武汉冠状病毒的全基因组测序

2020年1月24日,法国卫生部确认前三例患者受武汉冠状病毒的影响。2020年1月29日,巴斯德研究所,负责监测在法国呼吸道病毒、冠状病毒的全基因组测序被称为“2019 - ncov”,成为第一个在欧洲机构序列病毒爆发以来。

病毒测序巴斯德研究所Mutualized平台微生物(P2M),执行基因组测序的细菌,病毒,真菌和寄生虫菌株受到国家参考中心和世界卫生组织合作中心传染病监测的目的。

2019年12月,显然病毒性肺炎的病因不明的爆发出现在武汉的城市,在中国湖北省。

2020年1月9日,中国卫生当局和世界卫生组织(WHO)宣布发现一种新的冠状病毒,被称为2019 - ncov,确认代理负责肺炎病例(参见巴斯德研究所对“武汉冠状病毒”的简报页在法国)。

中国政府上周末1月11 - 12日,共享的冠状病毒基因组的全序列,从第一个病人样本中发现。“病原体的基因组进行测序的发展是至关重要的特定的诊断测试和识别潜在的治疗方法,”西尔维范德·沃夫说主任国家参考中心(CNR)呼吸道病毒巴斯德研究所。

2020年1月24日,星期五。在法国检测确诊的病毒

1月24日,星期五早上晚些时候,巴斯德研究所收到的样本三个疑似病例(两个病人在巴黎,另一个在波尔多)。“这些患者使用样本,我们发现小说冠状病毒,”西尔维Behillil说,中国北车在巴斯德研究所副主任。

从2020年1月24日,星期五。在巴斯德研究所病毒基因组测序

那个星期五晚上,科学家们发起了病毒基因组的测序过程基于样本。测序的CNR准备材料,准备在下周一P2M立即开始工作。测序运行完成后,在周二傍晚,和科学家们利用数据分析获得的整个基因组序列的两个前三个确诊病例在法国。“这证明了中国北车的过程的有效性的分析基于病毒测序,”文森特Enouf仍在继续。

2020年1月30日,星期四。巴斯德研究所获得整个序列的病毒和股票

P2M平台(见下面的插图)目前执行在一个非常高的水平;产生的平均时间序列范围从三天(应急)最多十天。在这种情况下,仅用了三天为整个序列决定:“我们进行数据分析从星期二到星期三晚上,然后周三与反分析结果证实,”文森特Enouf解释道。“整个序列被确认在仅仅三天。”

我们能从中学习什么?“序列是相同的我们所有的样品。夫妇中的一名成员必须有污染,病毒是一样的。”The two full sequences of the virus isolated in two of the first French cases were submitted to the全球共享所有流感数据项目(GISAID)平台,最初开发共享序列和监测流感病毒的遗传进化,这一过程是至关重要的决定流感疫苗的组成。创建了一个特殊的“冠状病毒”标签,所以科学界可以一起工作,推进速度更快。

“大约20其他序列的小说取得了冠状病毒基因组在世界范围内,如果我们与我们进行比较,我们可以看到,他们都是非常接近;没有太多的病毒的多样性进行了分析,这表明冠状病毒2019 - ncov不需要变异以适应和传播,”文森特Enouf仍在继续。

国家参考中心(CNR)呼吸道病毒在巴黎巴斯德研究所的一个世卫组织参考实验室的2019 - ncov冠状病毒。

总共八个人从中国北车和两个从P2M测序平台本周一直在病毒和在法国将继续监控疫情。

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