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基因组数据可视化探索的开源库


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如果没有能够显著提高基因组学应用信息学效率的新工具,与生物数据分析和解释相关的年度成本将显著增加。因此,基因组分析中心(TGAC)获得了资金,用于开发一个开源网络界面,并将来自Repositive的基因组数据可视化。IO平台将为基因组学提供可视化探索解决方案。

为了了解更多关于诺维奇研究园区转化基金和Façade项目提供的资金,我们采访了项目负责人曼纽尔·科尔帕斯,

JR: TGAC的一些项目最近获得了诺维奇研究园区转化基金的资助。你能告诉我们你的具体项目吗?为什么这笔资金如此重要?

MC: Façade是一个创新的界面,试图让用户更接近基因组技术的最新进展所带来的许多好处。不幸的是,尽管取得了进展,但要使基因组分析结果以直观的方式呈现出来,仍有很多工作要做。我们希望降低非技术人员访问和解释他们的假设的障碍,而不需要了解大量的计算机科学。

你们的软件与现有软件有何不同?

MC:该软件的主要优势在于它建立在用于高通量基因组数据可视化的BioJS库和Repositive平台的基础上。我们将提供一个基于Repositive创新分布式平台的接口,该平台将来自许多不同来源的数据聚集在一个接口下。

记者:您的项目旨在提高临床医生和研究人员诊断基于遗传基础的疾病的能力,这将如何实现?

MC:我们希望让非技术人员能够轻松地使用数据可视化工具来快速测试假设,即当场提出问题,而不必关心数据格式、软件版本或操作系统。我们希望为临床从业者提供一个抽象层,以快速和交互式的方式简化对结果的访问。

JR:你希望Façade项目会对研究“大数据”的科学家产生什么影响?

MC: Façade将加快访问和解释结果的过程。发现的方式并不是线性的。临床医生需要尝试许多不同的方法来可视化他/她的数据。因为façade是专门为基因组数据查询的可视化而定制的,我们将在查询复杂的异构基因组数据集后,弥合知识发现需求和结果呈现之间的当前差距。

曼努埃尔·科尔帕斯接受了科技网络编辑杰克·拉德的采访。188金宝搏备用
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