疾病的原因或结果。因此，许多制药和生物技术公司继续对被认为具有临床重要意义的激酶靶点进行初步筛选。优化激酶先导的一个重要步骤是确定这些先导相对于其他激酶酶的相对选择性。这种所谓的激酶谱通常是针对一组激酶酶进行的。这种方法促进了抑制剂的开发，增强了对选定的激酶靶点的效力。此外，它可能导致对意想不到的激酶靶点的可能的新选择性的鉴定。直到几年前，典型的激酶小组可能来自激酶超级家族的密切相关的成员，偶尔有来自其他家族的代表。然而，目前的趋势是针对更全面的激酶面板进行更广泛的分析，在某些情况下利用所有可用的激酶。 This has led to competition among fee-for-service providers as to who can offer the broadest panel, with new kinases being added to their panel at almost weekly intervals. The ability to profile against the widest possible panel of kinases in house involves considerable expense and resources which few organizations can afford today. As a consequence outsourcing of kinase profiling is now the accepted practice, particularly if a broad kinome profile is wanted. As more pharma companies focus on the screening of related target families in parallel across therapeutic area boundaries, greater importance is being given to the early determination of selectivity profiling. This has contributed to the increasing number of companies that now offer outsourced kinase profiling on a fee-for-service basis.
选择供应商
拥有超过15年的经验，DiscoverX的KINOMEscan®平台采用专有的活性位点定向竞争结合分析，在超过480个分析中定量测量测试化合物和激酶之间的相互作用，这是现有的最大集合。凭借最快的周转时间和广泛的动态范围，KINOMEscan®服务可以加速SAR分析。
“KINOMEscan®在kinome范围内进行广泛的分析，可以使用准确、可重复的数据对化合物进行广泛的注释，以便利用现有的化学资产启动新的发现项目。”
Daniel Treiber博士，首席技术官，药物发现服务，DiscoverX公司
更多的信息2016年5月，HTStec在制药、生物技术和学术界的研究实验室中进行了激酶分析的市场调查。该调查由HTStec发起，作为生命科学市场跟踪的一部分，并更新HTStec之前的激酶分析趋势报告(2013年5月发布)。目的是全面记录激酶分析的当前实践和偏好，并了解未来的用户需求，特别是关于外包服务的成本和使用。目的是编写一份激酶分析指标的参考文件，可以直接与HTStec之前的2013年报告进行比较。本文包含HTStec市场报告《激酶分析趋势2016》中的“精选结果”。它旨在为读者提供对最近市场趋势的简要洞察。它只涵盖了完整报告中详细列出的30个原始问题中的11个。在这个“选定的发现”中，我们将我们的讨论集中在外包激酶分析上，尽管它所基于的市场报告也检查了内部分析。应查阅已发布的完整报告，以查看整个数据集、每个问题的回答细分的详细信息、它的细分和对未来的估计。请点击这里获取更多信息。
外包激酶分析的主要用途:
图1: 目前使用激酶测定的治疗领域
目前，大约三分之二的激酶分析活动是外包的。利用这些外包激酶分析结果的主要治疗领域见图1。这表明大多数(80%)受访者在肿瘤治疗领域(TA)内使用激酶测定。其次是44%的炎症疾病/自身免疫性TA;26%神经病学TA;19%代谢测定;11%的心血管和抗感染TA;9%是其他助教。
首选外包激酶面板分析方法格式:
图2:优选外包激酶板分析格式
优选的外包激酶面板分析格式如图2所示。这表明，大多数人(68%)首选的外包激酶面板分析分析格式是活性分析(例如，反应生物学的HotSpot基于放射性标记活性的激酶分析)。接着是结合测定(23%)和细胞测定(8%)。大多数人首选的第二种外包激酶面板分析格式平均分为基于细胞的分析(37%)和结合分析(35%)，然后是基于活性的分析(27%)。
外包激酶板分析服务的典型用法:
图3:外包供应商每年根据激酶板测得的井总数
图3详细描述了外包供应商每年对激酶板进行分析的井总数。这表明，2016年外包激酶板剖面提供商每年测试的单井总数中位数为500-5K口井/年。
图4: 2016年外包的激酶分析井的情况
图4报告了2016年外包的激酶分析井的情况。这表明大多数(33%)外包激酶分析孔是重复或重复点(%抑制)测试(n>1)。其次是单点响应曲线(IC50s或Kds)试验(n=1) (27%);重复或重复点响应曲线(IC50s或Kds)试验(n>1) (22%);然后单点(%抑制)试验(n=1)(18%)。
选择激酶分析面板:
图5:目前使用的外包激酶板的典型尺寸(2016年)
图5给出了2016年用于先导优化或最终决策阶段(候选人选择之前)SAR的外包激酶面板的大小。这表明在先导优化中为SAR外包的激酶面板的中位数大小为50-100个激酶，而在最终决策阶段为100-150个激酶。
图6:激酶分析小组的规模受访者更喜欢外包提供商提供
图6显示了受访者更喜欢外包提供商提供的激酶分析面板的大小。这表明外包供应商提供的激酶面板的中位数优选大小为200-300个激酶。尽管最大比例的受访者(36%)想要>400个激酶，即尽可能多地代表kinome。
图7:外包小组中疾病相关突变激酶的需求数量
受访者希望在外包供应商的激酶面板中看到的与疾病相关的突变激酶的数量详细见图7。这表明在外包小组中需要1-50个疾病相关突变激酶。
图8:当受访者选择做一个广泛的Kinome概况
当受访者选择做选择性和脱靶相互作用的广义kinome轮廓时，如图8所示。这表明大多数人(55%)在先导优化过程中会选择做一个广泛的kinome剖面。还有35%的人会在最终候选人选择之前选择，6%的人永远不会选择，4%的人会在最终候选人选择之后选择。
选择激酶分析面板提供商:
图9:首选外包激酶分析收费服务提供商
调查对象被要求选择他们最喜欢的外包激酶面板分析提供商。图9总结了记录为所有提供者选择的百分比份额的首选项。这表明，反应生物学是最受欢迎的外包激酶面板分析服务收费提供商，占选择的31%。紧随其后的是DiscoverRx(16%)、Eurofins(11%)和Thermo Fisher Scientific(10%)。所有其他供应商的选择份额不超过5%。请注意:这不是基于实际服务购买的真实市场份额，而是受访者对特定服务提供商的偏好数量的总和。
图10:选择激酶分析收费服务提供商的关键标准
图10列出了在选择外包激酶服务提供商时被评为最重要的决策标准。这表明高质量的可重复数据评分最高，73%的调查受访者选择。其次是每次试验成本(66%)，周转时间(62%)，激酶提供的广度(即面板大小)(47%)，然后是测定格式(即功能/结合;荧光/ radiolabel)(44%)。在选择外包激酶服务提供商时，最不重要的标准是购买服务中使用的产品/技术的能力，以及信息学和创新的数据可视化工具。
图11:激酶服务提供商应该优先考虑哪些方面
受访者认为激酶服务提供商应该将他们的努力集中在图11中。这表明，大多数人(46%)希望看到基于内源性激酶表达的细胞检测(更具生理相关性)。其次是降低价格(44%)，基于过表达激酶的细胞检测(27%);增加提供的激酶数量(24%)，然后提高数据质量(24%)。人们认为最不需要的是跨物种检测的开发和提供更好的客户支持。
结论:
上述报告的选定结果表明，肿瘤是利用这些外包激酶分析结果的主要治疗领域。活性分析是首选的外包激酶面板分析格式。每年平均有500- 5000个单化验井外包给激酶面板分析提供商。这些外包井大多是重复或重复点(%抑制)测试(n>1)。先导优化中SAR激酶面板的中位数为50-100个激酶，而最终决策阶段为100-150个激酶。外包供应商提供的激酶面板的中位数优选大小为200-300个激酶。在外包小组中，需要1-50个疾病相关突变激酶。大多数人会选择在先导优化过程中做一个广泛的kinome剖面。反应生物学是最受欢迎的外包激酶板分析收费服务提供商。在选择外包激酶服务提供商时，高质量的可重复数据被评为最重要的决策标准。 Cell-based assays based on endogenous kinase expression (more physiological relevant) are where respondents think kinase service providers should focus their efforts going forward.
最大限度地提高整个激酶组(包括野生型、突变型、非典型、脂质激酶和病原体激酶)的检测代表性，是近年来几乎所有收费服务提供商的主要目标。在一些供应商，可用于外包分析的激酶总数现在超过了600个。许多提供商还大大改进了数据交付时间，在某些情况下只需几天。此外，一些供应商现在正在提供新的基于细胞的检测格式来验证激酶抑制剂，例如3D肿瘤球体检测;软琼脂/克隆原测定;细胞酪氨酸激酶测定;人类细胞特异性激酶磷酸化活性的直接定量研究;举几个例子。由于大量的供应商竞争商业化验服务，定价从未如此激烈。然而，客户的要求从来没有100%的匹配，最终用户总是可以找到未满足的需求，这里只是一些少数报告给我们的:1)定制面板的能力更大的灵活性，而成本不会螺旋式上升; 2) assays to be available in the same format (there is currently no accepted universal detection method); 3) better analysis of the kinase relationships across the entire kinome; 4) more cell-based panels at a reasonable cost; 5) consistent naming of enzyme/protein and information provided by the different suppliers; 6) a platform to evaluate inactive kinases; 7) binding kinetics data e.g. koff rates, and 8) greater clarity over the activation-state of the kinase being profiled. Despite these shortcomings the case for outsourcing kinase profiling versus in house testing has never been better served.
John Comley是HTStec Limited的董事总经理。
免责声明:HTStec有限公司在编制和准备其报告中的这些选定调查结果时，已作出了适当的谨慎，该报告是根据被访者公司个人提交的信息编制的。HTStec Limited未核实此信息的准确性，也未确定被告有权向HTStec Limited披露信息。HTStec有限公司明确否认任何和所有保证有关这些选定的发现，包括任何保证mechantability和/或适合任何特定目的，以及履行保证，以及可能因交易过程或贸易习惯而产生的任何保证。对于这些精选结果的使用，不作任何明示或暗示的保证。在任何情况下，HTStec有限公司均不对由此而产生的附带的、特殊的、间接的、直接的或后果性的损害或利润损失、业务中断或相关费用负责使用这些选定的结果，包括但不限于由于其中数据不准确而导致的结果。
