全球质谱联合打击COVID-19

全球联盟涉及超过500个科学家,被称为COVID-19女士联盟在本周早些时候宣布《柳叶刀》。该联盟旨在分享数据COVID-19来自质谱实验,尤其是关注分子改变患者的血液,新生物标志物的发现和推断病毒的分子特征的蛋白质和其他抗原。

女士COVID-19联盟是协调的曼彻斯特大学,由许多世界领先的质谱分析专家。188金宝搏备用采访了Perdita Barran曼彻斯特大学的质谱教授获得的见解在创建联盟背后的基本原理,研究人员是如何合作,如何将被共享和使用的数据。

莫莉·坎贝尔(MC):你能扩展创建COVID-19质谱联合的理由吗?你的关键目标/目标是什么?

Perdita Barran (PB):我们的基本原理是基于测量的科学家需要测量!集体我们花时间讨论什么是我们可以做的最好的事情,咨询临床医生和病毒学家我们决定,有两个大质谱可以帮助的地方:即寻找预后标记从体液(血清、唾液和油脂)和映射的结构、动态和交互的病毒抗原。

我们决定在早期,它将是至关重要的使用相同的样本尽可能收集和处理方法,有国家接触帮助协调和目录输出在一个地方。

凯伦管家(KS):你希望将这个联盟的主要输出?

铅:我希望我们将提供大型multiomics研究的可比数据集显示疾病的恶化,预后标记分析可用于医院帮助医生决定如何对待个人。

我们也认为这些“组学”的数据集将发现传染性的机制,特别是给洞察为什么一些人更容易对SARS-CoV-2严重的反应。我们想找出为什么一些基础疾病,例如糖尿病,使人们更有可能需要住院。我们也想知道为什么男性和黑人,亚洲人,和少数民族人口更容易出现。

所有这些输出将有助于治疗也与公共卫生措施,保护人们免受感染。

对病毒抗原的工作,我们想了解飙升的动力蛋白激活受体结合。我们还想看看其他部分病毒的机器。使用氢氘交换-质谱(HDX-MS)我们将地图保护糖衣的角色在病毒蛋白质。最初的工作将集中在形式的重组病毒和后来实际病毒灭活的形式。

主持人:为我们的读者可能不熟悉的技术,请您能否简要的解释一下如何利用质谱研究和打击COVID-19 ?

铅:质谱方法可以识别和量化蛋白质,脂类和从生物体液代谢物。通过测量这些分子在血液样本和病人之间的数量相比,在每个患者随着病情的发展,我们将能够确定什么生化过程发生。通过查看这些更改和添加元数据和临床数据的个人,我们将确定健壮的生物标志物。

结构的质谱方法允许我们研究蛋白质的构象变化和蛋白质复合物。

主持人:该财团包括成员来自世界各地。你一起工作和交流如何实现联合的目的吗?

铅:许多国家已经任命国家冠军企业协调国家活动。我们使用电子邮件和社交媒体更新成员,当然在英国,我们有固定的视频会议。我们正在更新数据目录在我们的网站上,人们给我们数据输出和我们正在与欧盟数据门户。

KS:你认为最好可以生成的数据共享可用的,安全的方式吗?

铅:我们鼓励人们使用社区数据存储库,例如骄傲蛋白质组学,MetaboLights代谢组学。元数据当然会是匿名的。在英国,我们收集元数据从病人和样本根据ISARIC协议(这是世界卫生组织推荐的),我们建议大家尽可能做到这一点。我们还要求成员告诉我们加入数字和数据集的简要总结。

主持人:存在哪些挑战时利用质谱研究SARS-CoV-2吗?

铅:样品将被收集在不同的情况下,以不同的方式存储和处理,所以元数据的质量可能会有所不同。随着疾病变得流行,它会更容易与临床工作,要结合临床组学数据,试图统一在英国——实际上这就是我们正在做的事情。我们的目标是要从发现到有针对性的质谱方法一旦我们有足够的样本和数据。我们的方法,选择复制研究步伐,旨在实现这一目标。我们也与国家合作与质谱测量实验室LGC和制造商。

KS: SARS-CoV-2大流行已经过去后,你认为可能有一个角色的财团在解决其他全球性疾病问题?

铅:我认为我们都将更多的驱动进行研究,可以防止或减少伤害COVID-19和未来的疾病。我非常担心它将如何影响人们在发展中国家。我们也需要协作的公共卫生问题。有许多严重的疾病存在,我们应该努力工作,采用更协作的方法而不是竞争,例如结核病和疟疾。

教授Perdita Barran质谱曼彻斯特大学的凯伦管家和莫莉坎贝尔博士说,科学作家、技术网络。188金宝搏备用