基因组检测服务推动癌症患者的个性化医疗

的全威尔士医学基因组服务(AWMGS)最近宣布推出一项新服务，旨在引领国家卫生服务(NHS)患者的常规临床实践中实施最先进的基因组检测服务。CY个系统年代对象为GenomicOncology迪agnoses (CYSGODI)将使肿瘤学家、血液学家和其他医疗保健专业人员能够在英国以前所未有的规模对癌症样本进行快速和广泛的基因组分析。

为了了解更多正在使用的技术以及CYSGODI将对患者治疗和结果产生的影响，188金宝搏备用跟队里的三个人谈过了。

Ash Board (AB):基因组学研究如何为癌症治疗带来更有针对性的疗法?

Rhian White (RW)新一代测序技术促进了在一次检测中以更具成本效益和时间效率的方式检测多个遗传变异。检测到的变异是癌症的原因，因此制药公司能够开发针对这些遗传变异的药物，从而对患者的癌症进行高效的治疗，副作用最小。

西恩·摩根(SM):对于我们的基因组实验室和英国其他基因组实验室来说，目前的主要驱动因素是新兴新技术的结合，以及从非常少量的福尔马林固定石蜡包封(FFPE)组织活检材料中检测遗传生物标志物或变体的全面列表的能力，然后用于将患者与不断增加的靶向治疗方案列表相匹配，以改善结果。个性化药物的概念并不新鲜，实验室面临的风险是，如果我们不能跟上患者对生物标志物检测日益增长的需求，那么临床医生将无法获得他们所需的信息，以进行适当的治疗护理。个性化医疗是癌症治疗的关键战略方法，确保昂贵的治疗是基于证据的，同时也为患者提供最好的价值和结果。

山姆·考克斯(SC):高通量测序技术的进步极大地促进了我们对可能导致癌症发展的遗传变化的理解，以及对肿瘤中含有此类变异的患者的识别。这反过来又导致了越来越多的临床试验，研究专门针对改变的遗传途径的药物的有效性。这代表了癌症治疗方式的重大转变;从历史上看，抗癌治疗一直是根据癌症最初在体内的位置选择“一刀切”的方法。基因组学研究提供了机会，根据个体患者肿瘤内的特定基因变化来定制治疗，并改善结果。还有一种动力是减少有效的新型靶向疗法被授权用于常规临床使用所需的时间，这将使患者受益最大化。

AB:你能谈谈导致CYSGODI启动的背景工作和开发吗

RW:CYSGODI的启动已经在去年的过程中进行，并涉及AWMGS的团队评估威尔士癌症患者的需求，以便我们可以实施一项测试，为他们提供接受癌症最佳治疗的最佳机会。一旦确定了最佳的测试方法，AWMGS的临床科学家、遗传技术专家和生物信息学家团队就会对测试进行验证，以确保它符合严格的质量控制参数。

SM:CYSGODI的推出是因为新的靶向分子疗法(包括肿瘤不确定疗法)和免疫疗法的前所未有的增长，推动了继续使用FFPE(和/或最终新鲜冷冻组织)为癌症患者开发更广泛和更及时的基因组检测的需求。

该服务使用Illumina TruSight Oncology 500 HT DNA/RNA面板，并在适当的时候将结合当前的血液肿瘤学下一代测序多基因面板(TruSight髓系测序面板)。

通过威尔士政府基因组学精准医疗战略增加投资利用这项新技术，我们的实验室是英国第一个受益于更大灵活性的样本数量的实验室，我们可以使用NovaSeq 6000测序，这将使威尔士患者和临床医生获得适当的临床试验和治疗。

AB:为什么TruSight Oncology 500高通量检测是一项“开创性”技术?

RW:TruSight Oncology 500高通量试验是一项“开创性”技术，因为它使实验室能够检测多种不同肿瘤类型的500个基因中的基因组变异。我们是英国首批将这项技术用于诊断目的的实验室之一。这意味着，随着新的精准医疗药物的出现，AWMGS将能够迅速提供基因组检测，使患者能够获得新的治疗方法。

SM:TruSight Oncology 500可以分析来自同一样品的DNA和RNA，在一次测序中检测单核苷酸变异(SNVs)、插入、扩增、剪接变异和融合。TruSight Oncology 500还允许确定DNA样本中的肿瘤突变负担(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)，目前正在开发作为免疫治疗的生物标志物。

SC:从临床角度来看，这项技术将为威尔士患者的基因组检测服务提供未来的保障。随着靶向疗法数量的增加，我们将能够快速有效地扩大常规检测的基因数量。

AB:它与目前可用的基因组技术有什么不同?

RW:此前在实验室中使用的基因组技术只能检测到30个基因的变异。因此，我们大大提高了我们的测试能力。

SM:有许多不同之处，重点包括:

1. 一种综合的化验方法
   从指南和临床试验中，在一次测试中分析523个基因中的多种肿瘤变异类型(实体肿瘤和血液肿瘤)，包括DNA和RNA。
   
   
2. 一个快速、集成的工作流程
   使用自动化友好的库准备套件和优化的数据分析解决方案，我们可以在4-5天内从样本到结果。
   
   
3. 经过验证、可靠的结果
   我们使用符合要求的性能规格的分析方法生成准确的数据。
   
   
4. 中长期增值内部解决方案
   随着新的生物标志物出现在护理标准或新出现的试验中，有可能保留样本并获得与中长期相关的广泛数据。

AB: CYSGODI生成的数据将如何用于临床决策?

RW:这些数据将用于告知临床医生对患者的最佳治疗方案。它还将告知临床试验的资格，这可能为患者提供更多的治疗选择。

SM:个性化药物的概念并不新鲜，实验室面临的风险是，如果我们不能跟上患者对生物标志物检测日益增长的需求，那么临床医生将无法获得他们所需的信息，以进行适当的治疗护理。个性化医疗是癌症治疗的关键战略方法，确保昂贵的治疗是基于证据的，同时也为患者提供最好的价值和结果。

SC:基因组学服务提供的临床解释对于确保临床医生警惕临床相关遗传变异的存在以及这些结果对个体患者及其治疗方案的影响至关重要。此外，还迫切需要捕获、存储和查询基因组数据，以便能够识别患者，并为他们提供参加临床试验的机会。

AB:在临床实践中大规模实施基因组检测服务存在哪些挑战?

RW:目前的一个挑战是能够有足够的肿瘤活检材料来检测大量的遗传变异。下一代测序技术克服了这一问题，因为所有相关的变异都可以在一次测试中被检测出来。测试所需的时间也很关键，因为下一代测序是一次测试，获得做出治疗决定所需的所有遗传信息所需的时间也减少了。

SM:训练有素的劳动力，IT基础设施和样品质量(FFPE) -从冷冻转向新鲜的要求。

SC:至关重要的是，NHS的患者无论住在哪里都能公平地获得基因检测服务，我们也要最大限度地利用机会确定可能受益于新型靶向治疗的患者。这就要求在服务开发的早期阶段有清晰的沟通渠道，以确保临床团队了解该服务以及何时访问该服务，并确保测试路径适合日常临床使用。

时间就是一切——我们需要在诊断途径中商定的时间点进行检测，但更重要的是，基因组结果需要及时提供。这将是确保合适的患者尽快开始治疗的关键，并将需要在诊断服务和医疗保健人力方面持续投资。

Technology Networks的编辑总监Ash Board188金宝搏备用接受了以下采访:

瑞安·怀特，FRCPath临床科学家顾问，

希恩·摩根威尔士医学基因组实验室主任

萨曼莎·考克斯博士，临床肿瘤学顾问和全威尔士基因组学肿瘤学组主席。