密苏里大学购买了SGI技术计算生命科学研究

生物信息学协会密苏里大学最近购买了高性能计算技术硅谷图形和SGI®InfiniteStorage存储区域网络(SAN)和8 tb的能力重要的计算和存储能力添加到现有的生命科学研究的基础设施。

的SGI®Altix®服务器选择的共享内存架构和Linux®操作环境,这将使研究人员,特别是在分子动力学、分子建模、蛋白质结构预测、以及联合活动,运行大规模问题比以往任何时候都。

安装在11月,SGI系统得到了大学的研究人员在12月中旬开始。

Altix将立即接管大量大计算化学工作目前较慢的服务器上运行,包括bipolymers结构研究,化学在星际空间,在水晶有机分子材料和极地秩序。

使用卫星和GIS数据研究环境问题,和其他科学家研究固态设备的电气性能,已经在SGI Altix请求的时间系统。

还有非常早期研究的电子结构,晶体结构和各种生物化学结构的化合物,能够使用天然有机化合物开发计算能力。

大学的主要原因购买SGI Altix系统运行这些类型的问题,这需要巨大的处理能力和共享内存架构得到结果在几个小时,而不是几天或几周。

”的一个关键的抑制因素研究人员想要运行更大的问题是内存的大小,”戈登施普林格博士说,科学主任,生物信息学的财团,密苏里大学。

“SGI Altix大大增加我们的大规模计算能力需要大内存的问题,甚至超出了我们现有的系统的范围,它并不小。”

“我们运行一些基准,和工作在惠普大约50到60小时αSC系统实际上花了2到6个小时在同样配置的SGI Altix。”

“我认为Altix重点在我们的基础设施。Altix是,我相信,最合适的系统,我们会在适当的时候可以把支持对称多处理大规模共享内存环境生命科学研究者在大学系统”。

密苏里大学生物信息学财团购买了SGI®Altix Bx2®3700, 128 gb的内存和64英特尔®Itanium®2处理器运行Novell®SUSE Linux™和SGI®Enterprise Server ProPack™软件性能套件和一个8结核病SGI®InfiniteStorage圣与InfiniteStorage共享文件系统cxf™支持即时数据访问大型分析、模拟或建模程序。

SGI Altix的主要应用系统将运行高斯,琥珀8日NAMD,流行的开源工具,化学、生物化学和物理,特别是研究分子和晶体结构。

生物信息学协会现在有三个不同的体系结构来支持生命科学计划。

施普林格博士指出,SGI Altix系统填充的需要大内存SMP架构类型的问题,而Linux集群基于双核英特尔®Xeon®处理器将支持一些更容易获得,但不像高度并行化,类型的编程的许多研究人员想要运行的应用程序。

第三个FPGA(现场可编程门阵列)系统的重点是实现生物信息学和基因组数据库搜索算法对大规模数据比较。

“鉴于补充不同的系统和不同的体系结构,我们希望能够捕获和可以有效地支持所有的生命科学研究人员,不管他们需要的特定类型的计算需求,“施普林格博士说。

“事实上,Xeon系统和SGI Altix将共享同一TP9500存储系统,8 tb,和两个系统将在相同的磁盘集。”

“我确实分配计算和网格计算等,通过一些代码,我们会发展,我希望让研究人员这种环境下无缝。我们会安排工作根据架构,最适合他们的计算需要。”

网络大学的生物信息学协会资源和阿比林10 gb的Internet2网络在全国范围内。

“添加处理能力的SGI Altix密苏里大学生物信息学的财团将鼓励科学家们从许多学科从实验室台式电脑的世界大型数据集,可以运行在几个小时不几天,或数周,“Afshad米斯特里说,科学高级经理市场,SGI。

“研究结果,随着时间的推移,每个人都受益,和培训将使学生轻松地进入生物技术公司工作,政府研究实验室和医疗系统公司的共享内存体系结构和力量SGI系统正在迅速采用。”