在71年的圣质谱(asm)学会年会,188金宝搏备用有幸与Rohan Thakur说,总统的生命科学质谱力量Daltonics。我们讨论了力量和推出新产品的特别关注该公司最新的质谱仪的应用,timsTOF超immunopeptidomics。
鲁棒性和高覆盖率和高灵敏度至关重要
许多年来,质谱(MS)开发的一个重点是提高技术的敏感性,一个很重要的特性成为了科学家在研究低蛋白质丰富的少量的样本。新timsTOF超提供一个“突破”为单细胞水平的敏感性分析,但除此之外它还提供了健壮性和高序列覆盖率,使科学家能够看到的基本属性更多的蛋白质及其相关途径,Thakur解释道。
技术细节:timsTOF超
的timsTOF超质谱仪结合了新俘虏喷雾电离(CSI)超离子源,一个更大的毛细管和优化的气流。它也有一个小说第四代困离子流动分离(蒂姆)XR细胞和一个14位数字转换器。总的来说,这些特性意味着质谱仪可以识别55000肽,映射到超过5000个蛋白质组1%错误检测率从0.125 ng的蛋白质加载。
科学家工作时可能会遇到的挑战来识别蛋白质的样品由于高水平的整个蛋白质序列保护家庭。一个序列的存在不可能使蛋白质的识别与绝对的信心,作为另一种蛋白质序列也可以发现家庭。高序列的报道timsTOF超是非常有用的在这种情况下,Thakur说,“尤其是当研究蛋白亚型。“蛋白亚型-也称为蛋白质变异发生在蛋白质生成相同的DNA代码但携带不同的氨基酸序列和生物功能由于可变剪接等机制。
驾驶immunopeptidomics
这些特性也为什么新的质谱仪是有助于推动immunopeptidomics领域,Thakur强调。Immunopeptidomics越来越多的研究领域,利用MS antigen-associated肽识别。兴奋包围癌症研究的潜力,识别肿瘤特异性抗原可以支持个性化药物的开发,利用人体的免疫系统对抗癌症,被称为免疫疗法。
顾名思义,immunopeptidomics涉及肽的研究,不蛋白质,这种区别是重要的。人类白细胞抗原(HLA)绑定肽存在于受感染细胞或肿瘤组织有效地告知免疫系统有外来物质在体内,刺激免疫反应。他们的存在因此影响如何能够身体抵抗疾病或入侵的病原体——一种机制,可以利用个性化医疗方法。为了达到这个目标,我们需要知道哪一个immunopeptides。研究人员等博士尼古拉Ternette詹纳研究所的牛津大学的使用timsTOF超研究的具体序列HLA-bound肽提取患者的肿瘤。
这个过程的第一步是找到immunopeptides,可8到9氨基酸长,或长12到14种氨基酸,这取决于他们是否1或类2类,分别。“他们存在于非常低的副本数量,需要非常高的灵敏度,“Thakur解释道。“上下文,变得非常重要,因为你筛选大量的噪音,和你要肽,”他补充说,并指出timsTOF超系统是在immunopeptidomics产生这么大的影响,因为它是“敏感”和“因为大量的肽能看到。”
生命科学的总裁Rohan Thakur质谱在力量Daltonics,莫莉坎贝尔说,资深作家科技网络,asm 2023。188金宝搏备用
