启用深度测序

集成DNA技术公司(IDT)最近扩展了其NGS面板的投资组合xGen®遗传疾病小组和xGen泛癌症小组．这些新产品加入了去年年底推出的xGen AML小组。

为了了解更多关于IDT产品线的最新产品，我们采访了IDT的NGS产品经理Ibrahim Jivanjee。

AB:你能告诉我更多关于xGen遗传疾病小组和xGen泛癌症小组的情况吗?

Ibrahim Jivanjee (IJ): xGen®遗传性疾病和泛癌症小组是生物素修饰的低聚物池，用于靶向下一代测序。这些寡核苷酸被称为xGen锁定探针，通常有120个核苷酸长，它们被设计成与组成研究人员感兴趣的基因的DNA片段结合。遗传性疾病小组包括超过100,000个xGen锁定探针，靶向与遗传性疾病相关的4503个基因和180个snp。泛癌症小组的目标是涉及12种肿瘤类型的127个基因。这些面板能够在测序过程中进行更深入的覆盖，为临床应用提供更高的敏感性。

AB:它们如何补充当前的IDT产品线?

IJ:这两个新面板解决了一些独特的问题。在CLIA实验室，外显子组测序用于获得引起突变的疾病的广泛快照。然而，这种方法的缺点是外显子组中的大部分基因与疾病的诊断或治疗无关，这导致了数据的浪费(成本增加，但效率降低)。遗传病小组平衡外显子组测序的好处与定制面板测序的成本效益。泛癌症小组的目的略有不同。在IDT，每个探针都是单独合成的，并为QC进行评估，这使得研究人员可以很容易地向现有的面板添加更多探针。我们认为目前的泛癌症小组是开发一个全面的肿瘤特异性小组的起点，因为研究人员可以通过添加探针到与所研究的特定癌症相关的靶基因来定制它。

AB: xGen遗传疾病小组是与Emory Genetics合作设计的，这种合作关系是如何推动发展的?

IJ: IDT的科学家们为这个小组设计了探测器和协议。然而，我们依靠埃默里遗传学实验室在临床测序方面的专业知识为我们提供了一份精心策划的基因列表。埃默里遗传学公司的科学家还为IDT提供了功能性能方面的反馈。

AB. xGen泛癌症小组的发展是基于癌症基因组图谱(TCGA)网络的发现，TCGA在这一发展中发挥了什么作用?

IJ:这些基因是从TCGA的出版物中鉴定出来的。我们还与TCGA网络的主要成员合作，以验证我们的小组。例如，我们针对急性髓系白血病的第一个基于TCGA的小组已被华盛顿大学基因组研究所广泛使用，该研究所是TCGA网络的成员。

AB: IDT于2013年10月推出了第一个NGS小组，即xGen AML小组。这是如何被接受的，这是作为一个驱动器增加更多的产品范围吗?

IJ:我们从工业界和学术界的研究人员那里得到了很好的反馈。我们很高兴华盛顿大学采用了AML鉴定和监测患者疾病进展的小组。2014年2月，华盛顿大学的科学家们在第15届年度AGBT(基因组生物学和技术进展)会议上发布了这一数据。

Ibrahim Jivanjee接受了技术网络执行编辑Ashley Board的采访。188金宝搏备用你可以找到阿什利谷歌+并关注科技网络188金宝搏备用推特．