新系统命名单细胞微生物了

在一个叫什么名字?对微生物来说,显然很多。

原核生物是单细胞微生物,细菌是一个例子,全世界都很充足。他们在海洋中存在,在土壤,在温泉等极端环境中,甚至在和其它生物包括人类。

简而言之,他们无处不在,全世界的科学家都致力于分类和交流。但这里的摩擦:大多数没有一个名字。

不到0.2%的已知原核生物被正式命名,因为目前的法规——命名的国际代码中描述的原核生物(ICNP)——需要生长在实验室新物种和自由分布式纯和可行的文化集合。本质上,你必须有多个物理标本来证明这一点。

在一个文章发表的9月19日在《微生物学性质,一组科学家提出了一个新系统,SeqCode,相应的登记门户,可以帮助微生物学家有效分类和大量的沟通确认无教养的原核生物。

“我们的目标是团结领域和实验室在微生物学的研究和应对最近的重大进步在环境基因组学提供了一个路径正式名称大多数确定尚未命名的原核生物,”拉斯维加斯大学的微生物学家说布莱恩·荷得拉得、该论文的第一作者和关键合作伙伴SeqCode的发展。“SeqCode应该服务社会促进基因组质量标准高,良好的命名惯例,和一个秩序井然的数据库。”

创建SeqCode

近代表多个学科来自40多个国家的850名科学家参加了一系列同意在线研讨会于2021年开发新SeqCode,它使用培养和不文明的原核生物基因组序列数据作为命名的基础。

自2000年代以来,研究原核生物的科学家在世界各地的环境中使用环境基因组学技术样本和研究它们,和成千上万的基因序列在公共数据库。社区参与研讨会,由荷得拉得和同事Anna-Louise Reysenbach从波特兰州立大学,绝大多数支持的发展替代的ICNP接受DNA序列数据,最终提高资源研究人员。

“有序的关键部分是原核生物的分类学扩张到整个原核的生命之树,”威廉·b·惠特曼说SeqCode通讯作者和乔治亚大学的微生物学家。“这扩张将为研究和更广泛的社区通过提供所有原核生物的共同语言,是系统地组织和支持的数据丰富的基因组数据集和相关元数据”。

要符合纳入SeqCode,基因组必须满足严格的科学标准,确保质量,稳定,和开放的数据共享。虽然还不是普遍接受,SeqCode从根本上建立符合国际原则命名其他生物体,包括植物和动物。

“任何有机体与高质量的基因组序列,从一个纯粹的文化——可以叫SeqCode下,“荷得拉得说。“我们也将自动接受所有名字ICNP下形成的。我希望通过时间SeqCode将更频繁地使用比ICNP。”

创建清晰在混乱

新系统的主要目标之一,作者认为,扭转这一趋势的领域”不受监管的“名称用在文学的必要性。这可能导致错误的可能性增加后续重命名后,科学家很难通过审查和比较数据和有效沟通。相反,作者认为SeqCode“拥抱可寻性、可访问性、互操作性和可重用性原则”。

荷得拉得引用衣原体和相关生物为例。因为这些生物不能生长,存储,或者分布式纯文化,他们目前无法正式命名。

“这可能是非常令人困惑的临床医生没有为新发现的披衣菌有效的名称,“荷得拉得说。“有风险的名字编号不够好,可能会扼杀跟踪疾病暴发和科学家之间的交流,医生,和公众。”

克服争议

尽管其预期目标创建清晰和协同作用与所接受的命名标准,此举并非没有争议。

SeqCode遵循以前的科学家试图修改ICNP允许无教养的原核生物被命名为基于DNA序列,将作为证据(或类型)的生物,而不是现在ICNP规则,需要一种文化为两个永久性收藏。

2020年,沙漠研究所的生物学家艾莉森·穆雷领导的研究小组发表了一篇论文,还在微生物学性质,共同或支持代表22个国家近120名科学家呼吁行动的提议修改ICNP接受DNA序列类型或走了另一条路。然而,拟议中的修改被拒绝到原核生物分类学上的国际委员会,该组织负责管理原核生物的命名。

”很明显,科学家们准备一个范式的全球社区改变我们如何名字原核生物——包括原核的生命的宽度,”穆雷说。“现代基因技术可以解决不文明的生物体的基因组高度的精度需要确保完整性和提供稳定的微生物学领域。命名这些类群交流他们的存在,他们的进化历史和预测其生理功能。”

2020年的挫折导致加倍努力,在科学家和日益增长的干部中,最终,“另类路线”导致SeqCode的形成。

“许多人来分享他们的观点,他们的能量,和他们的技能,使其发生,”荷得拉得说。“响应我们车间从世界各地的科学家是难以置信的,并帮助验证为什么正式做出改变的时候了原核生物是如何命名的。”

张力之间仍然存在一些科学家,他们认为不可能比那些知道不文明的原核生物生长和操纵在实验室作为纯粹的文化。此外,处理和解释DNA序列数据的细微差别可能会导致错误的结论,这一点荷得拉得要求也适用于纯文化的研究。

作者说这个新系统并不打算阻止传统栽培的原核生物,而是由科学界改善整个微生物科学交流。

“我们认为这种“SeqCode v.1.0”作为一个必要的沟通第一步一个统一的命名系统完整的原核生物的多样性,我们将与社区合作的实现这个愿景,”作者写道。

参考:荷得拉得BP Chuvochina M, Hugenholtz P, et al。SeqCode:原核生物序列数据描述的命名代码。Nat Microbiol。2022:1-7。doi:10.1038 / s41564 - 022 - 01214 - 9

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