在世界各地,许多实验室正在进行有关SARS-CoV-2病毒的研究,无论是理解病理生理学COVID-19,或开发健壮的诊断和有效的治疗疾病。因此,流行了科学界内部的数据共享具有至关重要的作用。
iReceptor加上财团欧盟(EU)和Canadian-funded项目,收集了2亿T细胞和B细胞受体序列COVID-19患者——这是最大的曲目。测序数据是开放源代码的,网上通过iReceptor网关。
在一次独家采访中,188金宝搏备用科学经理与Felix Breden iReceptor另外,了解更多关于网关,各种方法测序数据可能用于疫苗的设计和我们的理解COVID-19患者的临床变化。
莫莉·坎贝尔(MC):你能告诉我们关于背后的基本原理创建iReceptor +财团?联盟的目标是什么,所涉及的是谁?
Felix Breden (FB):iReceptor +协会成立于回答加拿大和欧盟合作补助计划增加在健康和基因组学数据共享。科学的目标是继续发展门户——iReceptor网关开发在加拿大西蒙弗雷泽大学从2013年开始。
欧盟和加拿大政府授予€840万的internationaliReceptor +财团。资金提供给四年的项目包括€785万从欧盟到地平线2020研究和创新计划,并从加拿大政府额外的800000加元。
目的是促进分享巨大的抗体/ B细胞和T细胞受体的适应性免疫系统产生的体验的各个方面的关键现代免疫疗法:疫苗的发展,自身免疫性疾病治疗和新颖的癌症免疫疗法。
适应性免疫系统必须非常多样化来检测所有的病原体的一个人会遇到在它的生命周期,包括小说SARS-CoV-2等病原体。这些巨大的数据集小说分析工具和数据库来建立的需求,分析和共享这些数据。
该财团包括19个参与机构9个国家,包括学术界、生物制药、诊所和医院。
主持人:你能讨论如何2亿T细胞和B细胞受体序列得到吗?他们挑战与收集这些数据吗?
弗拉维奥-布里亚托利:目前网关管理近2亿T细胞和B细胞受体序列COVID-19研究。这些研究的一个最令人兴奋的发展,研究人员接触该财团分享他们的数据通过网关;社区真正回应,愿意分享他们的数据甚至在他们的论文被接受。这表明越来越多的承诺为共同利益共享数据在数据共享。
劳拉·兰斯顿(LL):序列数据能告诉我们什么SARS-CoV-2和免疫反应?
弗拉维奥-布里亚托利:数据可以显示例如抗体/ B细胞克隆大大扩展COVID-19患者;扩大克隆可能那些最擅长绑定SARS-CoV-2病毒。这些扩展克隆的序列从任何可以作为一个可能的候选疫苗的免疫遗传的序列被改造成一个“死亡”的病毒,希望原始序列将诱导抗体在一个天真的人。
另外,产生抗体和T细胞受体的基因是高度变量之间的内部和个人和群体。理解基因表达编码病毒抗体可以中和(失败)可以确定人口特定疫苗是必要的,和再次加强良好的目标在许多反应中病毒的疫苗研究人员观察。
主持人:这些数据如何被用于开发anti-COVID-19诊断,治疗和疫苗?
弗拉维奥-布里亚托利:重要的是要理解,iReceptor科学网关最大的功能是允许之间的比较研究。一项研究显示,一半的患者某种类型的克隆扩大严重COVID-19情况下,但这可能是一个示例只有100个人。通过允许许多实验室和机构之间的比较,可以看出统计上有效的模式只有一个研究中发现,与那些在多个研究从多个人员。这就是为什么我们努力获得尽可能多的研究我们可以从COVID-19策划病人通过网关。
我研究如何加入联盟,以便他们能够共享和访问数据?
弗拉维奥-布里亚托利:网关是开放源代码的,是公共可访问的数据。研究人员可以联系support@ireceptor.org获得一个帐户来搜索和下载数据,或与iReceptor团队讨论如何让他们COVID-19病人数据通过网关。
我iReceptor网关不仅仅是COVID-19数据,你能联系其他疾病数据集包括?
弗拉维奥-布里亚托利:联盟的目标是整合研究从所有类型的疾病,包括自适应免疫系统:传染性疾病(艾滋病、COVID-19、流感),自身免疫性疾病(多发性硬化症、红斑狼疮)和癌症(黑色素瘤、卵巢等)。理解之间的异同对各种疾病的反应会导致新的诊断和治疗。
Felix Breden莫莉坎贝尔和劳拉·伊丽莎白·兰斯顿来说,科学技术网络作家。188金宝搏备用
