胺基

ProtScale允许计算和表示(以二维图的形式)所选蛋白质上的任何氨基酸刻度所产生的剖面。氨基酸量表是由分配给每种氨基酸的数值来定义的。最常用的尺度是疏水性尺度，其中大部分来源于极性和极性溶剂中多肽分配的实验研究，目的是预测高度疏水性的跨膜段，以及二级结构构象参数尺度。此外，根据氨基酸的不同化学和物理性质，还存在许多其他的鳞片。ProtScale可以与从文献中输入的50个预定义量表一起使用。这20种氨基酸的刻度值，以及文献参考，在ExPASy上为每个刻度提供。为了生成一个图的数据，用给定大小的滑动窗口扫描蛋白质序列。在每个位置，计算窗口内氨基酸的平均刻度值，并将该值绘制为窗口的中点。