单细胞蛋白质组学

用于10-100个哺乳动物细胞深度定量蛋白质组分析的纳米液滴处理平台(Orbitrap Fusion Lumos)
朱颖，Paul D. Piehowski，赵睿，陈静，沈玉峰，Ronald J. Moore, Anil K. Shukla, Vladislav A. Petyuk, Martha Campbell-Thompson, Clayton E. Mathews, Richard D. Smith，钱伟军和Ryan T. Kelly
自然通讯第9卷，文章编号:882 (2018)
https://www.nature.com/articles/s41467-018-03367-w

纳米液滴样品制备平台(Orbitrap Fusion Lumos)中多重等压标记实现高通量单细胞蛋白质组学
杜茂伟，蔡佳峰，许克瑞，William B. Chrisler, Ryan L. Sontag，赵睿，Ronald J. Moore，刘涛，Ljiljana Pasa-Tolic, Richard D. Smith，石图金，Joshua N. Adkins，钱伟军，Ryan T. Kelly, Charles Ansong*，朱颖
分析的化学学报，2019,91,20,13119-13127
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.9b03349

纳米升油气液滴芯片单细胞蛋白质组学分析(Orbitrap Elite)
李子毅，黄敏，王秀坤，朱颖，李劲松，王志林，方群
分析的化学学报，2018,90,8,5430-5438
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.8b00661

用于高通量单细胞蛋白质组学的纳米液滴样品制备与液相色谱-质谱自动耦合(Orbitrap Fusion Lumos)
Sarah M. Williams, Andrey V. Liyu，蔡佳峰，Ronald J. Moore, Daniel J. Orton, William B. Chrisler, Matthew J. Gaffrey, Liu Tao, Richard D. Smith, Ryan T. Kelly, Ljiljana Pasa-Tolic和Zhu Ying
分析的化学，2020,92,15,10588-10596
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.0c01551

通过微流控纳米液滴样品制备和超灵敏纳米olc - ms (Orbitrap Fusion Lumos)实现单个哺乳动物细胞的蛋白质组学分析
朱颖博士、Geremy Clair博士、William B. Chrisler博士、沈玉峰博士、赵睿、Anil K. Shukla博士、Ronald J. Moore博士、Ravi S. Misra博士、Gloria S. Pryhuber博士、Richard D. Smith博士、Charles Ansong博士、Ryan T. Kelly博士
Angew Chem国际教育英语。2018年9月17日;57(38):12370-12374
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/anie.201802843

表面活性剂辅助一锅样品制备无标签单细胞蛋白质组学(Q Exactive Plus)
蔡佳峰，张鹏飞，David Scholten, Kendall Martin，王一婷，赵睿，William B. Chrisler, Dhwani B. Patel，窦毛伟，贾玉芝，Carolina Reduzzi，刘霞，Ronald J. Moore, Kristin E. burnumm - johnson，林苗霞，徐传志，Jon M. Jacobs, Jacob Kagan, Sudhir Srivastava, Karin D. Rodland, H. Steven Wiley，钱伟军，Richard D. Smith，朱颖，Massimo Cristofanilli，刘涛，刘慧萍和石图金
通讯生物学第4卷，文章编号:265 (2021)
https://www.nature.com/articles/s42003-021-01797-9

数字微流体分离单细胞组学(Q Exactive HF-X)
Julian Lamanna, Erica Y. Scott, Harrison S. Edwards, M. Dean Chamberlain, Michael D. M. Dryden, Jiaxi Peng, Barbara Mair, Adam Lee, Calvin Chan, Alexandros A. Sklavounos, Austin Heffernan, Farhana Abbas, Charis Lam, Maxwell E. Olson, Jason Moffat和Aaron R. Wheeler自然通讯第11卷，文章编号:5632 (2020)
https://www.nature.com/articles/s41467-020-19394-5

低输入蛋白质组分析的全自动样品处理和分析工作流 (Orbitrap Exploris 480)
梁怡然，海登·阿科尔，米凯拉·麦考， 安迪康 J。Nwosu, Hannah Boekweg, Nathaniel B. Axtell, Thy Truong, conyongzheng, Samuel H. Payne和Ryan T. Kelly 
分析的化学2020,XXXX, XXX, XXX-XXX 
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.0c04240

使用嵌套纳米阱芯片(Orbitrap Eclipse, Q Exactive Plus)进行单细胞蛋白质组学的高通量和高效样品制备
吴宗敏，莎拉·m·威廉姆斯，莱伊·孟·马基利，冯松，蔡佳峰，维克多·阿奎莱拉-巴斯克斯，瑞恩·l·桑塔格，罗纳德·j·摩尔，胡德宏，哈迪普·s·梅塔，约书亚·坎特隆-布鲁斯，刘涛，约书亚·n·阿德金斯，理查德·d·史密斯，杰里米·c·克莱尔，Ljiljana Pasa-Tolic和朱颖
自然通讯第12卷，文章编号:6246 (2021)
https://www.nature.com/articles/s41467-021-26514-2

集成微流控芯片和数据独立采集质谱(DIA，单细胞蛋白质组学，Orbitrap Eclipse)的流线型单细胞蛋白质组学
Sofani Tafesse Gebreyesus, Asad Ali Siyal, Reta Birhanu Kitata, Eric shengwen Chen, Bayarmaa Enkhbayar, Takashi Angata, Kuo-I Lin, Yu-Ju Chen & Hsiung-Lin屠
Nature Communications第13卷，文章编号:37 (2022)
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27778-4

用于快速单细胞蛋白质分析的集成蛋白质组分析装置(Orbitrap Fusion)
邵曦，王玄堂，关生，林海珠，闫国全，高明霞，邓春辉，张向民
分析的化学学报，2018,90,23,14003-14010
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.8b03692

用于非粘附单细胞在线裂解质谱分析的t探针的重新设计(LTQ Orbitrap XL)
朱燕林，刘仁猛，杨志博
分析化学学报第1084卷，2019年11月25日，第53-59页
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0003267019308839

基于激光捕获显微镜的单细胞蛋白质组学工具的开发，用于研究植物根系单个细胞层的蛋白质组(Orbitrap Elite, Orbitrap Fusion)
朱英德，李辉，Sarabjit Bhatti，周素平，杨勇，Tara Fish & Theodore W Thannhauser
园艺研究第3卷，文章编号:16026 (2016)
https://www.nature.com/articles/hortres201626

用于单细胞蛋白质组学的水滴油消化法(Orbitrap Eclipse)
增田武、稻盛佑马、古川艾利秀、山广真、桃崎和树、张志祥、小林大纪、大口广人、河野雅原、伊藤信吾、荒木纪理、王少恩和大月住夫
分析的化学，2022,94,29,10329-10336
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c05487

单细胞蛋白质组学使用从早期胚胎中分离的蛙(非洲爪蟾)卵泡球，形成蛋白质含量的几何级数(Q Exactive HF)
孙亮亮，Kyle M. Dubiak, Elizabeth H. Peuchen，张振斌，朱桂杰，Paul W. Huber和Norman J. Dovichi
分析的化学，2016,88,13,6653-6657
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.6b01921

单细胞质谱法用于发现蛋白质组学:量化16细胞蛙(非洲爪蟾)胚胎中的翻译细胞异质性(Orbitrap Fusion)
Camille Lombard-Banek, Sally A. Moody教授，Peter Nemes教授
Angew。化学。Int。Ed, 55(2016)，第2454-2458页
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201510411

采用数据独立采集的单细胞蛋白质组学方法研究非洲爪蟾胚胎不对称性
Anumita Saha-Shah, Melody Esmaeili, Simone Sidoli, Hyojeong Hwang, Jing Yang, Peter S. Klein和Benjamin A. Garcia
分析的化学学报，2019,91,14,8891-8899
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.analchem.9b00327

微采样毛细管电泳质谱使复杂组织中的单细胞蛋白质组学成为可能:在活非洲爪猿和斑马鱼胚胎中开发细胞克隆(Q Exactive Plus)
Camille Lombard-Banek, Sally A. Moody, M. Chiara Manzini和Peter Nemes
分析的化学学报，2019,91,7,4797-4805
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.9b00345

全球绝对定量揭示了非洲爪蟾单个卵中蛋白质表达的严格调控(Orbitrap Velos)
Arne H. Smits, Rik G.H. Lindeboom, Matteo Perino, Simon J. van Heeringen, Gert Jan C. Veenstra, Michiel Vermeulen
《核酸研究》第42卷，2014年9月2日第15期，第9880-9891页
https://academic.oup.com/nar/article/42/15/9880/2435191?login=true

表达变异和共变异损害模拟信号，使二进制信号控制(TSQ Vantage)
Kyle M Kovary Brooks Taylor Michael L Zhao Mary N Teruel
分子系统生物学(2018)14:e7997
https://www.embopress.org/doi/full/10.15252/msb.20177997

用于可扩展单细胞蛋白质组学的毛细管电泳质谱(Orbitrap Fusion Lumos)
琳娜·r·帕德，山姆·b·崔，巴勃罗Muñoz-LLancao, m·基娅拉·曼齐尼和彼得·内梅斯
Front Chem。2022年4月8日;10:863979
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fchem.2022.863979/full

利用基于微板的MICROFASP系统(Orbitrap Fusion Lumos)对非洲爪蟾胚胎50个细胞阶段高通量、全面的单细胞蛋白质组学分析
张振斌，Kyle M. Dubiak, Evgenia Shishkova, Paul W. Huber, Joshua J. Coon和Norman J. Dovichi
分析的化学，2022,94,7,3254-3259
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.1c04987

三维特征匹配提高了基于离子迁移过滤的单细胞蛋白质组学的覆盖率(single-cell, Orbitrap Fusion Lumos, FAIMS Pro, LFQ)
吴宗敏，杰里米·c·克莱尔，莎拉·m·威廉姆斯，冯松，蔡佳峰，罗纳德·j·摩尔，威廉·b·克里斯勒，理查德·d·史密斯，瑞安·t·凯利，Ljiljana Pasa-Tolic，查尔斯·安松和朱颖
13, 1-9, 2022年5月18日
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2405471222000813

三联质谱仪上的实时搜索辅助采集提高了多路单细胞蛋白质组学的覆盖率(Orbitrap Eclipse, FAIMS Pro，实时搜索，ttmpro)
Benjamin Furtwängler, Nil Üresin, Khatereh Motamedchaboki, Romain Huguet, Daniel Lopez-Ferrer, Vlad Zabrouskov, Bo T. Porse，和Erwin M. Schoof
Mol细胞蛋白质组学(2022)21(4)100219
https://www.mcponline.org/article/s1535 - 9476(22) 00027 - 5 /全文

一种简单、快速、实用的单细胞蛋白质组学方法，基于合成肽的质量自适应涂层(Orbitrap Fusion Lumos)
李思琪，苏凯灿，庄振坤，秦庆，高磊，邓亚梅，刘旭阳，侯桂学，王龙涛，郝丕亮，杨焕明，刘思琪，朱宏明，任燕
科学通报
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S209592732100788X?via=ihub

每天使用双柱纳米流液相色谱平台(单细胞蛋白质组学，Orbitrap Exploris 480)对多达200个单细胞蛋白质组进行无标签分析
凯·g·i·韦伯，张诗，s·马迪辛·约翰斯顿，塞巴斯蒂安·e·萨帕塔，梁一然，雅各布·m·戴维斯，亚历山大·d·布塔尔斯，弗莱彻·b·史密斯，海莉·e·琼斯，阿里安娜·c·马奥尼，理查德·h·卡森，安迪坎·j·恩沃苏，雅各布·l·海宁格，安德烈·v·里玉，格雷戈里·p·诺丁，朱颖和瑞安·t·凯利
分析的化学
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.2c00646

DART-ID增加单细胞蛋白质组覆盖率
阿尔伯特·陈田，亚历山大·弗兰克斯，尼古拉·斯拉沃夫
PLoS计算生物学。2019年7月1日;15(7):e1007082
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1007082#sec012

精确定量单细胞蛋白质组学的等压标记(iBASIL)策略增强信号放大(Orbitrap Fusion Lumos, Q Exactive Plus)
张炳扬。蔡锐，赵锐，S.M. Williams, R.J. Moore, K. Schultz, W. Chrisler, L. Pasa-Tolic, K. Rodland, R.D. Smith, Shi T.，朱勇，刘涛
摩尔。细胞。蛋白质组学, 19 (2020), 828 - 838页
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1535947620350064

使用SCoPE2 (Q Exactive)对巨噬细胞异质性进行单细胞蛋白质组和转录组分析
Harrison Specht, Edward Emmott, Aleksandra A. Petelski, R. Gray Huffman, David H. Perlman, Marco Serra, Peter Kharchenko, Antonius Koller和Nikolai Slavov
基因组生物学卷22，文章编号:50 (2021)
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02267-5

利用SCoPE2 (Q Exactive)实现多细胞蛋白质组学
Aleksandra A. Petelski, Edward Emmott, Andrew Leduc, R. Gray Huffman, Harrison Specht, David H. Perlman和Nikolai Slavov
《自然议定书》第16卷，第5398-5425页(2021)
https://www.nature.com/articles/s41596-021-00616-z

使用多重等压标记进行质谱分析的单细胞蛋白质组学(ttmpro，单细胞蛋白质组学，Q Exactive HF-X, Orbitrap Fusion)
Akos Vegvari, Jimmy E. Rodriguez和Roman A. Zubarev
单细胞蛋白分析pp 113-127
https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-0716-1771-7_8

超灵敏单细胞蛋白质组学工作流识别每个哺乳动物细胞>1000个蛋白质组(Orbitrap Eclipse)
丛雍正，Khatereh Motamedchaboki, Santosh A. Misal, Yiran Liang, Amanda J. Guise, Thy Truong, Romain Huguet, Edward D. Plowey, Zhu Ying, Daniel Lopez-Ferrer和Ryan T. Kelly
化学。科学。， 2021, 12, 1001-1006
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2021/sc/d0sc03636f !divAbstract

使用第二代微柱阵列LC技术对亚纳克蛋白质样品进行超灵敏的NanoLC-MS (Orbitrap Exploris 480和FAIMS PRO)
Karel Stejskal, Jeff Op de Beeck, Gerhard Dürnberger, Paul Jacobs和Karl Mechtler
分析的化学。2021,93,25,8704-8710
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c00990

利用窄孔纳米色谱柱和超灵敏质谱(Orbitrap Eclipse)改进单细胞蛋白质组覆盖
丛雍正，梁怡然，Khatereh Motamedchaboki, Romain Huguet, Thy Truong，赵睿，沈玉峰，Daniel Lopez-Ferrer，朱颖和Ryan T. Kelly
分析的化学，2020,92,3,2665-2671
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.9b04631

多细胞蛋白质组学的定量准确性和精密度(DIA, TMT，单细胞，TMT10ple, ttpro, FAIMS, Orbitrap Exploris 480)
Claudia Ctortecka*， Karel Stejskal, Gabriela Krššáková， Sasha Mendjan和Karl Mechtler*分析化学2022,94,5,2434 -2443
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.1c04174

单细胞化学蛋白质组学(SCCP)研究癌细胞死亡的时间和异质性(单细胞蛋白质组学，Orbitrap Fusion Lumos, SCOPE-MS)
Ákos Végvári*， Jimmy E. Rodriguez, Roman A. Zubarev
分析的2022年化学。
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.analchem.2c00413

定量单细胞蛋白质组学作为表征细胞层次结构的工具(单细胞，FAIMS Pro, ttpro, TMT MS2, Orbitrap Exploris 480)
Erwin M. Schoof, Benjamin Furtwängler, Nil Üresin, Nicolas Rapin, Simonas Savickas, Coline Gentil, Eric Lechman, Ulrich auf dem Keller, John E. Dick & Bo T. Porse
自然通讯第12卷，文章编号:3341 (2021)
https://www.nature.com/articles/s41467-021-23667-y

SCoPE-MS:单个哺乳动物细胞质谱定量细胞分化过程中的蛋白质组异质性(Orbitrap Elite)
Bogdan Budnik, Ezra Levy, Guillaume Harmange & Nikolai Slavov
基因组生物学卷19，文章编号:161 (2018)
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-018-1547-5?optIn=false

利用免疫密度富集、激光捕获微解剖、纳米液滴样品处理和超灵敏纳米olc - ms (Orbitrap Fusion Lumos)对从全血分离的1 - 5个加标循环肿瘤细胞的蛋白质组分析
朱颖，Jennifer Podolak，赵睿，Anil K. Shukla, Ronald J. Moore, George V. Thomas*， Ryan T. Kelly
分析的化学学报，2018,90,20,11756-11759
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.8b03268

优化的数据独立采集方法，用于单细胞水平的蛋白质组学分析(Orbitrap Fusion Lumos）
王跃帆，李东盛，陈丽君，徐元伟，Morgan D. Kuczler，曹利伟，Kenneth J. Pienta, Sarah R. Amend，张慧
临床蛋白质组学第19卷，文章编号:24 (2022)
https://link.springer.com/article/10.1186/s12014-022-09359-9

基于显微镜的单细胞蛋白质组学分析揭示了DNA损伤反应动力学的异质性(单细胞蛋白质组学，Orbitrap Eclipse, SCOPE-MS)
苏品睿，尤莉，Cecile Beerens, Karel Bezstarosti, Jeroen Demmers, Martin Pabst, Roland Kanaar，徐承志，钱苗平
细胞报告方法，第2卷，第6期，202,100237
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2667237522001060

人卵母细胞成熟特异性蛋白的单细胞蛋白质组学鉴定
irmaant - klun, Stefan Leicht, Christopher Hughes, Jeroen Krijgsveld
MCP第15卷，第8期，2016年8月，2616-2627页
https://www.mcponline.org/article/s1535 - 9476(20) 33492 - 7 /全文

人类卵母细胞成熟的单细胞定量蛋白质组学分析显示体外成熟卵母细胞具有高度异质性(Q Exactive HF-X)
郭月帅，蔡凌波，刘小飞，马龙，张浩，王兵，齐亚玲，刘佳音，刁飞扬，沙家豪，郭学江
分子与细胞蛋白质组学2022,100267 ISSN 1535-9476
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1535947622000755

单细胞蛋白质组学揭示毛细胞发育过程中的表达变化(Orbitrap Fusion Lumos)
朱颖，Mirko Scheibinger, Daniel Christian Ellwanger, Jocelyn F Krey, Dongseok Choi, Ryan T Kelly, Stefan Heller, Peter G Barr-Gillespie
eLife 2019; 8: e50777
https://elifesciences.org/articles/50777

定义单细胞蛋白质组的载体蛋白质组限制(Orbitrap Fusion Lumos)
汤米·k·张，李建云，弗洛里安·p·拜尔，阿提克斯·麦考伊，伯恩哈德·库斯特和克里斯托弗·m·罗斯
《自然方法》第18卷，第76 - 83页(2021年)
https://www.nature.com/articles/s41592-020-01002-5

单细胞蛋白质组学中肽片段谱的特征
Hannah Boekweg, Daisha Van Der Watt, Thy Truong, S. Madisyn Johnston, Amanda J. Guise, Edward D. Plowey, Ryan T. Kelly和Samuel H. Payne
J. Proteome Res. 2021
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.1c00670

单细胞蛋白质组的载体蛋白组效应(single-cell, ttpro, TMT MS2, Orbitrap Exploris 480)
叶子璐，坦维尔·s·巴斯，帕特里克Rüther &杰斯珀·v·奥尔森
通讯生物学第5卷，文章编号:150 (2022)
https://www.nature.com/articles/s42003-022-03095-4