单核水平的DNA分析
Mission Bio公司的Tapestri单细胞测序平台使杜克大学的一组研究人员揭示了快速增长的脑海绵样畸形(CCMs)的分子机制。该团队的研究结果发表在该杂志上自然．该研究首次记录了如何利用该平台分析固体组织。
我们采访了张燕博士他是Mission Bio的首席执行官，可以利用Tapestri平台了解更多关于单核DNA分析的知识。
Laura Lansdowne (LL):在固体组织中分析单核水平的DNA有什么好处?
张燕(YZ):本研究利用存档的人体CCMs固体闪冻组织。细胞在冷冻前没有分离成单细胞悬浮液，因此在解冻冷冻组织后很难分离出存活的单细胞。因此，研究人员选择将细胞核从细胞中分离出来，这样就可以分析每个细胞核中的DNA突变。这种方法是合适的，因为研究人员只对评估共突变模式感兴趣(在DNA水平上)，不需要完整的细胞。
凯特·罗宾逊(KR): Tapestri平台如何实现单核水平的DNA分析?
YZ:标准的单细胞测序策略需要由数千个完整的存活细胞组成的细胞悬液。然而，这一需求将大量有临床价值和广泛可获得的样本类型排除在考虑之外，因为它们通常不满足输入材料的要求(例如，作为冷冻组织切片保存的样本)。因此，有效地将单个细胞核与具有挑战性的样本类型(如冷冻组织切片)隔离的方案和在核到核水平上对其进行分析的方法是必不可少的。Mission Bio开发了一种从冷冻组织或细胞中分离细胞核的核提取方案。绦虫也可能适用于其他研究实验室开发的单核提取协议，就像Ren等人的情况一样。自然研究。
基米-雷克南:你能详细介绍一下你的两步微流体工作流程吗?
YZ:塔普斯特里拥有专利权两步微流体工作流程来分析单个细胞中的DNA。在第一步，单细胞被包裹在油滴中，并被裂解以释放基因组DNA。然后在第二步，每个细胞的DNA靶标被放大，并用细胞特异性条形码标记。然后通过NGS对文库进行测序，并使用Tapestri软件重建细胞特异性突变谱。该过程最大限度地提高了DNA捕获效率，最小化了等位基因缺失，从而可以可视化突变和罕见亚克隆。类似的工作流程用于多组学分析，其中基因型和免疫表型都是从单个细胞中测量的。
基米-雷克南:你认为这个平台未来的研究方向是什么?
YZ:Tapestri平台目前被用于转化研究，在单细胞水平上研究癌症的克隆进化和异质性。该平台还被制药行业用于更好地识别微小/可测量的残留疾病，并评估对抗癌药物的耐药性机制。在未来几年，我们设想诊所利用Tapestri来评估患者样本，以制定个性化的治疗策略。
如所示自然在这项研究中，Tapestri也被用于研究其他非癌症克隆性疾病的突变谱，如CCMs。
使用Tapestri平台的另一个途径是细胞和基因疗法的表征。凭借单细胞多模态分析的强大功能，Tapestri可以通过开发管道加速这些疗法，并更快地将它们带给患者。
lh:你最近用的是什么平台自然脑海绵畸形(CCMs)的研究?
YZ:在Tapestri平台上进行单核测序，以评估与CCMs相关的突变是在同一细胞内共同发生还是在单独的细胞中发生。他们得出的结论是，一些细胞包含所有这三种突变(CCM基因等位基因中的功能丧失突变和PIK3CA中的功能获得突变)。这种单核分析有助于了解CCMs的发病机制。由于突变同时发生在同一个细胞中，研究人员怀疑它们是协同作用导致CCM畸形的- - - - - -也就是说，这三种突变都需要出现在相同的内皮细胞中，才能使疾病进展。
张燕接受了《科技网络》执行主编劳拉·伊丽莎白·兰斯顿和编辑助理凯特·罗宾逊的采访。188金宝搏备用
