候选基因识别可以帮助鱼容忍温暖和咸的水

水质量和可用性是降低全球气温较高,这些见解可以用来繁殖更具弹性的鱼和维护数以百万计的人的一个重要的食物来源。

尼罗罗非鱼,Oreochromis niloticus,被广泛在淡水养殖的水产养殖,提供必需的营养和蛋白质。他们使用在水产养殖大幅上升,很大程度上是由于不同的水条件和生产系统的适应性。

然而,全球气温飙升,淡水资源枯竭。渔场,依靠他们的人对食物——急需菌株仍然可以茁壮成长,尽管高盐度和水温的增加。

为了解决这个问题,厄勒研究所的研究人员,斯特灵大学和东安格利亚大学的研究罗非鱼基因组定位有利基因的变化负责增加耐水环境变化。

他们检查组织从腮——一个重要的渗透调节的器官在鱼和生成DNA和RNA序列数据研究活动,不同的基因的调控和功能。

然后他们确定遗传差异基因调控区域在尼罗罗非鱼和其他27个罗非鱼的物种。

他们的假设是区别尼罗罗非鱼,淡水物种,物种适应盐碱水域可能出现控制基因参与适应不同的水环境。

团队优化基因组测序的方法,揭示了活动潜在的转录因子结合位点和基因表达打开和关闭开关。

他们的方法确定的基因组区域,他们相信负责控制一定的渗透调节的基因的活性,进而影响鱼鳃的功能以及对水环境变化作出响应。

他们发现了一些相关的基因特征,帮助罗非鱼容忍咸的水和也适应淡水。这些包括基因参与新陈代谢和一般家务过程负责对环境变化做出反应,以保持平衡。

Tarang梅塔博士,研究作者厄研究所和博士后研究员说:“饲养者基因组资源急需告知他们的育种项目特征提供更大的韧性可以快速和准确地选择。

“通过描述这些理想的基因特征,我们现在可以共享这些新资源与淡水渔场帮助指导选择性育种项目。”

Haerty右舵博士研究作者和组长厄理工学院,说:“我们发现的尼罗罗非鱼基因组区域我们可以用更高的目标来帮助养鱼耐盐——这可悲的是变得越来越重要,因为我们的淡水资源是退化。

“下一个步骤是使用类似的基因组方法寻找相关基因及其监管者对水产养殖的其他特征,如增长和抗病性”

基因组学的输入管道组厄理工学院是至关重要的数据生成,包括制备RNA-Seq库池和测序。

这项研究是由生物技术和生物科学研究委员会(BBSRC),英国研究和创新的一部分。

参考:Mehta TK,男人,Ciezarek et al .染色质易访问性在鳃组织识别与水产养殖相关性状相关候选基因和位点罗非鱼。基因组学。2023年,115 (4):110633。doi:10.1016 / j.ygeno.2023.110633

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