SARS-CoV-2突起蛋白是一种多功能分子机器,介导病毒进入宿主细胞。因此,全面了解蛋白质的生物学,其结构、功能和演化,治疗和预防的发展至关重要,如疫苗——消除病毒。
博士杆粉笔,质谱分析在新牛津大学药物发现中心(以前的一部分结构基因组学协会)已经开发了一个新的大规模spectrometry-based方法描述聚糖的蛋白质。它可以使用任何执行液相色谱质谱(LC),它不需要专业知识的多糖的分析,并利用微分分辨能力的反相高效液相色谱法(HPLC)。粉笔和他的同事们已经创建了一个数据库分享获得的数据通过采用这种方法,鼓励其使用学者和行业。
188金宝搏备用与粉笔来了解更多关于如何在SARS-CoV-2方法及其应用研究和其他传染病。粉笔还讨论了现实的工作在当前全球SARS-CoV-2病毒大流行。
莫莉·坎贝尔(MC):你能和我们谈谈“典型”结构基因组学研究发生财团(国网公司)牛津大学,以及这如何定位研究SARS-CoV-2病毒吗?
杆粉笔(RC):今年8月,国网公司成为中心的药物发现。这解释了我们所做的更简洁。我们确定蛋白质负责疾病,克隆和表达它们,然后扩大和净化结构分析x射线晶体学或低温电子显微镜。一旦我们获得的结构,然后使用广泛的筛选技术来识别潜在的药物绑定到它。所有这些信息,方法和试剂,我们已经被放置在公共领域是由制药公司或其他学术团体访问。我们的目标是加快寻找新的药物对癌症、老年痴呆症、心脏病,等等。因为我们有超过17年的经验生产成千上万的高质量的蛋白质,我们是“去”实验室对蛋白质生产和我们的自然选择SARS-CoV-2蛋白质。
凯伦管家(KS):请告诉我们关于mass-spectrometry-based方法发展改善SARS-CoV-2突起蛋白的特征。
RC:我们的目标是能够识别、定位和量化的无数聚糖SARS-CoV2突起蛋白的结构复杂化。我们的方法依赖于生成短肽轴承单一多糖,然后确定多糖和多肽。确定多糖中,我们使用准确的质量和所有聚糖从同一肽共享相同的反相高效液相色谱的保留时间。识别肽,我们使用伪MS3碎片。所有这些信息都整理在一个数据库现在包含准确的质量,保留时间和结构在406年飙升糖肤。这个数据库铺平了道路,更快和更简单的方法我们称之为Mass-Retention指纹(MRTF)。这将在任何质谱(MS)实验室工作,不需要专业知识的糖生物学。用户只需执行一个过夜酶消化,60分钟液体色谱-光谱法(质)运行,然后搜索结果针对MRTF数据库获得位置,每个穗多糖的结构和相对强度。
KS:你碰到任何特定的开发过程中面临的挑战,你怎么克服这些困难的?
RC:是的。首先,我们发现胰蛋白酶生成肽与多个糖基化的网站。弹性蛋白酶是一个更受欢迎的选择,但我们发现我们需要削减并生成短肽容易使用。接下来,我们发现,尽管在文献信息,弹性蛋白酶乳沟不是特定的100%;然而,我们发现这并没有阻碍我们的方法。最后,我们找不到一个色谱法矩阵将单独所有糖肤。我们发现反相分离肽,但不具有不同聚糖连接。我们实际上可以利用这一点,因为如果我们发现不同聚糖具有相同的保留时间,我们可以用这个来识别肽,因此定位多糖在飙升。
KS:如何利用数据生成的研究人员致力于一个有效SARS-CoV-2疫苗?
RC:任何人表达高峰需要知道表面聚糖批次的不显著改变或者从实验室到实验室。这可能确定内源性抗体上升,对高峰或改造,将承认与否。此外,存在与否聚糖会改变飙升的物理性质(分子量、溶解性、电荷等)
主持人:这个方法以外的其他应用程序存在什么SARS-CoV-2研究呢?
RC:我们开发了这种方法专门为SARS-CoV-2飙升。然而,沉重和复杂的糖基化免疫入侵的目的是常见的流感等病毒病原体,埃博拉病毒或艾滋病毒糖基化网站甚至比飙升。构建mass-retention时间数据库的基本策略,然后使用它快速多糖指纹同样可以应用到这些和其他蛋白质。此外,替代多糖表征方法有明显的缺点。多糖的分析不给任何位置信息,发布fragmentation-based策略需要昂贵的设备和大量专业知识和质策略基于准确的质量容易大量的假阳性。我们的方法使用准确的质量和保留时间允许快速和自信的多糖的任务。
主持人:COVID-19全球大流行是怎么影响你的研究,和感觉如何导致了持续的努力开发一个安全有效的疫苗?
RC:COVID-19流行影响了我们研究的所有方面,和其他几个月所有研究活动被停止。我和我的同事自愿工作的冠状病毒,我们都学会了新的科学和新的工作方式。科学家们一直愿意非常努力,我们得到了很多的帮助。最终,每个人都明白所有学科的科学家们击败这一威胁的关键,我们最终会成功一个成功的疫苗,药物治疗,快速诊断测试或所有三个。
杆粉笔是跟莫莉坎贝尔博士和博士凯伦管家,科学技术网络作家。188金宝搏备用
