计算化学家长期以来一直致力于寻找新的分子在网上这些方法现在已经在制药和农化公司中根深蒂固。当已知与疾病相关的蛋白质靶点的结构时，可以将一个虚拟化合物库对接到蛋白质的结合位点——虚拟筛选。这使得根据化合物结合的可能性对其进行优先排序，从而使科学家能够选择新靶标的最佳候选者。
在数据输出和速度方面，需要解决一些特定的挑战，以实现此类库的超大型对接。例如，对于基于结构的药物设计程序，生成的数据量和时间尺度必须方便和易于管理。
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