野生番茄基因组将受益驯化
一个研究小组已经组建了一个参考基因组茄属植物lycopersicoides栽培番茄的野生亲戚,开发了基于web的工具来帮助植物研究和育种者提高作物。
茄属植物lycopersicoides(美国lycopersicoides)港口一个基因的植物抗细菌性斑点病疾病的特定应变。基因可能引入栽培番茄保护他们免受病原体。
发现了博伊斯汤普森研究所研究人员植物的基因组序列和创建在线资源来促进更多基因的发现可以提高番茄。
“甚至没有真正的讨论是否序列茄属植物lycopersicoides,这是显而易见的,”主任苏珊·斯特里克勒说发言计算生物学中心(BCBC)。斯特里克勒共同通讯作者本文描述了美国lycopersicoides基因组,5月18日发表在《工厂》杂志上。
作物的野生亲缘对植物研究和育种者正变得越来越有价值。作物驯化过程中,往往失去了许多基因,但野生亲缘经常保持基因可能是有用的,如基因赋予抵抗干旱和疾病的能力。
在他们的研究中,研究人员展示了新的基因组的价值通过几个候选基因与化合物——酚醛树脂和类胡萝卜素,导致该物种的颜色、味道和营养以及其他与抗病相关的基因。
或许更重要的是,一个更大的项目的目标是使美国lycopersicoides参考基因组作为科学界广泛可访问的和有用的。
”这些数据被添加到国家生物技术信息中心存储库一般要求,这很重要,但并不是每个人都是一个bioinformaticist或有权使用生物信息学资源分析的数据,”阿德里安·鲍威尔说,助理主任BCBC和第一作者在纸上。
“增加访问和易用性探索基因组,我们开发了基于web的工具和组件,研究人员超出了我们项目团队可以使用和添加,”他说。
一个工具是一个美国lycopersicoides基因组浏览器索尔基因组学上可用网络网站,作为社区资源和存储库的番茄和其他物种茄科的家庭。鲍威尔说,浏览器可以帮助早期探索野生番茄种质资源的研究以及更先进的研究。
另一个工具是一个美国lycopersicoides表达图谱,它允许用户分析RNA序列数据和可视化的基因表达,不同的植物组织和在不同条件下。“阿特拉斯是基于代码首先开发种植番茄,但是现在我们有一个版本的野生物种,”鲍威尔说。
这些工具,结合新的参考基因组,将有助于研究人员分析野生番茄和培育的杂交番茄比以前更容易,并且他们还将帮助研究人员正在研究野生物种的缘故,他说。
例如,参考基因组可以促进全基因组关联研究(GWAS)在多个美国lycopersicoides登记入册,评估物种的遗传多样性,确定候选基因的性状育种者可能想引进种植西红柿,如耐旱,鲍威尔说。
参考:鲍威尔房颤,菲德尔,李J,等。茄属植物lycopersicoides参考基因组有助于洞察番茄专门代谢和免疫。植物J。2022,110 (6):1791 - 1810。doi:10.1111 / tpj.15770
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