AGBT 2017:一个小会议

基因组生物学和技术的进步(AGBT,称为“马可岛会议”)并不是典型的present-your-latest-scientific-findings-to-your-peers会议。而科学是肯定有的,更科学的技术吸引研究人员到南佛罗里达每年冬天,气候。AGBT 2017 - 2月举行整个半岛在好莱坞海滩而传统家庭正在翻新——“人们来评估什么是新的,什么发生在下一代测序(上天)”,解释了伊莱恩狂欢节,主任,全国儿童医院,基因组医学研究所和AGBT 2017共同主持。“这是专注于技术和整个光谱的研究人们如何使用它。”

狂欢节AGBT描绘成一个私人“大会议”——超过850人(“我们例行公事地拒绝约100左右的人,因为我们没有足够的房间”)。口头和海报会议摘要不在线,和作者可以选择不允许twitter上谈论他们的演讲,让工作和在制品未发表的自由讨论。许多作者自己推自己的幻灯片,虽然。

与会者遇到什么流血的边缘或管道,并能做些什么。小,驾驶员与研究”显示能做些什么”可能是由科学家使用工具引入了在以前的AGBT赞助。这里的讨论可能会标准,常规技术背后的大型研究在一般社会会议在一年或两年,主任Michael Talkowski言论基因组学和马萨诸塞州总医院的核心技术。同时,将会有准备好工具”你买和你的科学。这是整个谱。”

有酒店宴会厅大显示器设置,那里的研究人员可以展示他们的软件及其功能,狂欢节解释道。“这样他们可以解决一个或两个以上人。”

而不是一个传统的展览大厅,供应商在AGBT上朝私人空间-酒店套房或会议室,在那里他们可以展示产品、举行研讨会,并允许他们的研发团队与与会者进行一对一的互动。

“这是一个独特的机会都得到一个很好的的当前技术在基因组学领域是什么,然后也有所有这些讨论小说的想法你可能和技术的应用程序。当然大多数供应商很高兴有这些对话的学习他们的技术可以用于什么,”马丁·赫斯特指出,微生物学和免疫学副教授英属哥伦比亚大学的。

成熟

作为一个门店会议,当然在AGBT Illumina公司显得鹤立鸡群。推出他们NovaSeq平台向投资者上个月在摩根大通(J.P. Morgan)第35届医疗会议上,介绍的测序巨头NovaSeq的人将会使用它,并使用它来开发算法,试剂,外围设备,和其他兼职教授。但NovaSeq基本上结婚Illumina公司的NextSeq双色化学,不是革命,它只是更多的该公司一直在做的事情:生成大量的序列,在相对较短的读取,以低成本和高质量的——“他们只是产生一吨多,“Talkowski指出。

“他们设计他们的方法给他们更多的空间来保持增长的能力,”保罗Flicek,变异的基因、基因组和欧洲生物信息学研究所的资源。“他们离年底他们能做什么。”,这是建筑,和继续建设,随着时间的一个特点是一个成熟的技术。

很多技术已经是一个成熟的主题Flicek拿走的会议。事情越来越精致,大数据集的能力,更快的工作流,更准确的实验准备工作。我们开始看到的影响非常大的数据集,”它不仅是拥有所有这些数据一起,你可以看到模式之前,你没能看到,但它是计算火力也确实需要这样做。”

“PacBio,新的化学,现在续集机器,已经随着时间的推移逐步移动。…10 x的科技是固体,他们继续一个轨迹。…NanoString也是——现在很明显,他们的技术工作,”Flicek说。“10 x基本上要求Illumina公司机器做的东西,所以这是说Illumina公司是足够稳定,有公司存在。”

一个成熟领域的另一个标志是比较受欢迎的,冷泉港实验室的迈克·沙茨和他的同事们的各种能力读(PacBio和牛津纳米孔)和合成长阅读(Illumina公司和10倍基因组学)技术。“他的实验室和其他实验室喜欢它做的是生物信息学和计算生物学分析方法——所以,这真的很重要需要的所有新技术,“Talkowski指出。”这是一个主要组成部分[AGBT],和很多人了。”

Illumina公司,10倍,其次是PacBio既是供应商和在科学演示。牛津纳米孔是引人注目的缺席作为赞助商,但有报道称便携,身材矮小的音序器一辆公共汽车上使用和在空间站。

日立保持他们的帽子在环的概念验证固态纳米孔测序仪。“这是第一个新的测序平台或概念,我见过的初步数据,”赫斯特说。“真正实现这一目标所需的技术飞跃。这是一个引人注目的谈论一个前瞻性的技术。”

使它成为一个单一的

单细胞RNA-seq和其他一些单细胞分析出现在过去的会议”可能会大幅这次会议更重要,”罗伯特•里昂主任密歇根大学的DNA测序核心,预计应该在会议之前与伟大的远见。

组合条形码、单细胞扩增和其他技术被用来从单个细胞得到读数。“有不少人应用单细胞分析RNA水平,在DNA水平,这种表观遗传水平,显示会有一些真正的新见解从单一细胞生物学下降管工作,“Talkowski说。“我认为这将是在未来更常规。”

单个细胞大部分工作是分散在整个会议——只是一个技术,人们把对他们的问题。举几个演示:约翰Marioni谈到单细胞转录组和细胞命运的决定。将使用ATAC Greeleaf描述(化验Transposase-Accessible染色质]seq吗在单个细胞Fluidigm平台看监管区域开放与封闭染色质的推理。和单个细胞甲基化上有一张海报。

厂商也加入了这一行动。”BD生物科学提出新的单一细胞的应用;Bio-Rad有自己的应用程序;WaferGen。所以有很多公司在单个细胞工作的空间,看着不同的方式把细胞的,”赫斯特说。“Droplet-based格式和坚实的统计格式(如BD)仍然是两种主要的方法。”

AGBT一般往往是由新的排序方法,分析新算法,和未来测序市场,指出了里昂。事实上,测序的临床应用及其在个性化医疗作用最近给自己的论坛(AGBT精度卫生会议,每年秋季在斯科茨代尔亚利桑那州),“很多癌症特异性的讨论。“可能(自封的)技术极客们欢喜。

乔什·p·罗伯茨是一个自由作家住在明尼阿波利斯,美国