从基因工程在IGI COVID-19诊断测试
COVID-19大流行造成了前所未有的全球变化,改变日常生活、医疗系统和科学研究。我们如何最好的应对变化?我们适应,在全球大流行的上下文中,我们适应快。创新的基因组学研究所(IGI),包括加州大学研究人员、加州大学伯克利分校和加州大学旧金山,所做的只是发布了一个令人印象深刻的在加州大学伯克利分校的实验室COVID-19诊断测试。
在正常情况下,研究所关注的基因工程研究旨在结束治疗人类疾病和饥饿。现在,他们正在测试诊断COVID-19每天超过1000患者样本,将机器人技术纳入他们的管道,使流程尽可能有效和安全的。
188金宝搏备用与教授Jennifer Doudna IGI和执行董事的分子和细胞生物学和化学教授,加州大学伯克利分校学习如何这个雄心勃勃的努力取得的。
莫莉·坎贝尔(MC):对于不熟悉IGI的读者,请您能讨论的“典型”重点研究,并决定COVID-19测试实验室吗?
詹妮弗Doudna (JD):IGI在正常时期,研究重点是使用基因工程治疗人类疾病和饥饿。我们也一直致力于进一步推进我们使用的工具包括CRISPR,使得基因组工程成为可能。3月13日,我们意识到我们不是在正常时期了。避难所的顺序是迫使加州大学伯克利分校校园关闭所有不必要的工作,所以我们面临一个决定作为一个学院。
我叫IGI会议收集意见我们如何能够最好地服务社会。我们有一个研究所充满极有见地的人开车去帮助,和公共影响深深融入IGI的文化,所以它不是一个问题,是否我们想做某事,但我们得弄清楚如何我们可以有直接影响。我们的解决方案是将发射一枚COVID-19诊断检测实验室,然后在此基础上研究可以帮助带来更好的诊断和治疗方法。
主持人:你能说我们通过创建测试实验室的物流吗?你遇到的最大挑战是什么?
JD:如果只有我们知道的所有事情我们不知道当我们开始这条路!有许多挑战,许多很长时间,但是我们很快,因为我们不得不学习。COVID-19测试非常困难在东湾,整个国家——但它也显然使暴发得到控制的关键,所以我们没有充裕的时间。加州大学伯克利分校的很多东西,但它不是一个医学院,所以面临的最大挑战之一是导航所需的所有监管障碍临床实验室运行。我们的志愿者工作人员必须培训工作与患者样本和隐私协议,我们通常不需要考虑在我们日常研究。这通常需要几个月的工作,但我们可以做到在短短三周内。
其他挑战是技术。我们必须快速开发实验室信息管理系统(LIMS)跟踪patient-linked信息和安全地与医生沟通,通过合作伙伴的帮助我们管理包括Salesforce和第三波分析。我们还必须找到一个方法来迅速扩大我们的测试能力,和保护我们的志愿者,这意味着自动化使用机器人尽可能多的过程。
主持人:你有什么资源外包,已经用于IGI什么资源?
JD:我们开始与一些关键的优势,但也有一些重大的障碍。我们愿意团队与技术诀窍执行COVID-19诊断测试,实验室愿意捐赠物资和时间和我们很幸运,有一个空间IGI建筑,我们可以将用于测试实验室,但实验室也需要一个LIMS,和一个HIPAA兼容。在全国和其他人一样,我们必须找到一个一致的测试套件和PPE的来源。自动化的机器人管道必须获得和设置为我们的具体使用。,这一切都是免费的或支持我们现有的资助,所以我们必须找到捐助者支持我们的努力和技术合作伙伴愿意志愿者他们的时间和知识。
主持人:你能说我们在IGI通过测试过程?
JD:可能在这个过程中最具挑战性的一步是样本集合本身,而幸运的是,我们有一个网络在前线的医疗服务提供者在第一时间收集样品。当样品来我们,他们已经灭活所以没有活病毒总是出现在我们的设施。样本已经被征用了一名医生,所以把所有的样品都是与我们LIMS的惟一标识符,它通过测试。合成第一管道机器人,机器人,扫描和样品装入96 -孔板。第二个机器人从样本中提取RNA。然后我们使用thermocycler检测特定的病毒遗传物质的存在与否。结果反馈到LIMS,然后医生可以与病人沟通的结果。
MC:人口IGI目前进行的测试,这和你有什么预期扩大?
JD:我们目前的工作与合作伙伴在东湾测试第一反应者,高危人群和贫困社区。bet188真人我们也与公用事业在加州测试基本的工人真的让灯和水运行。最大的扩张,我们正在研究是一个新的唾液检测无症状的人员、教师和学生在加州大学伯克利分校的校园作为计划的一部分,帮助校园开放在秋天。
主持人: 一般情况下,每天有多少正在进行检测?
JD:每天我们的管道可以容纳超过1000个测试。测试的具体数量取决于我们收到来自我们的测试伙伴在东湾和加州附近,和我们不断的平衡能力和需求的测试。既然我们已经推出无症状的唾液测试在加州大学校园,我们预期需求将增长,所以我们计划扩大测试能力添加额外的机器人。
主持人: 员工发现过渡的经验如何从研发到COVID-19测试?
JD:当你告诉放下研究和走开,没有科学家激动听到这个消息。但是每个人都有如此热情的测试实验室工作的一部分。有一个真正意义上的共同目的,理解,现在我们在做什么真正重要的人在我们的社区。在某种程度上,我们都将做我们的核心研究,但我不认为我们会完全相同的方式方法后的经历。我们能做的很多,当我们都在一个共同的目标。
主持人: COVID-19又是怎样影响IGI的研究策略?
JD:在短期内,它已经成为我们单一的焦点。我们已经获得超过200万美元的资金快速COVID-19研究项目旨在产生结果只有6 - 12个月。基因组测序和跟踪,这些封面下一代诊断结构生物学来确定治疗目标,和一些很有创意的方法使用废水测试跟踪疫情。从长远来看,我们现在有一个临床实验室——从未存在于加州大学伯克利分校的校园,有很多我们思考我们可以应用到未来的工作方式。
司仪:实验室最近转换到使用机器人管道增加测试在实验室的能力。你能告诉我们更多关于这个和它对效率的影响进行测试?
JD:简而言之,切换到机器人增加了我们的产能大约十倍,规模,它允许我们继续。我们可以从超过100测试每天超过1000,和测试都集成到我们的实验室信息管理系统从开始到结束。自动化不仅仅是增加容量也照顾我们的志愿者。手工测试都是需要花费很多努力,重点从我们的团队。自动化让更少的人可以用较少的资源做更多的努力,减少的人数在实验室在任何给定的时间。自动化不是结束的我们能做什么。我们做的最好的,我们可以准确的但是本质上缓慢的测试。我们很兴奋的是接下来会发生什么。我们努力开发下一代CRISPR诊断将更便宜,更快,至少当前qPCR一样敏感测试,和一个很大的优势是,他们可以随时随地进行。这些测试可以删除对机器人的需求。
主持人: 你有任何关于预期时间多长时间弹出测试 实验室将在操作吗?
JD:一切都变化得如此之快,我们很难预测甚至下周会发生什么。我们的目标不是在测试实验室业务长期,但只要我们可以为我们的校园和我们当地的社区,我们会坚持下去。
詹妮弗Doudna莫莉坎贝尔说,科学技术网络作家。188金宝搏备用
