聪明的
SMART(一种简单的模块化体系结构研究工具)允许识别和注释遗传移动域,并分析域体系结构。在信号、细胞外蛋白和染色质相关蛋白中发现了500多个结构域家族。这些结构域在类群分布、功能类、三级结构和功能重要残基方面有广泛的注释。在非冗余蛋白质数据库中发现的每个域以及搜索参数和分类信息存储在关系数据库系统中。该数据库的用户界面允许在已定义的分类群中搜索包含特定结构域组合的蛋白质。详情请参阅有关SMART的刊物。2004年1月发布的SMART包含685个蛋白质结构域。SMART的新进展集中在完整的后生动物基因组数据的整合上。SMART现在在其源序列数据库中使用来自完整基因组的预测蛋白质,并将其与orthology的预测整合在一起。新的可视化工具已经开发出来,可以在蛋白质结构域的背景下分析基因内含子-外显子结构,并对这些显示进行对齐,以提供同源基因或同一基因的多个转录本的示意图比较。 Other improvements include the ability to query SMART by Gene Ontology terms, improved structure database searching and batch retrieval of multiple entries.
广告