膜片钳记录后检测单个神经元转录本数量的数字PCR

单个细胞在其基因表达谱中表现出很大程度的可变性。全细胞膜片钳记录可以检测神经元的电生理信号，RNA可以从细胞中收集到膜片移液管中。直到最近，只有QRT-PCR被用于检测单个神经元中的基因表达。然而，基于单细胞样本扩增协议的RNA分析实验，包括传统的QRT-PCR，由于核酸数量有限导致实验变化，缺乏准确的定量。我们优化了一种基于高密度纳米毛细管PCR的dPCR方案，用于膜片钳记录后测定单个神经元的准确转录本数。我们的方法适用于识别参与维持特定神经元表型的单个基因，反卷积不同的神经元细胞类型，比经典的单细胞QRT-PCR更精确地发现电生理表型细胞的基因表达谱的确切分布或变异性。我们还提供了其他数字PCR技术用于单细胞基因组分析的适用性和敏感性的比较信息。我们用我们的方法分析了从大鼠、小鼠以及人类标本中制备的活脑切片中的单个神经元。