整合新一代蛋白质组学和新一代测序

上周看到AB SCIEX和Illumina宣布OneOmics™项目这是一个独家合作伙伴关系，将基于SWATH™的下一代蛋白质组学(NGP)和下一代测序(NGS)工具整合到云计算环境中。

据信，这种对复杂多组学数据集的快速、安全、简化的分析将有助于推进生物标志物的发现，并有助于癌症、糖尿病、阿尔茨海默病和心脏病等疾病的研究。

为了了解更多关于该项目及其为研究人员提供的好处，我们采访了AB SCIEX的MBA、蛋白质组学高级市场经理Mark Cafazzo

AB:你能告诉我更多关于OneOmicsTM项目的目标吗?

Mark Cafazzo (MC):我们相信今天的生物标志物发现将引领明天的个性化医疗，但仍有挑战需要克服。

组学数据将来自多种技术、多种格式。数据集将很大，代表了广泛的生物条件，因此我们需要开发解决方案，将多种组学技术的复杂生物结果进行比较和可视化。要做到这一点，我们需要一个集成的工作空间，可以完成更大的项目。在安全友好的工作空间中，数据可以被处理、比较、可视化和共享:云中的OneOmics数据环境。将OneOmics项目带入生活。

AB:与Illumina的合作是如何开始的?

MC:像SWATH这样的技术将定量蛋白质组学推向了更大的规模。通过精确量化数百个样本中的数千种蛋白质，研究人员现在可以得出有意义的生物学结论。下一个合乎逻辑的步骤是将这些结论与其他组学结果整合起来，例如基因组学和转录组学。Illumina和AB SCIEX拥有一个单一的愿景和互补的解决方案，它们完美地结合在一起。两家公司都拥有庞大的内部和外部组学专家网络，他们可以帮助迅速实现这一愿景。我们不仅在BaseSpace上推出了SWATH蛋白质组学应用程序;但我们在Advaita、耶鲁大学和系统生物学研究所的合作伙伴和合作者推出了免费的应用程序，扩展了工作流程，代表了比较RNA-Seq数据和蛋白质组学数据的第一步。

AB:我们已经看到SWATH云工具包有6种方法可以帮助研究人员研究下一代蛋白质组学，您能再详细介绍一下吗?

MC: SWATH蛋白质组学云工具包解决了许多客户的痛点，从大型复杂数据集的处理速度快至50倍-现在只需几分钟而不是几天，以确保您始终拥有最新版本的应用程序，并减少与生物信息学、IT资源和硬件相关的开销。最重要的是，它允许跨学科和全球研究界的合作，同时帮助单个核心实验室更快地支持更多的机构实验室。对于生物学家来说，利用云计算的力量最大的改进是他们现在可以以一种与他们相关的方式可视化数据，不再需要特殊的帮助，你只需要使用蛋白质表达浏览器就可以了。

AB:目前BaseSpace上有4个SWATH Beta应用程序，用户如何注册这些应用程序?

MC:用户只需登陆basespace.illumina.com，注册一个免费账号。从菜单中选择蛋白质组学以找到SWATH云应用程序。

Mark Cafazzo接受了技术网络执行编辑Ashley Board的采访。188金宝搏备用