一组不同春大麦的基因分型及序列分析(大麦芽)登记入册

下一代测序技术已经可以负担得起在基因作图研究中使用测序进行标准基因分型。本研究的目的是采用基因测序分型(GBS)方法，对192份具有高密度SNP标记的春大麦种质进行饱和分析。来自不同来源的大麦种质具有广泛的遗传多样性，并表现出低连锁不平衡，有助于高分辨率的关联作图研究。事实上，这组大麦材料之前已经用45个SSR标记、1536个Illumina GoldenGate标记、1935个DArT标记和9k iSelect芯片进行了基因分型。然而，需要更多的SNP标记，以反映全基因组连锁不平衡结构和单倍型多样性的密度。GBS实验包括构建简化表示的192 plex库，并在Illumina HiSeq 2000通道上进行测序(1 x 100循环)。采用基于参考的计算管道分析20 GB的测序数据。使用GBS，可以生成7439个双等位基因，高质量的SNP标记。高比例(约82%)的snp被固定在大麦的综合物理和遗传图谱上。预计在GBS标记密度高的多样化大麦种质集的饱和将在候选基因定位方面改善全基因组关联作图。 Furthermore, association mapping will provide markers linked to genes of interest that are targeted in barley breeding.