微阵列平台比较——评论巴恩斯et al . (2005)

一个扩展的分析组织在Affymetrix稀释由巴恩斯等生成的数据GeneChip®和Illumina公司®BeadArray平台提出了白皮书。尽管这项研究统计动力不足,作者,巴恩斯et al .,得出两个平台显示类似的性能。然而,数据表明,Affymetrix平台显示再现性明显大于Illumina公司平台。一个简单的探索性方法数据突显出一个清晰的差异两个平台的能力捕捉潜在的生物学与Affymetrix平台更有效。统计建模的数据显示明显差异为每个平台信号/噪声比;Affymetrix和Illumina公司平台展示信号/噪声比分别为8.19:1和1.20:1。作为一个直接结果,Affymetrix平台取得了10倍基因显示统计学意义的微分表达式< 0.05相比5%的胎盘(最低稀释)PBMC的100%。通路分析证实,发现基因反映潜在的生物学和没有一个工件的分析方法。直接测量每个平台的效用作为分类工具,人工繁殖的能力与数据集建立分类器进行了测试。当面对最严格的样本集,Affymetrix平台显示分类精度为77%而Illumina公司平台的表现并不比随机的。 With the understood statistical power limitation of this study design, these analyses suggest significant performance advantages to using the Affymetrix GeneChip system when studying real-life biological systems.