灵敏度高蛋白质组学:Immunopeptidomics

全面了解immunopeptides呈现给免疫系统是至关重要的设计新颖的创新疗法对癌症和其他疾病。

正在启用的隔离和表征immunopeptides质谱(MS)的蛋白质组学的发展。188金宝搏备用最近采访了加里Kruppa博士,副总裁蛋白质组学,力量Daltonics Inc .,学习更多关于力量的组合推进女士在这一领域的研究,并讨论单个细胞蛋白质组学的现状。

莫莉·坎贝尔(MC):最新进展已经在高灵敏度的应用蛋白质组学吗?质谱继续推进这样的应用程序如何?

加里Kruppa(门将):取得的进步提高质谱(MS)的敏感性在过去两到三年真的是惊人的,,我们甚至可以谈论工作对蛋白质组学在单细胞水平。我们可以看到(已经)在750年到1000年的顺序蛋白质,甚至挖那深入到蛋白质组。我想单细胞蛋白质组学最终将会到达,我们将能够识别甚至从一个细胞大量的蛋白质。

同时,即使分析组织活检哪里有,说,几微克的组织或更少,我们可以看到大量的蛋白质,可用于描述癌组织。这是我们非常兴奋,结合空间解决蛋白质组学,我们希望能够空间的分布在癌症细胞/组织蛋白质和小分子。

有很多其他的地方你不能访问示例。例如,当看着肽,提出了人体的免疫系统。

immunopeptides的数量,你可以得到一个合理的样本一个人是非常,非常小的;你必须做很多小心样品检查和浓缩。即便如此,你得到很少量的immunopeptides。描述这些多肽是蛋白质组研究灵敏度高的另一个重要应用。

使工作进展,仅仅几年前,是不可能的;或至少可能在灵敏度,然后允许immunopeptidome的表征。

主持人:为我们的读者可能不熟悉,请您能提供一些背景immunopeptidomics是什么吗?

GK:Immunopeptides蛋白质减少从自己的蛋白质和表面呈现给免疫系统特定的分子和受体分子。你的免疫系统看的肽,试图确保没有什么不寻常的。

Neoantigens从氨基酸肽,说癌细胞的蛋白质突变在癌症细胞或onco病毒,这是一种对你的身体意识到有外国分子在你的身体。当这些提出了免疫系统,它告诉你的身体它需要做点什么。

研究这些分子是很重要的,因为我们可以从中学到很多关于癌细胞的neoantigens类型。在制药药物开发是非常重要的生物制药产品(蛋白质本身)不会引起免疫反应。我们可以发现他们是否会产生免疫原性反应如果我们能发现任何immunopeptides从他们的免疫系统。这需要很高的敏感性设备,因为他们是在非常少量的生产在人类细胞培养;他们努力工作。

主持人:在此之前,你说一个“CCS所使用的签名可以方便地添加一个immunopeptidomics”的智力水平。你能扩大,首先通过讨论如何获得CCS签名吗?

GK:的timsTOF职业有被困的离子迁移谱仪,离子迁移谱法是一种测量碰撞截面签名。离子在离子迁移谱仪,你陷阱的流流动的气体,气体推离子,加上电场反对它,允许离子被困在一个位置取决于它有多大,它的电荷。我们可以扫描,测量他们的离子迁移率和计算CCS。根据离子分离流动的过程允许您关注离子immunopeptides会正确的大小。有两类immunopeptides,一些长8 - 9个氨基酸,氨基酸和一些12到14长;他们是一班和二班immunopeptides。他们有非常具体的CCS范围,因此您可以使用智能数据采集在关注这些肽的离子迁移率范围。另一个令人兴奋的事情,我们是能够工作预测这些肽的CCS;我们希望能够看看肽的序列预测的质谱数据,告诉如何可能是正确的通过观察其CCS。仍然是一个进展中的工作,但这是我们非常兴奋。

主持人:你能谈谈任何有趣的工作任务在这个空间力量的客户?

GK:有一群在药物开发领域的工作,特别是制药免疫原性。有生物制剂通常是大型蛋白质和抗体类型药物的发展,重要的是要确保免疫系统不反抗,引发过敏反应。当然,你没有免疫原性过敏。

制药公司开发了工作流,而不是等待什么药物生理研究在人类临床试验,他们想看看细胞培养。从人类细胞培养,他们可以应用药物和工作immunopeptides。

当你鼓起immunopeptides从细胞培养,你想只看到原生肽。但是如果你看到药物的肽序列,然后你知道药品有可能引起免疫反应。发现在早期阶段节省了很多钱,但它需要很高的灵敏度。

主持人:最大的挑战仍然是什么在单细胞蛋白质组学和高灵敏度蛋白质组学吗?

GK:你可以使用更多的敏感性。直到我们得到,我们可以检测到单个分子,更高的灵敏度是至关重要的。当然,在癌症neoantigen研究中,我们真的需要高灵敏度。能够探测到700 - 1000蛋白从单个细胞是不错,但我们预计10000年订单的蛋白质存在于单个细胞,所以我们仍然远离描述完整的蛋白质组从单个细胞。

样品制备单细胞蛋白组学和也很重要在处理少量的细胞从组织活检。当你使用少量的材料你不能进行大量样品的准备步骤,在一个正常的蛋白质组学工作流需要隔离的蛋白质变性,然后减少消化之前做清理,因为所有的其他步骤涉及过程不兼容,所以,样品准备的这些方法是一个巨大的挑战:如何处理这些样品的方式将允许您运行它以最小的样品处理,最好是最小的清理吗?这些领域的进步正在非常令人兴奋的。

蛋白质组学的博士,副总裁Gary Kruppa力量Daltonics Inc .说,莫莉坎贝尔,科普作家、技术网络。188金宝搏备用