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建立一个社区,让生物学变得更好


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生物的复杂性并没有变得更容易解开,但利用计算机的力量可以让我们在这方面做得更好。

随着证据充分的可复制性危机、药物和治疗制造成本上升以及销售成本危机,生命科学研发正面临越来越多的挑战。这些挑战是可以感受到的横跨所有领域,从学术界到生物技术,再到工业界。

像Synthace这样具有前瞻性的公司正试图帮助生物学家克服这些挑战,为他们提供软件解决方案,使他们能够更快地进行更复杂的科学研究。

他们这样做的另一种方式是通过倡导一个社区,旨在促进围绕计算机辅助生物学的讨论、想法和思想领导,他们认为这可以开创生命科学的新时代。

我们采访了Synthace的社区负责人费恩·门萨(Fane Mensah),了解更多关于计算机辅助生物学的知识,以及他希望如何通过建立一个由志同道合的科学家和思想家组成的社区来帮助推动生物学向前发展,克服最紧迫的挑战。

问:你能多介绍一下你自己,以及你是如何创办“计算机辅助生物学”社区的吗?

答:
我热爱生物学,也热衷于网络和社区建设。在本科和研究生时期,我花了很多时间在实验室里,但我也花了很多时间在网络活动和会议上与来自不同学科的科学家交谈。我意识到生物研发中的很多痛点是跨部门共有的。比如需要做更复杂的实验,但没有时间或资源去做。

我还意识到,如果我能把人们联系起来,这个领域也许能做些什么来克服这些挑战。我强烈地感觉到,通过让科学家更快地做更复杂的实验,我们可以更快地推进生物学。

计算机辅助生物学克服了我听说的很多痛点,比如复杂性和资源成本。但它并不为人所知,人们不明白它能在多大程度上帮助他们进行实验,这就是为什么我要创办计算机辅助生物学社区。

问:
“计算机辅助生物学”到底是什么意思?

答:
从最简单的意义上来说,计算机辅助生物学就是“用计算机来帮助生物学”。更详细地说,我们将计算机辅助生物学描述为使用新的数字技术和下一代硬件工具的生物研究、开发和制造。这些技术进步使科学家和工程师能够更有效地研究复杂的生物系统。

如果我们看看药物开发的过程,我们以前从未在生物学中看到过如此复杂的情况。虽然世纪之交的大多数新药都是基于化学的,但我们已经看到了向大分子药物的转变,现在我们正处于细胞和基因治疗的新时代。

随着设计和生产这些疗法的复杂性的增加,需要解决的物理和数字问题也越来越多。例如,我们如何在实验室(物理)中生成更大更健壮的数据集?以及,我们如何最好地构建或使用这些数据集,以及我们如何使用技术来帮助解决复杂的生物学问题(数字)?生物学从数字到物理的转变是计算机辅助生物学的核心。

因为我们正面临着挑战
为了更有效地运用生物学,无论是现在还是将来,在生物学和技术的交叉点上公开讨论这些方面是绝对重要的

问:
这个社区是为谁服务的,你希望通过启动它来实现什么?

答:
该社区汇集了来自行业、政策、初创企业、学术界、供应商和投资界的生物学家、工程师、计算机和数据科学家。与他们一起,我们希望鼓励讨论、合作和最佳实践,以推动生物研究和开发向前发展。我们应该什么时候实施技术?现在已经有什么技术了?我们还能在哪些领域创新?

最重要的是,这些技术将如何改善生物科学?

这些都是我们希望解决的问题,并分享该领域的思想领袖和专家的见解。

通过建立这个新的社区,我们的目标是填补生物学和技术交叉领域存在的空白。我们希望帮助行业克服这种脱节,因为我们认为这对每个人都有巨大的好处。

问:
计算机有可能取代生物学家吗?应该取代吗?

答:
我的答案是否定的,我也认为他们永远不会。

一个好的生物学家的力量在于提出科学问题并检验假设。他们应该花时间思考复杂的实验,而不是进行费力的实验的物理执行。这就是计算机可以补充生物学家的地方。

在许多情况下,生物学家的复杂程度有限,因为不可能手动执行100个实验。这在不知不觉中影响了我们设计实验的方式。谁会设计实验,知道他们不能在预期的时间内执行它们?

这就是电脑能帮上忙的地方。

计算机辅助生物学不仅仅是尖端机器人和智能软件,它也是我们研究生物学方式的文化变革。一旦我们能够用更少的人力做更多的事情,我们就可以更快地推动生物学的发展。

我认为计算机将有潜力取代我们的一些手工工作,并帮助我们设计实验,但生物学家将永远是科学的中心!
然而,讨论生物学家如何控制计算机也很重要,因为这在未来将变得非常重要。

“计算机辅助生物学”描述了增强人类生物研究能力的新兴工具生态系统。

问:
计算机辅助生物学目前在哪里实施?

答:
因为在许多情况下,它涉及到昂贵的机器人或软件,它主要在高吞吐量很重要的生物技术和制药公司中实现。但这种情况正在改变,合成生物学、生物工程和农业科学等领域正在利用计算机辅助方法来研究它们的生物学。

问:人们在哪里可以找到更多关于社区的信息?

答:
你可以注册并加入社区在这里我们欢迎任何对这一新兴领域感兴趣的人,无论您是有经验的用户,还是只想了解更多关于技术如何推动我们做生物学的方式。

我们希望与人们一起建立这个专注的社区,而不仅仅是为了他们。我一直对向别人学习很感兴趣,我认为这将是社区的一个重要价值。

Synthace的社区负责人Fane Mensah(中)。

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劳拉·伊丽莎白·兰斯顿
劳拉·伊丽莎白·兰斯顿
主编
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