应对SARS-CoV-2变种的传播

世界各地的公共卫生组织和领导人正在采取不同的方法来跟踪和监测病毒，以阻止新型SARS-CoV-2变体的传播。英国新的“检测和测序”战略要求所有来自“红色名单”国家的国际旅行者在进入英国后隔离10天，并在第2天和第8天接受PCR检测。任何阳性样本都将被送往政府批准的实验室进行基因组测序。肿瘤学实验室就是这样一个实验室。

直到最近，Oncologica专注于提供精确的肿瘤检测和肿瘤样本的分子分析。如今，中国已成为抗击新冠肺炎的领导者之一，开展了80多万次诊断检测。

188金宝搏备用与肿瘤学联合创始人兼科学主任Marco Loddo博士和肿瘤学联合创始人兼医学主任Gareth Williams博士进行了交谈，以了解实验室如何转向COVID-19检测，新出现的新变体的情况以及全球范围内测序的重要性。

安娜·麦克唐纳(AM):病毒变体是如何出现的?

加雷思·威廉姆斯(GW):病毒的本质是进化和变异，以优化其生存机会。去年首次发现B.1.1.7变异时，它有大约26个突变。现在我们得到了31到36个突变。随着疫苗越来越流行，越来越多的人接种疫苗，驱动这些新变体的选择压力将会增加。

AM:为什么追踪和监测这些突变如此重要?

马尔科·洛多(左):检测突变是至关重要的，因为病毒的任何变化都可能对其传播性和致病性产生重大影响。这些变化也可能使现有疫苗不太可能识别病毒并引发免疫反应来对抗它。

同样重要的是，测序方法可以提供完整的病毒覆盖范围，因为新的突变可能分布在病毒基因组的任何地方。有些分析只覆盖50%的基因组，但要获得整个特征，你需要完全覆盖。我们选择Ion Ampliseq SARS-CoV-2研究面板来使用下一代测序(NGS)分析样本，因为该面板覆盖了99%以上的SARS-CoV-2基因组，包括所有血清型。

问:你能否介绍一下英国“测试与排序”战略及其目标?

ML:英国启动了“测试和排序”战略，以防止新的、可能具有疫苗耐药性的菌株在进入该国后传播。这个新项目可能是保护边境免受新变种威胁的最强有力的方法。

根据规定，所有来自政府认定的“红色名单”国家的国际旅行者必须在抵达后隔离10天，然后在第2天和第8天接受基于pcr的检测。同样重要的是要知道，单目标PCR不再被允许用于新到达的检测;测试需要是多路的，以确保它可以找到新的变体。最后，如果旅行者的检测结果呈阳性，那么样本必须被送到政府批准的实验室进行基因组测序。

AM:在疫情期间，Oncologica一直在支持检测工作，首先是COVID-19检测，最近是SARS-CoV-2测序。是什么促使你们将NGS测序能力从癌症肿瘤分析扩展到现在的SARS-CoV-2，你们是如何实现这一变化的?

温伯格:我们大约在八年前创立了肿瘤学，专注于精确肿瘤学和药物基因组学。我们的兴趣是应用基因组测序来识别更有可能对靶向治疗和免疫治疗有反应的患者。

当大流行来袭时，我们首先开始使用实验室进行COVID检测，以便为我们脆弱的免疫功能低下的癌症患者提供检测。从那里，我们被邀请参加了英国的国家测试项目。我们开始检测社区中最脆弱的人群，然后将我们的检测项目扩展到学校，最近开始支持企业、工厂、大学和医疗机构，以覆盖社区的大部分地区。目前，我们的COVID检测能力使我们每天能够处理约35,000个样本。

去年年底，政府提出了对所有入境人员进行测序的想法，以防止新变种的传播，我们开始研究利用我们的NGS经验对SARS-CoV-2进行测序。我们于3月1日启动了COVID-19测序计划，随着越来越多的人开始在整个夏季旅行，以及封锁限制的放松，预计数量将会增长。

答:每个病例的排序水平在各国之间差别很大。为什么将测序扩展到全球很重要?如何才能做到这一点?

ML:我们已经了解到，变体可以非常迅速地跨越国界，通常在没有症状的个体中未被发现。当我们谈论疫苗时，我们谈论的是通过全球项目为全世界接种疫苗。测序必须采取同样的方法，成为一个全球性的测试项目，在新出现的菌株在人群中流行之前有效地检测和追踪它们。

随着越来越多的人再次开始国际旅行，将需要测序计划来防止新变种的新爆发。英国的项目非常重要，我希望它能继续下去，其他国家现在也会开始更多地参与测序。每个国家都应该有自己的检测和测序策略，因为这是保护社区免受世界各地变体影响的唯一途径。bet188真人

问:除了追踪变异外，测序在大流行中还能发挥什么作用?

温伯格:测序在监测疫苗效力和开发新的有效疫苗方面也很重要。在疫苗和抗病毒药物的开发中，整合t细胞库和b细胞库等信息将是很重要的，而下一代测序将是该战略的一个组成部分。

此外，在大流行期间，癌症患者不幸遭受缺乏治疗和就诊的痛苦。因此，我认为在未来的几个月和几年里，我们将看到癌症患者中晚期疾病的发病率增加。有了这个，我们可能会看到对癌症基因组测试的需求增加，以试图识别与反应性靶向治疗相关的突变。

问:你认为这次流感大流行对未来测序项目在公共卫生领域的应用有何影响?

ML:测序将成为保护我们免受未来流行病侵害的一部分。这不仅是为了识别病原体，也是为了确定风险最大的个体。免疫特性将是非常重要的，有很多可以做的是使用测序来识别可能易受感染的个体。

我们可以从这次大流行中学到的一件事是，它确实让分子诊断测试登上了地图。我认为这将扩展到许多其他学科和应用。

Marco Loddo和Gareth Williams采访了科技网络的科学作家Anna MacDonald。188金宝搏备用