新一代测序和PCR感染标识:宏基因组

在美国,移植的数量正以每年大约4%的速度增长。57000年发生的移植,大约30%的病人会受到病毒感染。

目前的标准治疗方法确定移植后患者的感染是定量PCR (qPCR)。然而,一项新的研究中,联合出版弧生物和斯坦福大学医学院的,表明小说metagenomic下一代测序(西班牙芒果)平台显示类似的权力在识别10 qPCR相比,移植后患者中最常见的感染。

我们最近采访了梅雷迪思木匠,分析研发主任弧生物,更多地了解这个平台的功能。

莫莉·坎贝尔(MC)为什么它是重要的有一个高度敏感的方法对于识别移植后患者感染?

梅勒迪斯木匠(MCa):移植患者独特的挑战性的诊断和管理对感染,因为他们正在接受免疫抑制治疗降低移植排斥反应的风险。然而,免疫抑制药物也增加感染和交叉感染的风险,同时也抑制许多典型的临床症状和体征诊断感染。这意味着它是至关重要的不仅敏感的诊断工具,而且那些高度多路复用,这样你就可以同时检测多个潜在的病原体,在这种情况下从一个抽血。这也使得监测病毒载量,qPCR建立了标准护理的病人,和定制的目标剂量滴定每个病人的免疫抑制治疗和/或抗病毒药物福利最大化同时限制这些药物毒性。

主持人:定量PCR是当前标准识别病原体移植后患者的护理方法。为什么它很难采用宏基因组下一代测序(西班牙芒果)在这个空间?

MCa:采用西班牙芒果内传染病在人类遗传学已经低于由于壁垒相关的成本和复杂性,开发和部署这些方法,以及微生物基因组的一小部分病人样本与宿主基因组相比,和缺乏临床实用程序和结果研究显示这样的小说在此设置诊断的价值。从湿实验室的角度来看,它要求用户在准备样品测序技术,这可能很复杂。还有一个“干实验室”组件,这需要bioinformatician测序数据分析和解释。在许多情况下,这将需要用户建立一个生物信息学管道内部,这需要高度专业化的技能或使用公开可用的软件;其中大部分不是非常用户友好。最后,能够量化的结果需要使用专门设计的控制。综上所述,这些成本和资源壁垒阻止许多实验室采用西班牙芒果供日常使用。

MC:请您能告诉我们关于这部小说宏基因组下一代测序(西班牙芒果)测试,以及如何克服这些问题?

MCa:目前,伽利略^TM平台仅供研究使用,目的是供研究人员感兴趣的DNA病毒检测和量化通常引起感染(或重新激活潜伏感染)移植设置。平台部署西班牙芒果可以克服一些障碍,包括试剂对样品制备和控制,以及对伽利略的访问^TM分析软件,进行测序数据的分析和解释。用户友好的软件生成的报告是提供检测和量化的397株10个关键DNA病毒(CMV、EBV HHV-6A, HHV-6B, 1型单纯疱疹病毒,HSV-2, BKV, JCV,睡觉,和带状疱疹)以及半定量检测B19和TTV病毒株。通过提供一个交钥匙工作流,伽利略^TM平台可以消除对西班牙芒果的学习曲线。这允许研究人员而不是他们的时间和资源集中在设计和开展研究,以产生最有效的出版物。

主持人:你在本研究主要发现是什么?西班牙芒果测试可以提供什么信息在这种背景下,qPCR不能?

MCa:本研究是本杰明·平斯基博士之间的合作临床病毒学实验室在斯坦福大学医学院和弧生物验证伽利略^TM平台使用的和剩余临床样本相比当前黄金标准(个人qPCR化验)方法。我们报告与伽利略的性能^TM平台和singleplex qPCR化验一系列分析参数,包括灵敏度、检测极限,病毒定量。此外,因为伽利略^TM非常多路复用,它确定了几个病例的病毒从一个样本。虽然singleplex PCR可以确定这些额外的病原体,他们没有要求的临床团队订购的时候。这突显出一个高度西班牙芒果等多路复用技术的优势,虽然这些额外的临床相关性研究结果必须建立。总的来说,能够检测和量化397病毒株同时从单个标本可能意味着显著降低时间和成本负担研究人员评估病毒感染,而。

主持人:在未来,你想象西班牙芒果取代qPCR作为识别的标准治疗方法移植患者感染?

MCa:我相信许多研究者和临床医生想象西班牙芒果最终取代PCR作为护理诊断的标准许多类型的复杂的感染,包括移植患者。然而,我们必须首先生成的证据价值和确定最具成本效益的患者群体应用这种强大的技术。伽利略^TM平台理想的位置是帮助临床科研人员积极评估潜在的西班牙芒果和生成必要的数据展示价值临床医生、监管者和纳税人。

主持人:在这个空间你的下一个步骤是什么?

MCa:我们正在继续扩大的潜在效用伽利略^TM平台通过添加关键功能和菜单扩展针对西班牙芒果的价值延伸到传染病研究的其他领域。

梅雷迪思木匠,分析研发主任弧生物,与莫莉坎贝尔说,科普作家、技术网络。188金宝搏备用