减少偏见在小RNA序列

过去的十年见证了发生爆炸的兴趣分类的小RNA体验动植物物种,并在理解生物小分子RNA的函数。区分紧密小rna利用hybridization-based方法是困难的,因为不完全匹配的小分子rna可能杂交引物或固定探头。这些因素导致了高通量测序的实现是最实用的方法对大规模小RNA研究旨在识别和枚举小RNA在不同物种和组织。
不幸的是,挥动小RNA分析方法并不是没有自己的挑战。几项研究已经显示完整的数据集,包括那些在miRBase包含严重偏差序列,具体地说,小RNA表达不准确地由sRNA-seq表示。大量的工作已经识别虚假陈述的原因,和现在人们普遍认为,偏见在sRNA-seq图书馆主要是介绍在结扎措施在图书馆准备。具体来说,RNA连接酶显示sequence-specific偏好向流动池适配器,导致优惠一些小型RNA纳入sRNA-seq库,以牺牲别人。仅仅使用两个不同的适配器序列在结扎可以导致30倍微分表达式对于某些小分子核糖核酸。没有一个适配器序列能够有效地绑小rna,表明目标序列,序列,以及适配器是一种偏见。
我们的方法克服结扎偏见sRNA-seq图书馆涉及使用一个适配器池结扎部位随机序列,每个适配器序列存在在巨大的摩尔过剩在任何给定的小RNA样本。实验表明,大多数适配器结扎的偏见是由于2 - 4适配器核苷酸序列相邻目标结。
使用我们的随机适配器策略,小RNA图书馆准备合成小分子RNA和小RNA分离出人类大脑和测序。图书馆利用随机适配器显示出了明显更多的甚至报道由于连接酶减少偏见。我们将展示我们的新为什么流线型的小RNA-seq协议是至关重要的对于那些需要准确评估小RNA大量使用高通量测序。