Whole-transcriptome测序
获得一个全面的视图的全转录组高通量纳米孔测序的完整记录。明确识别和量化亚型和检测融合基因。发现新的生物单细胞测序的力量。检测基础上修改,避免与纳米孔直接RNA序列PCR偏见——唯一的技术使本机RNA分子的直接测序。
whole-transcriptome测序是什么?
Whole-transcriptome测序使RNA转录分析存在于样本感兴趣的有机体。细胞活动的方法提供了一种动态视图的抽样,允许描述基因表达和亚型的识别。然而,准确的分析记录使用传统短内容测序技术可以挑战,如RNA样本必须分散,测序简而言之部分,然后重新组装,导致潜在multi-mapping——短测序读多个位置对齐。
长纳米孔读取,可以测序端到端的完整成绩单,促进他们的准确、明确的分析。研究人员使用whole-transcriptome测序揭示发育生物学,研究癌症等疾病的机制,识别潜在的未来的疾病有关的生物标志物。
为什么纳米孔技术whole-transcriptome测序吗?
纳米孔技术使完整,isoform-level转录组描述——在单细胞的决议。
使用纳米孔测序,您可以:
- 描述和量化的完整记录
- 明确识别剪接变体和融合转录本
- 揭示基因表达与单细胞转录组异质性
- 探索表观遗传修饰通过直接RNA序列
- 增强病毒识别从宏基因组样本
whole-transcriptome测序实验方法
测序试剂盒可用于制备RNA和互补脱氧核糖核酸数据库。直接RNA序列工具包允许本地RNA分子,包括基础的修改,直接测序。使整个转录组高通量测序从低输入金额,cDNA-PCR测序工具包是理想的识别和量化完整的成绩单在同种型级别。
| RNA分子序列直接修改并保存基地 | 识别和量化的完整成绩单最高输出 | |
|---|---|---|
| 直接的RNA序列工具包 | cDNA-PCR测序工具 | |
| 准备时间 | 105分钟 | ~ 210分钟+ PCR |
| 输入要求 | 50 ng保利(A) +总RNA RNA或500 ng | 4 ng保利(A) +总RNA RNA或200 ng |
| 反转录所需的 | 可选 | 是的 |
| PCR所需 | 没有 | 是的 |
| 读取长度 | 等于RNA长度 | 丰富的全长cDNA |
| 典型的吞吐量 | 1/3 | 3/3 |
| 多路选择 | 在开发中 | 是的 |
| 甲基化包括 | 是的 | 没有 |
| 现在购买 | 现在购买 |
哪个设备whole-transcriptome测序吗?
从便携式Flongle强大,和奴才设备,适用于低通whole-transcriptome测序,灵活的GridION和少数高产PromethION平台,适合isoform-level微分表达式分析-规模RNA序列来匹配你的特定的研究需求。
- 理论最大输出(TMO)。假设系统运行72小时(或16小时Flongle) 420 /秒的基地。根据图书馆实际产出不同类型、运行条件等。TMO指出不得用于所有应用程序或化学反应。
PromethION 2和PromethION 2独奏
提供两个独立的灵活性、高输出PromethION流动细胞,紧凑PromethION 2设备带来高覆盖率的好处,实时纳米孔测序实验室。理想的低成本高精度全转录组的访问。
whole-transcriptome测序分析技术
牛津纳米孔提供了端到端的整个转录组的分析的生物信息学工作流。工作流wf-transcriptoms使新创或reference-guided成绩单从互补dna或RNA直接读取装配,并提供和微分成绩单使用基因差异表达分析。工作流wf-single-cell单细胞转录组分析,研究管道提供了输出包括条形码和独特的分子标识符(UMI)标签,x x细胞基因表达矩阵,和细胞转录表达矩阵。工作流中可用EPI2ME实验室。
找到更多关于分析纳米孔whole-transcriptome和单细胞转录组测序数据。
特色whole-transcriptome测序工作流程
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