提高NGS研究的生产力

BioDatomics在波士顿举行的2013年美国人类遗传学学会(ASHG)会议上介绍了该公司的第一款商业产品。BioDT™下一代测序数据分析软件和服务的开源套件是否旨在通过提供更高的性能和直观的界面来解决当前数据分析产品的缺陷

我们与BioDatomics的联合创始人兼首席营销官Alan Taffel进行了交谈，以了解更多关于NGS中的数据分析以及BioDT如何实现更快的分析。

AB: NGS的数据分析有多大的瓶颈?
Alan Taffel (AT):数据分析是NGS的瓶颈。现代测序仪在基因组取样和以FastQ或BAM文件的形式传递相关数据方面非常有效。分析这些数据需要时间，原因有三:1)研究人员或生物信息学家必须编写一个“工作流程”，对数据进行所需的分析;2)必须执行工作流，这可能需要几天或几周的时间;3)表格结果必须进一步分析，以获得实际的见解。

AB:用户在分析大数据时会遇到哪些问题?
AT:相当多。创建工作流程并分析其执行结果需要专业技能，这意味着生物信息学家必须参与其中，而他们可能是稀缺资源。此外，如果研究人员能够实时协作，他们可以更有效率，但目前的分析平台，除了BioDT，还不具备这样的能力。最后，由于大多数分析平台是闭源的，研究人员被限制在有限的一组专有工作流中。

AB: BioDT如何实现更快的分析?
AT:除了允许研究人员和生物信息学家通过一个简单的拖放界面创建和修改工作流，然后将结果可视化，而不是以高深的表格形式呈现，BioDT执行工作流的速度比其他平台快100倍。这是通过专门的执行引擎实现的，该引擎将工作流分解为并行任务，而不是一个长序列任务，并结合Hadoop的大数据分析功能。

AB:更快的数据分析能带来什么?
AT:目前在其他平台上需要数天或数周的工作流程在BioDT上只需数小时即可执行。

AB:到目前为止，BioDT在市场上的反响如何?在ASHG的反响如何?
AT:大多数参观ASHG生物数据组学展台的人最初都怀疑BioDT是否代表了研究生产力的真正进步。可以肯定地说，没有人不相信。这种印象是在市场上产生的。美国政府(特别是NIH)的IT服务提供商Digicon在市场上进行了生物信息学分析平台的调查，经过严格的评估，选择了BioDT。同样，著名的j·克雷格·文特尔研究所(J. Craig Venter Institute)非常熟悉所有的生物信息学平台，已经公开表示对BioDT的称赞。

Alan Taffel接受了技术网络的执行编辑Ashley Board的采访。188金宝搏备用你可以找到阿什利谷歌+并关注科技网络188金宝搏备用推特．