但是如何支持SARS-CoV-2研究

尽管接种疫苗的个体的数量持续增加,测试仍然扮演一个重要的角色在全球应对COVID-19大流行。pcr检测迄今为止的黄金标准,但互补的方法可以帮助解决与技术相关的一些局限性和进一步研究SARS-CoV-2援助。

作为努力的一部分,支持在这一领域的研究,水域最近推出了一个新的液体色谱-光谱法(质)测试方法。*188金宝搏备用说话凯文·温德姆研发高级主管水域,了解更多的方法,它的发展如何与PCR。

在这次采访中,凯文也解释了继续需要测试和突显出这个新方法可以用来研究期间和支持超出了COVID-19大流行。

*Waters的SARS CoV-2质设备仅供研究使用(RUO)——不是用于诊断使用。

本文包含有待同行评审的研究成果。因此被视为初步结果,应该解释为这样的。了解同行评审过程的作用研究在这里。为进一步的信息,请联系引用源。

安娜·麦克唐纳(AM):你能解释质方法和它是如何产生?你在这方面有合作伙伴吗?

凯文·温德汉姆(千瓦):在大流行早期,水域作出了重要决定,关注和支持人员合作工作前线COVID对疫苗的发展,治疗方法和测试。我们称之为COVID创新反应小组(红外热成像),已成功创建了全球网络的科学家一起工作。

最早从这个项目合作有两个团队由超过7000英里和9个时区。Maarten Dhaenens博士的团队开始早期根特大学蛋白质组学测试方法使用质探索SARS-CoV-2病毒的肽链型标记。与此同时,我们已经开始支持在SISCAPA利安德森博士的团队工作分析技术在肽富集COVID工作流。

得到这两个组一起工作是无缝的,有一个较高的共性的工作流。根特团队用消化酶分解中包含的病毒蛋白质积极为一系列肽鼻拭子样本。然后他们使用质分离的特定肽肽和量化特征SARS-CoV-2病毒。SISCAPA工作流有类似的过程开始,但最后他们引入了浓缩的工作流步骤使用单克隆抗体连接到特定的肽磁珠。使用选择性的肽抗体利益允许更高的测试灵敏度和特异性非常高。

夏季的几个月,合作大大扩展当英国政府和国家卫生服务创建了一个正式的项目探索质谱的效用COVID测试。加速程序,名为操作月球探测器,召集了几个主要的科学团队在英国。结果,我们很快就发现自己与团体来自曼彻斯特大学的莱斯特大学,伦敦大学,南安普顿大学,伦敦帝国理工学院、伦敦国王学院,利兹大学,Viapath-St托马斯医院,在瑞典卡罗林斯卡医院。

问:这种方法不同于pcr方法,如何诊断检测的传统方法的日期吗?

千瓦:pcr COVID测试一直是黄金标准和既敏感又具体。LC-MS-based方法,仍有待批准临床使用,最好被认为是互补的PCR技术。质技术本身有几个独特的不同的方式可以用来评估SARS-CoV-2的存在。

如何放大病毒rna PCR本质上。在这个过程中,我们可以跟踪的RNA和浓度不断增加浓度重复放大的循环次数。这允许它是高度敏感和有很高的检测阈值。然而,米娜博士所指出的哈佛大学公共卫生学院的高阈值测试可以发现不仅活病毒基因片段,剩菜不构成特定的感染风险——类似于找到一个头发在一个房间里很久以后一个人了。”

与一个RNA-based测试,质测试分析多肽,源于没有复制病毒蛋白质。因此,但是有的方法可能实现病毒载量的直接和定量分析。这是一个重要的研究工具的病毒载量可以与疾病的严重程度相关。质技术是RUO试剂,需要更多的研究和开发步骤确认技术潜力。

问:随着全球疫苗被大力推广,什么角色你看到这样的测试技术玩吗?

千瓦:发展的速度和全球影响,使我们能够解决这一大流行性疫苗确实是惊人的。虽然我们在打击COVID正在取得巨大的进步,将会有许多持久的未来几年的研究领域。今天,我们看到一个新的问题出现在疫苗的有效性与新的变异,我们是否需要定期加强注射。

为了解决这些问题,我们需要一系列的分析工具- pcr试验,antigen-tests,门店,抗体和血清学测试工具都是非常重要的。的质这个工具箱赞美这些方法和添加一些高度敏感的和具体的新工具。质可以直接评估病毒载量,而不是通过二次推断病毒载量的方法,并将发挥重要作用随着团队探索纵向的病人的研究。我们期待不久的将来,但是允许multi-analyte测试,使研究人员探索多个问题。随着科学的进步,我们预计质能够找出存在的多种传染病和健康监督病人的生物标记,都在相同的测试。

问:有什么好处对PCR使用这种方法吗?

千瓦:使用质研究SARS-CoV-2赞美PCR检测和有一些独特的优势。PCR检测探讨病毒rna的存在,而我们质方法质问病毒蛋白的存在。这可能是使用这两种方法是敏感技术共同研究纵向感染对患者健康的影响,评估疾病的严重程度,并确定感染后状态。

获得的结果有差异从质和PCR。最重要的领域之一,是潜在的假阳性。假阳性COVID测试结果得出结论:测试的人生病时,或感染,而实际并非如此。PCR的假阳性被指出是高达4%在常规分析设置。

有很多原因可以升高的假阳性,PCR测试等实验室检测错误,交叉污染的样本和试剂纯度。然而,如前所述,PCR实验放大两个活跃的和不活跃的病毒rna(片段)。这意味着它可以导致积极的结果甚至对患者感染后。抗原检测敏感SARS-CoV-2通常低于实时逆转录聚合酶链反应(rt - pcr)和其他核酸扩增测试(NAATs)检测病毒核酸的存在。然而,NAATs可以保持积极的数周,数月后最初的感染,可以检测病毒核酸水平即使不能培养病毒,这表明病毒核酸的存在并不总是说明传染性。

假阳性结果与PCR的关注增加,当传染率下降。假阳性的比率是相当恒定的,这个错误变得更加明显较低的积极性,使一个测试很难区分真与假阳性。这就会对经济和社会产生重大影响,包括损失的生产力由于不必要的检疫和卫生保健的成本趋于健康的病人。

水SARS-CoV-2质工作流本身增加了特异性和减少假阳性。一个最近的研究(临床研究参考:医嘱- 2020 - 06395)88年在瑞典卡罗林斯卡医院患者样本显示,83.3%敏感性(例如,8假阴性)和100%的特异性(0假阳性)。LC-MS-based方法有几个因素让我们实现高度敏感和具体成果,包括高特异性抗体捕获三个不同的部分肽标记,稳定同位素标准,自动化,以及分离女士在LC和维度。

当比较PCR和质测试方法,还有财务方面的考虑。高灵敏度PCR和质系统的投资。虽然PCR更为普遍采用在常规测试临床实验室、质是一种更通用的分析工具在临床和生物医学研究实验室。投资研究的质仪COVID可以适应其他研究领域如生物标志物研究和其他传染病。质谱分析的另一个优点是,你可以同时研究多个分析物在一个测试。

每个测试的费用也不同。PCR检测盒需要纯度高,昂贵的试剂。相比之下,这个质工作流程中使用的试剂纯度高,但一般成本较低,允许每个分析降低成本。质工作流的高灵敏度可能允许探索更多的时间和节约成本的方法(如样品池。

问:你能详细说明公司最近发布了SARS-CoV-2质包了吗?谁可以使用它和什么类型的研究旨在支持吗?

千瓦:Waters SARS-CoV-2质工具包是一个研究只使用工作流设计的临床和生物医学研究实验室正在探索COVID-19影响病人医疗保健、传染病研究,以及探索使用质谱监测测试。

尽可能多的研究实验室质方面的专业知识,熟悉这种类型的蛋白质消化工作流程,有很多兴趣探索它的奥秘。对于组织不太熟悉这个流程,我们有一个自动化的解决方案使用我们的安德鲁+实验室机器人系统。

问:你看到质方法使用超出了COVID-19流行病?

千瓦:是的,有很多机会。SARS-CoV-2可能是我们探索的方法适应不同的病毒蛋白和生物标志物的分析研究。我们刚刚开始这段旅程在传染病的临床科学使用质。我们了解我们的客户想要探索新方法和研究这一技术。

这种高水平的兴趣并不奇怪,但是几乎是无处不在的,研究人员看到的价值进一步探索该技术在临床科学。许多组织已经使用MS生物标志物研究。添加SARS-CoV-2测试允许新工具探索影响患者的健康。但是有的的另一个优点是multi-analyte测试。在我们当前的测试分析SARS-CoV-2,我们看到兴趣扩大创建更全面的测试。

一个重要的研究领域Long-COVID。探讨这个问题,我们想扩大工作流来检查其他相关生物标志物。一个最近的研究检查医疗记录COVID几乎在美国的200万名患者。20%以上有经验post-COVID健康问题——包括“疼痛、呼吸困难、高脂血症、不适和疲劳,和高血压。”

今天我们关注COVID-19——在我们的有生之年最深刻的全球大流行。当我们前进,我们的目标是进一步探索的力量质在传染病,临床科学、和大流行防范和监督。

凯文·温德姆安娜·麦克唐纳说,科学技术网络作家。188金宝搏备用