评估电力解码器模拟器汇集shRNA屏幕性能

核糖核酸干扰(RNAi)筛查使用池,短发卡RNA (sh)是一个强大的、
高通量的工具确定生物表型相关的基因。评估一个shRNA汇集屏幕的表现很难在实践中;一个只能估计性能通过使用再现性作为权力或代理通过使用大量的积极的和消极的控制进行验证。这里,我们开发一个开源软件工具,解码器模拟器,用于生成成分集中在网上筛选实验,可以用来估计一个屏幕的统计力量。利用负二项分布,模型多个成分的相对丰度在单个筛选复制和复制为每个成分之间的生物噪声。我们证明这个模拟器可以成功地从一个实际的模型数据实验室实验。然后,我们用它来评估生物复制的影响和测序计数池性能的屏幕上,而不需要收集更多的数据。电力解码器模拟器是用R和Python编写的,并可以下载GNU通用公共许可证下v3.0。