PHYLIP

PHYLIP(发展史推理包)的一揽子项目推断的发展史(进化树)。在互联网上免费,书面工作尽可能多的不同类型的计算机系统。源代码(C)分布和可执行文件也分布。特别是,已编译的可执行文件可用于Windows (95/98 / NT / 2000 /我/ xp), MacOS X, MacOS 8和9,和Linux系统。完整的文档可以在文档文件的包。包中可用的方法包括吝啬,距离矩阵,树木和可能性的方法,包括引导和共识。可以处理的数据类型包括分子序列,基因频率,限制网站和片段,距离矩阵,和离散字符。通过菜单的程序控制,这要求用户选择他们想要集,并允许他们开始计算。数据从一个文本文件读入程序,用户可以准备使用任何文字处理机或文本编辑器(但重要的是,这个文本文件不在的特殊格式,文字处理机,它应该在“平ASCII”或“文本”格式)。一些序列分析项目如ClustalW校准程序可以在PHYLIP格式写入数据文件。 Most of the programs look for the data in a file called "infile" -- if they do not find this file they then ask the user to type in the file name of the data file. PHYLIP is the most widely-distributed phylogeny package, and competes with PAUP* to be the one responsible for the largest number of published trees. PHYLIP has been in distribution since 1980, and has over 15,000 registered users.