说病毒突变,基因组测序盖Triche博士和抗原漂移

盖Triche博士的副主任吗个性化医疗中心洛杉矶儿童医院(CHLA),他的团队使用各种现有和新兴的基因技术诊断和研究儿童(和成人)的疾病,特别是癌症和遗传性疾病。然而,由于COVID-19爆发,Triche和他的同事们增加了一个新的研究焦点计划:SARS-CoV-2测序和分析。

的CHLA COVID-19分析研究数据库(卡)是一个全面的基因组资源,提供全身SARS-CoV-2病毒基因组和相关元数据超过18000(截至2020年5月10日的正确)隔离来自全球测序存储库和测序CHLA个性化医学中心的执行。

188金宝搏备用采访Triche获得他的观点分析独特的菌株可以帮助定义COVID-19的范围和严重程度,为什么这是一个复杂的过程,抗原漂移的可能的负面影响。

莫莉·坎贝尔(MC):你的研究发现了迄今为止在SARS-CoV-2变异的能力吗?

盖Triche (TT):我们经常发现突变在每个病人样本,但许多琐碎的和没有生物的后果。这些变异在一个隔离和共存表明病毒经常同时生成多个变体。为什么发生这种情况,是否有任何生物或临床意义还不清楚。和许多人一样,我们正在寻找菌株的出现可以改变患者的免疫反应或疫苗的效果。到目前为止我们还没有见过这样一个例子后测序数以百计的样本。

主持人:这些信息如何被用于识别弱势群体吗?

TT:最近的数据表明暴露的持续时间等因素,大小的接触,和宿主遗传因素比病毒更重要分支,或变体,在决定是否感染者仍然是无症状的,发育典型的轻微的疾病,或发展到严重疾病和死亡。通常,弱势群体更加脆弱,因为这些因素,比任何给定的病毒变异的关系。

司仪:哪些分析方法优越为研究病毒的突变?有什么挑战呢?

TT:病毒序列数据的分析并不是一个简单的任务。它需要复杂的生物信息学方法,特别是因为先前提到的复杂性。决定哪些变异显著,当一些可能只存在于总数的百分之几,对蛋白质序列和其他人没有影响,所谓的同义变异,或可能导致mis-sense改变基因,而不是那些病毒蛋白质结构改变,所谓的非同义变体,是一个复杂的过程。

进一步跟踪病毒的起源和传播需要所谓的发展史分析,一个非常复杂的过程,依赖于这些序列变异的质量。幸运的是,我们有一个非常熟练的生物信息学小组已经开发和部署广泛使用这些工具和技能通过一个网站叫CHLA卡,让其他人来分析他们的数据和分享数据。

CHLA卡,最近发表在bioRxiv,提供了系统发育分析资源和工具,了解这种疾病的许多复杂性的关键。

主持人:什么是抗原漂移,可能的负面影响是什么?

TT:病毒抗原漂移是指随着时间的推移改变蛋白质结构由于突变。例如,这是众所周知的流感。担心类似的事情可能发生在SARS-Cov-2,显示显著的序列相似性冠,但毫无与冠抗体交叉反应性。如果这发生,当然,这将意味着,像流感疫苗开发的一个变体可能没有功效的变体,或者感染一种变体不是预防另一个变体。幸运的是,到目前为止,我们还没有看到证据;但我们仍在病程初期这种流行病的影响,将继续监控我们的隔离突变可能导致抗原性改变。

MC: CLHA使用跟踪病毒测序在医疗设置?

TT:病毒测序的一个最有用的应用程序是我们决定两个人的能力被同样的病毒感染。当发生,正如我们所看到的一位母亲和孩子治疗后在我们的机构获得病毒通过社区传播,我们也可以确定他们是否有接触他也开发COVID-19收购了病毒从一个“索引”。

例子中我们研究早在这次大流行的过程中,有标记序列之间的不同家庭和我们的卫生保健工作者,这当然是让人安心,没有出现感染在医院内,严格保护措施在哪里经常使用。如果他们是相同的,它会认为这些措施是不够的。因为他们是不相同的,它建议这些安全措施是适当的。同样的,当积极的隔离标识,我们也可以确定员工是否感染了病毒从一个另一个获得感染或社区。这些信息是至关重要的,作为在医院感染控制措施的一部分。