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扫描位点搜索可能被特定蛋白激酶磷酸化或与结构域(如SH2结构域，14-3-3结构域或PDZ结构域)结合的蛋白质中的基序。特定蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶或蛋白质- tyr激酶的最佳磷酸化位点是使用相对于磷酸化位点的每个位置的氨基酸选择性值的矩阵来预测的，这些选择性值由Songyang等人描述的定向肽库技术确定，1994,Current Biology 4,973 -982和Songyang等人，1995,Nature 373, 536-539。在一种方法中使用相同的选择性值矩阵来提供所评估的蛋白质序列中候选基序的相对分数。Motifscanner程序利用熵方法，利用选择性值评估一个位点与motif匹配的概率，并将候选序列中每个氨基酸的概率值的日志相加。