利用肿瘤标本外显子体评估微环境免疫原性:TcR-α/β V(D)J重组的联合检测与pd -1表达相关

t细胞受体(TcR)重组可从肿瘤标本、全外显子组(WXS)文件中恢复。然而，目前尚不清楚这些重组如何代表淋巴细胞或抗肿瘤免疫反应。在这里，我们报告了在代表原发性和转移性黑色素瘤的WXS文件中鉴定出生产性TcR-β重组。在大约20%的癌症基因组图谱黑色素瘤样本中可以识别出这种重组。这种检测频率低于TcR-α VJ重组的频率，这与双等位基因TcR-α重组的发生一致，也可能与TcR-α只需要一次连接重组，而形成一个TcR-β基因需要两次重组的事实一致。然而，生产性TcR-β与非生产性TcR-β样品的比例，与生产性TcR-α或TcR-γ阳性样品与非生产性TcR-α或TcR-γ阳性样品的比例相比，非常高。这一结果表明，在使用肿瘤标本外显子组文件进行评估时，检测一个多产的TcR-β VDJ重组代表了一个相对较高的潜在抗原结合能力标准。此外，PD-1表达和抗原呈递功能与联合检测TcR-α和-β重组相关(例如，p < 0.0004)，这表明联合检测TcR-α和-β重组代表抗黑色素瘤反应，这种反应因PD-1表达的出现而减弱。我们进一步表明，检测TcR-β VDJ重组的算法适用于小鼠组织产生的外显子组文件，从而为开发解释组织驻留淋巴细胞中TcR V(D)J重组的经验范例提供了机会。