ChemGenome——一个从头开始的基因预测软件 - 188bet金宝搏手机网页,188金宝搏备用

Chemgenome是一个ab-intio基因预测软件,发现基因在原核生物的基因组在所有六个阅读框。方法遵循物理化学方法,验证在372原核基因组。阅读更多关于ChemGenome

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(一般信息) (数据集) (验证结果集) (帮助) (家里)

输入文件

或者粘贴FASTA格式的基因组序列

额外的参数

阈值:起始密码子:ATGCTGGTG测试

方法:DNA蛋白质Swissprot

电子邮件ID:(可选)

阈值:如果你有小基因组可以指定低阈值来找到更小的基因。如果你有大的基因组可以指定更高的阈值剔除假阳性

起始密码子:您可以指定应该开始你想找到基因的密码子。

方法:
DNA空间:该方法需要完整的或部分的原核生物基因组序列FASTA格式作为输入文件。它搜索基因基于双螺旋脱氧核糖核酸(DNA)的理化性能。

蛋白质空间:DNA的方法将结果生成空间作为输入文件和工作作为一个滤波器基于蛋白质序列的立体化学性质,以减少误报。

Swissprot空间:该方法需要从蛋白质空间生成的结果作为输入文件和计算查询核苷酸序列的标准差(预测基因序列)swissprot蛋白质基于氨基酸的出现频率。选择一个阈值标准偏差保持最小和精度最大的假阳性。

没有文件大小限制的基因组。我们已经测试了超过5 MB基因组可用文件大小。如果程序崩溃在大型基因组大小,超过5 MB,请我们亲密。

计算可能需要5 - 10分钟根据web服务器上的负载和输入文件中的基因组的大小。

(镜子)(http://chemgenome.wesleyan.edu)

引用

[1]“现象学融化温度预测模型的DNA序列”口G。,Jayaram B。《公共科学图书馆·综合》。2010年,5 (8),e12433。
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[2]“物理化学模型分析DNA序列”,杜塔。Singhal P。,Agrawal P。,托马R。、Kritee Khurana大肠和Jayaram B。j .化学。正,国防部。46(1),2006年,78 - 85。
阅读文摘

[3]“解码设计原则的氨基酸和蛋白质的化学逻辑序列”,Jayaram B。自然前,2008年。
读报纸

[4]“超越摆动:配合”的规则,Jayaram B。《摩尔。另一个星球。,1997,704。
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[5]“原核基因密码子的发现基于物理化学特征从分子动力学模拟计算”,Singhal P。,Jayaram B。、武断的话s b和贝弗里奇d . L。Biophys J。,2008,94,4173 - 4183。
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