武汉冠状病毒完整基因组的网上发布

的加州大学圣克鲁斯基因组学研究所是促进研究的新型冠状病毒已经感染了成千上万的人在武汉爆发以来,中国,去年。基因组学研究所的浏览器团队已经发布完整的基因组的病毒UCSC基因组浏览器一个交互式网络工具,世界各地的研究人员用来研究基因数据。

“当我们在UCSC基因组浏览器显示冠状病毒数据,它允许研究人员观察病毒的结构和更重要的是使用它,这样他们就可以研究他们如何想攻击它,”克劳森UCSC基因组浏览器工程师希兰说。

2019年的小说《冠状病毒的快速传播(2019 - ncov,也被称为武汉海鲜市场肺炎病毒)促使中国政府检疫超过5000万人在该国密集的工业中心。病毒样本处理在世界各地的实验室,和原始信息的遗传密码已经发送到全世界的基因组信息的存储库在美国国立卫生研究院的国家生物信息学(NCBI)中心的贝塞斯达,马里兰州。

“NCBI全球存储库成立于基因组学的早期,“克劳森说。“当人们发现新病毒,他们寄给NCBI, NCBI分配他们的姓名和电话号码,所以每个人都可以引用一个确切的标本。一旦处理基因组信息,从数据库中可用的世界。”

从这里开始,加州大学圣克鲁斯基因组浏览器处理信息可视化显示。病毒的基因组包含29903个也就是基地构成DNA和RNA分子编码地球上所有生命。

“当我们从NCBI获得这些数据,它与字母的单个文件的DNA或RNA (a、C、G和T),”克劳森说。“这一个是单链RNA,一个相对简单的结构。”

该信息处理和放置到一个数据库中,在基因组浏览器可以访问材料并将其显示在web浏览器中更有用的格式。

“什么使基因组浏览器所以有价值的是视觉,”克劳森说。“这让一切都很清楚,所以当人们对病毒的基因组做出有趣的测量,他们可以看到他们看着什么,”克劳森说。

研究人员可以放大和缩小的基因组。这允许他们看到基地最详细级别的顺序或放大所有的出路,看个人的基因。

浏览器还包含一个CRISPR轨道,它允许研究人员看到他们可以拼接遗传物质以及它们如何削减它。CRISPR技术,研究人员可以编辑遗传物质,一个非常有价值的工具,用于确定哪些基因做什么。

“在这种病毒的情况下,克劳森说,“大约有十个基因和最大的是它的蛋白质,”他指的是化学脊柱病毒使用障碍到人类细胞的繁殖和劫持他们的细胞机制本身。“所以他们可能会做出改变,看它是否使峰值蛋白质或多或少的毒性。”

浏览器还允许注释,所以世界各地的研究人员可以合作和分享实验信息。

UCSC基因组浏览器是有史以来最重要的工具是由加州大学圣克鲁兹分校的基因组学研究。通过建立研究遗传信息的标准接口和协议,他们在生物信息学、遗传学实验室解锁突破世界各地。

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