映射人类蛋白质组:跟博士Lydie车道

今年,科学庆祝映射人类蛋白质组的90%,一个已经通过的努力人类蛋白质组计划(HPP)。188金宝搏备用探索之旅我成功的壮举博士Lydie巷。

那段巷一直CALIPHO组日内瓦和大学SIB瑞士生物信息学研究所与阿莫斯Bairoch教授自2009年以来,研究人员的主要任务是neXtProt的不断进步。她也是的C-HPP组件HPP的联合主席。

莫莉·坎贝尔(MC):为什么我们绘制人类蛋白质组很重要,除了人类基因组?

Lydie巷(LL):映射的基因组是非常重要的,因为基因组包含所有指令构建活细胞或生物体的组成部分。但真正的演员生活是蛋白质。他们充当小机器负责我们所有的生物功能(营养、繁殖、呼吸等)。“蛋白质组映射”,即观察这些蛋白质在生物样品,让我们了解他们生产的数量,当它们是如何工作的,他们在哪里,他们如何交互,以及如何修改或破坏在某些条件下,等这些信息关键理解人类的身体是如何工作的。

主持人:你的研究实验室的主要任务是neXtProt的发展。为我们的读者不熟悉,你能告诉我们关于neXtProt吗?

噢,neXtProt自由访问“一站式”对人类的蛋白质。我们选择高质量的信息从各种网络资源,对人类蛋白质标准化信息和重新分配它通过我们直观的web界面和专门的观众。我们已经开发出独特的查询工具,允许研究人员我这个巨大数量的信息和回答特定的问题。

主持人:高压泵分为C-HPP和B / D-HPP。C-HPP执行委员会的联合主席,请解释为什么该项目划分?

噢,HPP的首要任务之一是让令人信服的实验证据存在的每一个20 ~ 000年人类基因组的蛋白质的预测分析。自000年基因编码这些~ 20的蛋白质分布于人体的24对染色体,这是自然分裂染色体每个染色体的工作。高压泵是一个国际项目,每个参与国家最初选择了一条染色体,成为负责监督所有的验证状态预测蛋白质染色体。

24人类染色体可以看作是书包含指令产生所有人类的蛋白质。然而,一旦产生的蛋白质,他们体内执行的函数是独立于原编码的染色体。为了研究他们的角色或参与疾病是很重要的研究蛋白质在全局上下文。B / D水电项目解决这一挑战通过专注于广泛的生物或医学问题和应用更多的系统性方法。

C-HPP和B / D HPP是互补的项目,了解人类蛋白质组的复杂性。第一个确保所有蛋白质是覆盖的项目,和第二个一起将所有碎片。

MC:请可以讨论你的实验室对水电的贡献和典型的研究方法采用在这个空间吗?

噢,作为参考HPP的知识库,neXtProt集成和标准化的所有数据生成的团队参与项目和生产年度指标来监测其进展。这样做是密切合作与其他关键资源参与高压泵,等人类蛋白质图谱和PeptideAtlas。

大约10%的人类蛋白质,我们不知道他们可能的生物功能,他们看起来不像任何其他特征蛋白在其他物种。这是人类蛋白质组的“暗物质”。我们的团队使用的组合方法提出功能假说对他们来说,希望能刺激实验室在这些工作可能非常人类生物学的重要参与者。

主持人:你遇到什么挑战在水电吗?你怎么努力克服它们?

噢,水电是非常熟练的大财团和热情的团队努力理解人类蛋白质组的复杂性。这是一个艰巨的任务,有时很难优先行动。一年一度的国际会议和中介HPP会议已被证明非常重要的分享和共同标准定义的结果。

最大的挑战之一是,没有水电项目专项资金,与以前的人类基因组计划。几乎所有的团队(包括我们)参与全球水电努力在自愿的基础上,这无疑会降低整个项目。

司仪:主要是突出你在参与水电吗?

噢,HPP的正式发布十年之后,我们非常高兴地宣布今年,超过90%的人类蛋白质组高严格验证。这个功能研究为社区提供了一个坚实的基础。

在过去的8年里,我们也导致了一些“暗蛋白质”的功能验证与潜在参与疾病。

主持人:在这项研究空间你的下一个步骤是什么?

噢,验证蛋白质的存在是好的,但理解他们所做的更好!我们希望我们的知识和工具集成在neXtProt将继续促进和加快代功能假设所有的替代蛋白质。

我们还需要更好的代表neXtProt inter-individual可变性的人类蛋白质组。事实上,了解遗传变异的影响蛋白质的结构和功能是理解疾病机制和磁化率的关键。

最后,我们将继续改善neXtProt的互操作性资源专注于临床和药理数据为了更好的答案医学界的需要。

Lydie莱恩博士是莫莉坎贝尔,科普作家、技术网络。188金宝搏备用