深入体内单细胞转录分析在基因组研究欧洲——菲利普采访天……
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你准备好从办公室阳光打破常规和刷新钻研最新的基因组学研究?然后前往巴塞罗那,西班牙从10月16 - 17为基因组学研究欧洲。更好的是,会议由两个跟踪将深入检查:新的应用PCR &下一代测序,和表观遗传学、小分子核糖核酸和非编码rna在疾病。曼彻斯特大学读者菲利普天将展示一篇论文已单细胞记录分析系统建模。在他的研究中,单一细胞的DNA,信使rna和蛋白质对BCR - abl以K562细胞产生BCR的稳态模型。ABL蛋白丰度/信使rna分子。演讲将专注于他的研究有关的异质性的影响和发展已记录测量。在今天的博客,他的一些见解,他将在演讲期间更深入。
问:你认为当前的挑战已单细胞转录分析(参照你的工作如果可能的话)?
答:接触这种类型的工作的原因是提高分辨率,使生成的数据增强生命过程的详细分析。对我来说这意味着疾病建立更详细的数学模型和利用细胞作为公分母更好的促进了集成不同的组学以来所有的结果与一个特定的分子事件,或发生扰动。这里的交易当然是能够隔离分析物从单个细胞而不影响其他类的组学分析的准确性标记。挑战是多方面的,主要是技术,需要细胞异质性的决心让这个“背景”的信号区分开来。
问:你能告诉我们一些关于你已经开发出的创新金融工具,精密,准确测量记录的异构应用程序在癌症研究组织和?
我集团专家仔细测量单个细胞的数量的记录采用qPCR灵敏度高。我们的技术更关系到如何处理细胞qPCR之前,我们使用流式细胞仪和微流体平台操作细胞使一些数百人口受qPCR分析。访问一个完整的细胞形式,我们开发了癌症研究建立在这些细胞白血病已经单个细胞,因此复杂的组织变革,可以避免和细节的组织架构不需要注释血液没有结构。研究开发手段co-analyse mRNA挂式和endo代谢物没有任何这些分析物的损失。最近我们也致力于使用原子力显微镜来添加和删除核酸在细胞使精确扰动实验被执行,完全删除或增加分子的核酸可以测量反应相关。
问:什么是一些更有趣的发现,是由于你的系统病理学调查神经母细胞瘤和白血病,有关预测和分子生物标志物吗?
我们有测量异质性在K562细胞的数量。我们也为特征的细胞群体存在不同在bcr - abl表达式(信使rna和蛋白质)和高水平关联更激进的细胞生长和抗性与伊马替尼治疗。“生物标记”这个词是另一种说法,我们不知道什么分子,和这学期我们避免!我们正在努力把分子候选人功能角色通过数学模型的形成和初步研究已经出版。microrna正在分析他们的影响改变监管bcr - abl和潜在的阻遏蛋白被确定。
问:你觉得效果如何通过与组织密切协作研究分析仪器小型化、数据分析,文本挖掘和系统生物学吗?这样的合作提供什么额外的见解?
这是一个相当大的挑战,但几乎所有积极的!领域专家是多样化的,并且都是敏锐的兴趣转化为癌症治疗的提高。主要的一点是,这些可以单独治疗和他们需要集成,使过程和平台建设,使疾病有意义的模型(白血病)。每个学科本身,都是共赢。这和类似的研究是希望帮助渠道发展这些字段允许更具流线型和兼容的操作系统和软件开发。
问:在你的经验中,体内单细胞转录分析有什么变化在过去的5 - 10年,它又是怎样影响你的研究?
答:我的理解体内单细胞转录分析是非常有限的。通常GFP-protein体内分析执行这是不完全相同的。因此在很大程度上并没有影响我的研究领域,这是为什么我寻求同事技术允许记录分析体内。
问:什么是你认为会发生一些未来的创新领域的生物标志物集成,使个性化医疗吗?
答:个性化医疗后才会意识到创新单细胞分析。问题联系到前面的问题担忧高度协作的集成研究。如果我们相信分子调节控制作用的器官和生物功能,那么这一定是明显的单一细胞。或许该领域被证明是高度依赖于生命的整体系统的开发模型和疾病过程,如有关虚拟人类,但这是一个远离现实。从不越少,殖民数据库资源与可靠的定量分子数据是理解的关键风险组。
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