重建植物基因组是一项艰巨的任务,因为它们具有不同寻常的倍性,存在大量的重复元素,而且它们的尺寸通常很大。能够产生长序列的测序技术,如牛津纳米孔测序技术,有望获得更完整、更准确的基因组组合。这里的第一个关键步骤是使用适当的方法提取高分子量DNA。在纯合子基因组的情况下,该技术可以生成代表完整染色体的contigs,并揭示复杂区域的结构,如着丝粒、rDNA簇或副同源基因簇。
在这次演讲中,Caroline将重点介绍香蕉基因组的测序,以及利用纳米孔测序技术重建从端粒到端粒的完整染色体。
- 用纳米孔技术生成无间隙、端粒到端粒的植物基因组组装
- 使用长和超长纳米孔读取来解析高度重复的序列